Este es el comando nifti_tool que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
nifti_tool: herramienta de manipulación multipropósito para archivos NIfTI
SINOPSIS
nifti_herramienta -ayuda muestra esta ayuda
nifti_herramienta -ayuda_hdr mostrar información del campo nifti_1_header
nifti_herramienta -ayuda_nim mostrar información de campo nifti_image
nifti_herramienta -ayuda_ana mostrar información de campo nifti_analyze75
nifti_herramienta -help_tipos de datos mostrar tabla de tipos de datos
nifti_herramienta -ver mostrar la versión actual
nifti_herramienta -historia mostrar el historial de modificaciones
nifti_herramienta -nifti_ver mostrar la versión de la biblioteca nifti
nifti_herramienta -nifti_hist mostrar la historia de la biblioteca nifti
nifti_herramienta -con_zlib fue la biblioteca compilada con zlib
nifti_herramienta -verificar_hdr -archivos f1 ...
nifti_herramienta -check_nim -archivos f1 ...
nifti_herramienta -copiar_lista_de_ladrillos -archivos f1 "[índices ...]"
nifti_herramienta -copiar_imagen_collapsed I J K T U V W -archivos f1
nifti_herramienta -copiar_im -archivos f1
nifti_herramienta -make_im -prefijo nuevo_im.nii
nifti_herramienta -disp_hdr [-campo NOMBRE DEL CAMPO] [...] -archivos f1 ...
nifti_herramienta -disp_nim [-campo NOMBRE DEL CAMPO] [...] -archivos f1 ...
nifti_herramienta -disp_ana [-campo NOMBRE DEL CAMPO] [...] -archivos f1 ...
nifti_herramienta -disp_exts -archivos f1 ...
nifti_herramienta -disp_ts I J K [-dci_líneas] -archivos f1 ...
nifti_herramienta -disp_ci I J K T U V W [-dci_líneas] -archivos f1 ...
nifti_herramienta -mod_hdr [-mod_campo NOMBRE DEL CAMPO NUEVO_VAL] [...] -archivos f1
nifti_herramienta -mod_nim [-mod_campo NOMBRE DEL CAMPO NUEVO_VAL] [...] -archivos f1
nifti_herramienta -swap_as_nifti -Sobrescribir -archivos f1
nifti_herramienta -swap_as_analyze -Sobrescribir -archivos f1
nifti_herramienta -swap_as_old -Sobrescribir -archivos f1
nifti_herramienta -add_afni_ext "extensión in citas" [...] -archivos f1
nifti_herramienta -add_comment_ext "extensión in citas" [...] -archivos f1
nifti_herramienta -add_comment_ext "expediente NOMBRE DE ARCHIVO "[...] -en archivos f1
nifti_herramienta -rm_ext ÍNDICE [...] -archivos f1 ...
nifti_herramienta -strip_extras -archivos f1 ...
nifti_herramienta -diff_hdr [-campo NOMBRE DEL CAMPO] [...] -archivos f1 f2
nifti_herramienta -diff_nim [-campo NOMBRE DEL CAMPO] [...] -archivos f1 f2
DESCRIPCIÓN
Esta herramienta puede
mostrar, modificar o comparar estructuras nifti en conjuntos de datos
copiar un conjunto de datos seleccionando una lista de volúmenes del original
copiar un conjunto de datos, contrayendo cualquier dimensión, cada una en un único índice
mostrar una serie de tiempo para un vóxel, o más generalmente, los datos de cualquier colapso
imagen, en texto ASCII
Este programa se puede utilizar para mostrar información de conjuntos de datos nifti, para modificar información
en conjuntos de datos nifti, para buscar diferencias entre dos conjuntos de datos nifti (como UNIX
comando "diff") y copiar un conjunto de datos a uno nuevo, ya sea restringiendo cualquier dimensión,
o copiando una lista de volúmenes (la dimensión de tiempo) de un conjunto de datos.
Solo se permite un tipo de acción, por ejemplo, no se puede modificar un conjunto de datos y luego realizar una "diferencia".
uno puede mostrar
cualquiera o todos los campos de la estructura nifti_1_header
cualquiera o todos los campos de la estructura nifti_image
cualquiera o todos los campos de la estructura nifti_analyze75
las extensiones en la estructura nifti_image
la serie de tiempo de un conjunto de datos 4-D, dado i, j, k
los datos de cualquier imagen contraída, dadas las atenuaciones. lista
uno puede comprobar
realizar una verificación interna en la estructura nifti_1_header (por nifti_hdr_looks_good ())
realizar una verificación interna en la estructura nifti_image (por nifti_nim_is_valid ())
uno puede modificar
cualquiera o todos los campos de la estructura nifti_1_header
cualquiera o todos los campos de la estructura nifti_image
intercambiar todos los campos en la estructura del encabezado NIFTI o ANALYZE agregar / rm - cualquiera o todos
extensiones en la estructura nifti_image eliminar: todas las extensiones y descripciones
de los conjuntos de datos
uno puede comparar
cualquiera o todos los pares de campos de estructuras nifti_1_header
cualquiera o todos los pares de campos de estructuras nifti_image
uno puede copiar
una lista arbitraria de volúmenes de conjuntos de datos (puntos de tiempo)
un conjunto de datos, colapsando en dimensiones arbitrarias (restringiendo esas dimensiones a
los índices dados)
uno puede crear
un nuevo conjunto de datos de la nada
Nota: para saber qué campos existen en cualquiera de las estructuras, o para aprender un campo "s
tipo, tamaño de cada elemento o el número de elementos en el campo, use el
Opción "-help_hdr" o la opción "-help_nim". No se requieren más opciones.
OPCIONES
Verificar opciones
-verificar_hdr : busque una estructura nifti_1_header válida
Esta acción se utiliza para comprobar si hay problemas en la estructura nifti_1_header. los
La función nifti_hdr_looks_good () se usa para la prueba y actualmente verifica:
dim [], sizeof_hdr, magic, datatype
Se pueden solicitar más pruebas al autor.
por ejemplo, realizar comprobaciones en los encabezados de algunos conjuntos de datos nifti_tool -check_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii nifti_tool -check_hdr -infiles * .nii * .hdr
por ejemplo, agregue la opción -quiet, de modo que solo se notifiquen errores nifti_tool -check_hdr -quiet
-infiles * .nii * .hdr
-check_nim : busque una estructura nifti_image válida
Esta acción se utiliza para comprobar si hay problemas en la estructura nifti_image. Esto se prueba a través de
tanto nifti_convert_nhdr2nim () como nifti_nim_is_valid (), aunque se llaman otras funciones
debajo de ellos, por supuesto. Los controles actuales son:
dim [], sizeof_hdr, datatype, fname, iname, nifti_type
Tenga en cuenta que la creación de una estructura nifti_image depende de buenos campos de encabezado. Entonces errores
son terminales, lo que significa que esta verificación probablemente informaría como máximo un error, incluso si más
existe. los -verificar_hdr la acción es más completa.
Se pueden solicitar más pruebas al autor.
por ejemplo, nifti_tool -check_nim -infiles dset0.nii dset1.nii por ejemplo, nifti_tool -check_nim
-infiles * .nii * .hdr
Crear opciones
-make_im : crea un nuevo conjunto de datos de la nada
Con esto, el usuario puede crear un nuevo conjunto de datos de un estilo básico, que luego se puede modificar
con otras opciones. Esto creará datos llenos de ceros del tamaño apropiado.
El valor predeterminado es una imagen de cortometrajes de 1x1x1. Estos ajustes se pueden modificar con -new_dim
opción, para establecer los 8 valores de dimensión, y el -new_datatype, para proporcionar el tipo integral
para los datos.
Consulte -new_dim, -new_datatype y -infiles para obtener más información.
Tenga en cuenta que cualquier conjunto de datos -infiles con el nombre MAKE_IM también se creará sobre la marcha.
-nuevo_dim D0 .. D7: especifica la matriz atenuada para un nuevo conjunto de datos.
por ejemplo -new_dim 4 64 64 27 120 0 0
Esta lista de dimensiones se aplicará a cualquier conjunto de datos creado a través de MAKE_IM o -make_im. Los 8
los valores son obligatorios. Recuerde que D0 es el número de dimensiones y D1 a D7 son
los tamaños.
-nuevo_tipo_de_datos TIPO: especifique la matriz atenuada para un nuevo conjunto de datos.
por ejemplo, -new_datatype 16 predeterminado: -new_datatype 4 (corto)
Esta lista de dimensiones se aplicará a cualquier conjunto de datos creado a través de MAKE_IM o -make_im. ESCRIBE
debe ser uno de los números NIFTI_TYPE_ *, de nifti1.h.
Copiar opciones
-copiar_lista_de_ladrillos : copia una lista de volúmenes a un nuevo conjunto de datos
-cbl : (una forma alternativa más corta)
-copiar_im : (una forma alternativa más corta)
Esta acción permite al usuario copiar una lista de volúmenes (a lo largo del tiempo) de un conjunto de datos a
otro. Los volúmenes enumerados pueden estar en cualquier orden y contener repeticiones, pero por supuesto
restringido al conjunto de valores {1, 2, ..., nt-1}, de la dimensión 4.
Esta opción es una bandera. La lista de índice se especifica con el conjunto de datos de entrada, contenido en
corchetes. Tenga en cuenta que los corchetes son especiales para la mayoría de shells de UNIX, por lo que
debe incluirse entre comillas simples. Sintaxis de una lista de índices:
nota:
los índices comienzan en cero
los índices terminan en nt-1, que tiene el símbolo especial "$"
los índices individuales deben separarse con comas, "," por ejemplo, -infiles
dset0.nii "[0,3,8,5,2,2,2]"
los rangos se pueden especificar usando ".." o "-" p. ej. -infiles dset0.nii "[2..95]" p. ej.
-infiles dset0.nii "[2 .. $]"
los rangos pueden tener valores de paso, especificados en () ejemplo: 2 a 95 con un paso de
3, es decir, {2,5,8,11, ..., 95} p. Ej. -Infiles dset0.nii "[2 95 ..(3)] "
Esta funcionalidad se aplica solo a conjuntos de datos de 3 o 4 dimensiones.
por ejemplo, para copiar un conjunto de datos: nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii
por ejemplo, para copiar los sub-ladrillos 0 y 7: nifti_tool -cbl -prefix new_07.nii -infiles
dset0.nii "[0,7]"
por ejemplo, para copiar un conjunto de datos completo: nifti_tool -cbl -prefix new_all.nii -infiles
dset0.nii "[0 .. $]"
por ejemplo, para copiar cada dos puntos de tiempo, omitiendo los primeros tres: nifti_tool -cbl -prefix
nuevo_parcial.nii -archivos dset0.nii "[3 .. $ (2)]"
-copiar_imagen_collapsed ...: copiar una lista de volúmenes a un nuevo conjunto de datos
-cci IJKTUVW: (una forma alternativa más corta)
Esta acción permite al usuario copiar un conjunto de datos contraído, donde algunas dimensiones son
colapsado a un índice dado. Por ejemplo, la dimensión X podría colapsarse a i = 42, y
las dimensiones de tiempo podrían colapsarse en t = 17. Para contraer una cota, establezca Di en el
índice deseado, donde i está en {0..ni-1}. Cualquier dimensión que no deba colapsarse debe
aparecer como -1.
Se puede contraer cualquier número (de dimensiones válidas), incluso hasta un valor único, por
especificando suficientes índices válidos. El conjunto de datos resultante tendrá entonces un número reducido de
dimensiones no triviales.
Suponga que dset0.nii tiene nim-> dim [8] = {4, 64, 64, 21, 80, 1, 1, 1}. Tenga en cuenta que esta es una
Conjunto de datos de 4 dimensiones.
por ejemplo, copie la serie de tiempo para voxel i, j, k = 5,4,17 nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1
-prefijo new_5_4_17.nii
por ejemplo, leer el volumen único en el punto de tiempo 26 nifti_tool -cci -1 -1 -1 26 -1 -1 -1 -prefijo
nuevo_t26.nii
Suponga que dset1.nii tiene nim-> dim [8] = {6, 64, 64, 21, 80, 4, 3, 1}. Tenga en cuenta que esta es una
Conjunto de datos de 6 dimensiones.
por ejemplo, copie todas las series de tiempo para voxel i, j, k = 5,0,17, con v = 2 (y agregue el comando al
historia) nifti_tool -cci 5 0 17-1-1 2 -1 -keep_hist -prefijo nuevo_5_0_17_2.nii
por ejemplo, copie todos los datos donde i = 3, j = 19 y v = 2 (no pretendo saber una buena razón para hacerlo
esto) nifti_tool -cci 3 19-1-1-1 2 -1 -prefijo new_mess.nii
Consulte "-disp_ci" para obtener más información (que muestra / imprime los datos, en lugar de copiarlos
a un nuevo conjunto de datos).
Pantalla opciones
-disp_hdr : muestra campos nifti_1_header para conjuntos de datos
Esta bandera significa que el usuario desea ver algunos de los campos nifti_1_header en uno o más
conjuntos de datos de nifti. El usuario puede querer especificar múltiples opciones de "-campo" junto con esto.
Esta opción requiere la entrada de uno o más archivos, a través de "-infiles".
Si no está presente la opción "-field", se mostrarán todos los campos.
por ejemplo, para mostrar el contenido de todos los campos: nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii
por ejemplo, para mostrar el contenido de los campos seleccionados: nifti_tool -disp_hdr -field dim -infiles
dset0.nii nifti_tool -disp_hdr -field dim -field descrip -infiles dset0.nii
-disp_nim : muestra campos nifti_image para conjuntos de datos
Esta opción de bandera funciona de la misma manera que la opción "-disp_hdr", excepto que los campos en
pregunta son de la estructura nifti_image.
-disp_ana : muestra campos nifti_analyze75 para conjuntos de datos
Esta opción de bandera funciona de la misma manera que la opción "-disp_hdr", excepto que los campos en
Las preguntas son de la estructura nifti_analyze75.
-disp_exts : muestra todas las extensiones de tipo AFNI
Esta opción de bandera se usa para mostrar todos los datos de nifti_1_extension, solo para esas extensiones
de tipo AFNI (código = 4). La única otra opción utilizada será "-infiles".
por ejemplo, para mostrar las extensiones en conjuntos de datos: nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii
-disp_ts IJK: muestra series de tiempo ASCII en i, j, k = I, J, K
Esta opción se utiliza para mostrar los datos de series de tiempo para el vóxel en los índices i, j, k I, J, K.
Los datos se muestran en texto, ya sea en una línea (el valor predeterminado), o como un número por
line (a través de la opción "-dci_lines").
Notas:
Esta función se aplica solo a conjuntos de datos de 4 dimensiones.
La opción "-quiet" se puede utilizar para suprimir el encabezado del texto, dejando solo los datos.
Esta opción es la abreviatura de "-disp_ci" (mostrar imagen contraída), restringida a
Conjuntos de datos de 4 dimensiones. es decir : -disp_ci IJK -1 -1 -1 -1
por ejemplo, para mostrar la serie de tiempo en voxel 23, 0, 172: nifti_tool -disp_ts 23 0
-infiles dset1_time.nii nifti_tool -disp_ts 23 0 -dci_lines -infiles dset172_time.nii
nifti_tool -disp_ts 23 0 -quiet -infiles dset172_time.nii
-disp_imagen_colapsada : muestra los valores ASCII para el conjunto de datos contraído
-disp_ci IJKTUVW: (una forma alternativa más corta)
Esta opción se utiliza para mostrar todos los datos de una imagen contraída, dada la dimensión
lista. Los datos se muestran en texto, ya sea en una sola línea (predeterminado) o como una
número por línea (utilizando el indicador "-dci_lines").
La opción "-quiet" se puede utilizar para suprimir el encabezado de texto.
por ejemplo, para mostrar la serie de tiempo en voxel 23, 0, 172: nifti_tool -disp_ci 23 0-172 1 0 0
-infiles dset1_time.nii
por ejemplo, para mostrar el segmento z 14, en el momento t = 68: nifti_tool -disp_ci -1 -1 14 68 0 0 0 -infiles
dset1_tiempo.nii
Consulte "-ccd" para obtener más información, que copia esos datos en un nuevo conjunto de datos, en lugar de
imprimiéndolo en la ventana del terminal.
Modificación opciones
-mod_hdr : modificar los campos nifti_1_header para conjuntos de datos
Esta acción se usa para modificar algunos de los campos nifti_1_header en uno o más conjuntos de datos.
El usuario debe especificar una lista de campos para modificar mediante una o más opciones "-mod_field",
que incluyen nombres de campo, junto con los nuevos (conjuntos de) valores.
El usuario puede modificar un conjunto de datos en su lugar, o utilizar "-prefix" para producir un nuevo conjunto de datos, para
que se han aplicado los cambios. Se recomienda utilizar normalmente el "-prefijo"
opción, para no arruinar un conjunto de datos.
Tenga en cuenta que algunos campos tienen una longitud mayor que 1, lo que significa que el campo es una matriz de
números o una cadena de caracteres. Para modificar una matriz de números, el usuario debe
proporcione el número correcto de valores y contenga esos valores entre comillas, de modo que sean
visto como una sola opción.
Para modificar un campo de cadena, ponga la cadena entre comillas.
La opción "-mod_field" toma un field_name y una lista de valores.
por ejemplo, para modificar el contenido de varios campos:
nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_campo qoffset_x -17.325
nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_campo tenue "4 64 64 20 30 1 1 1
1"
nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles dset0.nii -mod_campo descrip "cerveza, mocosos y
queso, mmmmm ... "
por ejemplo, para modificar el contenido de varios campos: nifti_tool -mod_hdr -prefix dnew -infiles
dset0.nii -mod_campo qoffset_x -17.325 -mod_field rebanada_inicio 1
por ejemplo, para modificar el contenido de varios archivos (debe sobrescribir): nifti_tool -mod_hdr
-sobreescribir -mod_field qoffset_x -17.325 -archivos dset0.nii dset1.nii
-mod_nim : modificar campos nifti_image para conjuntos de datos
Esta opción de acción se usa de la misma manera que se usa "-mod_hdr", excepto que los campos en
pregunta son de la estructura nifti_image.
-strip_extras : eliminar extensiones y descripciones de conjuntos de datos
Esta acción se utiliza para intentar "limpiar" un conjunto de datos de texto general para convertirlo
más anónimo. Esta acción borra las extensiones y el campo de descripción nifti_image.
por ejemplo, para eliminar todos los conjuntos de datos * .nii en este directorio: nifti_tool -strip -overwrite -infiles
* .nii
-swap_as_nifti : intercambia el encabezado de acuerdo con nifti_1_header
Quizás un encabezado NIfTI esté mal formado y el usuario explícitamente quiera intercambiarlo antes
realizar otras operaciones. Esta acción intercambiará los bytes del campo bajo el supuesto
que el encabezado está en formato NIfTI.
** El curso de acción recomendado es hacer una copia del conjunto de datos y sobrescribir el
encabezado a través de -overwrite. Si el encabezado necesita tal operación, es probable que los datos
de lo contrario, no se leería correctamente.
-swap_as_analyze : intercambia el encabezado de acuerdo con nifti_analyze75
Quizás un encabezado ANALYZE esté mal formado y el usuario explícitamente quiera intercambiarlo antes
realizar otras operaciones. Esta acción intercambiará los bytes del campo bajo el supuesto
que el encabezado está en formato ANALYZE 7.5.
** El curso de acción recomendado es hacer una copia del conjunto de datos y sobrescribir el
encabezado a través de -overwrite. Si el encabezado necesita tal operación, es probable que los datos
de lo contrario, no se leería correctamente.
-swap_as_old : intercambia el encabezado usando el método anterior
A partir de la versión de la biblioteca 1.35 (3 de agosto de 2008), nifticlib ahora intercambia todos los campos de una NIfTI
conjunto de datos (incluidos los NO UTILIZADOS), e intercambia ANALIZAR conjuntos de datos de acuerdo con el
estructura nifti_analyze75. Esta es una diferencia significativa en el caso de ANALYZE
conjuntos de datos
Se agregó la opción -swap_as_old para comparar los resultados de los métodos de intercambio o para
deshacer un método de intercambio y reemplazarlo por otro (por ejemplo, para deshacer el método anterior y
aplicar el nuevo).
Añadir, remove opciones
-add_afni_ext EXT: agrega una extensión AFNI al conjunto de datos
Esta opción se usa para agregar extensiones de tipo AFNI a uno o más conjuntos de datos. Esta opción puede
utilizarse más de una vez para agregar más de una extensión.
Si EXT tiene el formato "archivo: NOMBRE DE ARCHIVO", entonces se leerá la extensión del archivo,
NOMBRE DEL ARCHIVO.
Se recomienda la opción "-prefijo" para crear un nuevo conjunto de datos. En tal caso, solo un
se puede tomar un solo archivo como entrada. El uso de "-overwrite" permite al usuario sobrescribir el
archivo actual, o para agregar la (s) extensión (es) a varios archivos, sobrescribiéndolos.
por ejemplo, para agregar una extensión AFNI genérica: nifti_tool -add_afni_ext "wow, mi primera extensión"
-prefijo dnew -archivos dset0.nii
por ejemplo, para agregar múltiples extensiones AFNI: nifti_tool -add_afni_ext "wow, mi primera extensión
:) " -add_afni_ext "mira, mi segundo ..." -prefijo dnew -infiles dset0.nii
por ejemplo, para agregar una extensión y sobrescribir el conjunto de datos: nifti_tool -add_afni_ext "some AFNI
extensión "-sobrescribir -archivos dset0.nii dset1.nii
-add_comment_ext EXT: agregue una extensión COMMENT al conjunto de datos
Esta opción se usa para agregar extensiones de tipo COMENTARIO a uno o más conjuntos de datos. Esta opción
se puede utilizar más de una vez para agregar más de una extensión. Esta opción también se puede utilizar
con "-add_afni_ext".
Si EXT tiene el formato "archivo: NOMBRE DE ARCHIVO", entonces se leerá la extensión del archivo,
NOMBRE DEL ARCHIVO.
Se recomienda la opción "-prefijo" para crear un nuevo conjunto de datos. En tal caso, solo un
se puede tomar un solo archivo como entrada. El uso de "-overwrite" permite al usuario sobrescribir el
archivo actual, o para agregar la (s) extensión (es) a varios archivos, sobrescribiéndolos.
por ejemplo, para agregar un comentario sobre el conjunto de datos: nifti_tool -add_comment "convertido de
MY_AFNI_DSET + orig " -prefijo sabía -archivos dset0.nii
por ejemplo, para agregar varias extensiones: nifti_tool -add_comment "agregar una extensión de comentario"
-add_afni_ext "y una extensión de estilo XML AFNI" -agregar comentario "conjunto de datos copiado de
dset0.nii " -prefijo dnew -infiles dset0.nii
-rm_ext ÍNDICE: elimina la extensión dada por ÍNDICE
Esta opción se utiliza para eliminar cualquier extensión del conjunto de datos. Varias extensiones
requieren múltiples opciones.
notas: los índices de extensión comienzan con 0 (cero)
para ver las extensiones actuales, consulte "-disp_exts"
todas las exenciones se pueden eliminar usando TODAS o -1 para ÍNDICE
por ejemplo, para eliminar la extensión # 0: nifti_tool -rm_ext 0 -overwrite -infiles dset0.nii
por ejemplo, para eliminar TODAS las extensiones: nifti_tool -rm_ext ALL -prefix dset1 -infiles dset0.nii
nifti_tool -rm_ext -1 -prefijo dset1 -infiles dset0.nii
por ejemplo, para eliminar las extensiones # 2, # 3 y # 5: nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext 3 -rm_ext 5
-Sobrescribir -archivos dset0.nii
Diferencias opciones
-diff_hdr : muestra las diferencias del campo de encabezado entre dos conjuntos de datos
Esta opción se utiliza para encontrar diferencias entre dos conjuntos de datos. Si alguno de los campos es
diferente, se muestra el contenido de esos campos (a menos que se utilice la opción "-quiet").
Se puede especificar una lista de campos mediante el uso de varias opciones "-field". Si no hay "-field"
se da la opción, todos los campos serán marcados.
Se deben proporcionar exactamente dos nombres de conjuntos de datos a través de "-infiles".
por ejemplo, para mostrar todas las diferencias de campo nifti_1_header: nifti_tool -diff_hdr -infiles
dset0.nii dset1.nii
por ejemplo, para mostrar las diferencias de campo nifti_1_header seleccionadas: nifti_tool -diff_hdr -field dim
-campo intent_code -archivos dset0.nii dset1.nii
-diff_nim : muestra las diferencias del campo nifti_image entre conjuntos de datos
Esta opción funciona igual que "-diff_hdr", excepto que los campos en cuestión son del
estructura nifti_image.
Misceláneos opciones
-depurar NIVEL: establece el nivel de depuración
El nivel 0 intentará funcionar sin salida de pantalla, pero con errores. El nivel 1 es el
defecto. Los niveles 2 y 3 dan progresivamente más información.
p. ej., depuración 2
-campo FIELDNAME: proporciona un campo para trabajar
Esta opción se utiliza para proporcionar un campo para mostrar, modificar o comparar. Esta opción puede ser
utilizado junto con una de las opciones de acción presentadas anteriormente.
Consulte "-disp_hdr", más arriba, para ver ejemplos completos.
p. ej., nifti_tool -descripción de campo p. ej. nifti_tool -descripción de campo -field dim
-archivos file0 ...: proporciona una lista de archivos con los que trabajar
Este parámetro es necesario para cualquiera de las acciones, con el fin de proporcionar una lista de archivos a
proceso. Si los nombres de archivo de entrada no tienen extensión, el directorio que buscaremos
cualquier archivo apropiado (como .nii o .hdr).
Nota: si el nombre del archivo tiene la forma MAKE_IM, se creará un nuevo conjunto de datos, sin
la necesidad de entrada de archivos.
Consulte "-mod_hdr", más arriba, para ver ejemplos completos.
por ejemplo, nifti_tool -infiles file0.nii por ejemplo, nifti_tool -infiles file1.nii file2 file3.hdr
-mod_campo NAME "VALUE_LIST": proporcione nuevos valores para un campo
Este parámetro es necesario para cualquier acción de modificación. Si el usuario quiere modificar
cualquier campo de un conjunto de datos, aquí es donde se especifican los campos y valores.
NAME es un nombre de campo (en la estructura nifti_1_header o en nifti_image
estructura). Si la opción de acción es "-mod_hdr", NAME debe ser el nombre de un
campo nifti_1_header. Si la acción es "-mod_nim", NAME debe ser de una nifti_image
estructura.
VALUE_LIST debe ser uno o más valores, tantos como sean necesarios para el campo, contenidos en
cotizaciones si se proporciona más de una.
Utilice "nifti_tool -help_hdr" para obtener una lista de los campos nifti_1_header Utilice "nifti_tool
-help_nim "para obtener una lista de campos nifti_image
Consulte "-mod_hdr", más arriba, para ver ejemplos completos.
por ejemplo, modificando los campos nifti_1_header: -mod_campo descrip "toga, toga, toga"
-mod_campo qoffset_x 19.4 -mod_field qoffset_z -11
-mod_campo pixdim "1 0.9375 0.9375 1.2 1 1 1 1"
-mantener_hist : agregue el comando como COMENTARIO (al "historial")
Cuando se utiliza esta opción, el comando actual se agregará como un tipo NIFTI_ECODE_COMMENT
extensión. Esto proporciona la capacidad de mantener un historial de los comandos que afectan a un conjunto de datos.
por ejemplo, -keep_hist
-Sobrescribir : se realizarán modificaciones en los archivos de entrada
Esta opción se utiliza para que todas las modificaciones de campo, incluidas las adiciones de extensión o
las eliminaciones, se realizarán en los archivos que se ingresen.
En general, se recomienda al usuario utilizar la opción "-prefijo" para crear nuevos archivos. Pero
Si se prefiere sobrescribir el contenido de los archivos de entrada, así es como se hace.
Consulte "-mod_hdr" o "-add_afni_ext", más arriba, para ver ejemplos completos.
por ejemplo, sobrescribir
-prefijo : especifica un archivo de salida para escribir el cambio
Esta opción se utiliza para especificar un archivo de salida para escribir, después de que se hayan realizado modificaciones.
hecha. Si se están realizando modificaciones, entonces se requiere "-prefix" o "-overwrite".
Si no se proporciona ninguna extensión, la extensión de salida será ".nii".
por ejemplo, -prefix new_dset por ejemplo, -prefix new_dset.nii eg -prefix new_dset.hdr
-tranquilo : informar solo errores o información solicitada
Esta opción es equivalente a "-debug 0".
Ayuda opciones
-ayuda : muestra esta ayuda
por ejemplo, nifti_tool -help
-ayuda_hdr : muestra la información del campo nifti_1_header
por ejemplo, nifti_tool -help_hdr
-ayuda_nim : muestra la información del campo nifti_image
por ejemplo, nifti_tool -help_nim
-ayuda_ana : mostrar información de campo nifti_analyze75
por ejemplo, nifti_tool -help_ana
-help_tipos de datos [TIPO]: muestra la tabla de tipos de datos
p. ej., nifti_tool -help_datatypes p. ej. nifti_tool -help_datatypes N
Esto muestra el contenido de la tabla nifti_type_list. Una "D" o "N" adicional
El parámetro restringirá el nombre del tipo a los nombres "DT_" o "NIFTI_TYPE_", "T" lo probará.
-ver : muestra el número de versión del programa
por ejemplo, nifti_tool -ver
-historia : muestra el historial de modificaciones del programa
por ejemplo, nifti_tool -hist
-nifti_ver : muestra el número de versión de la biblioteca nifti
por ejemplo, nifti_tool -nifti_ver
-nifti_hist : muestra el historial de modificaciones de la biblioteca nifti
por ejemplo, nifti_tool -nifti_hist
-con_zlib : imprime si la biblioteca se compiló con zlib
por ejemplo, nifti_tool -with_zlib
EJEMPLOS
A. cheques encabezamiento (solo para problemas):
1. nifti_tool -check_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii 2. nifti_tool -check_hdr -infiles
* .nii * .hdr 3. nifti_tool -check_hdr -quiet -infiles * .nii * .hdr
B. show encabezamiento diferencias:
1. nifti_tool -diff_hdr -campo tenue -campo intent_code -archivos dset0.nii dset1.nii
2. nifti_tool -diff_hdr -new_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -archivos my_dset.nii MAKE_IM
C. la visualización estructuras or campos:
1. nifti_tool -disp_hdr -infiles dset0.nii dset1.nii dset2.nii 2. nifti_tool -disp_hdr
-campo dim -descripcion del campo -infiles dset.nii 3. nifti_tool -disp_exts -infiles dset0.nii
dset1.nii dset2.nii 4. nifti_tool -disp_ts 23 0 -infiles dset172_time.nii 1. nifti_tool
-disp_ci 23 0-172 1 0 0 -infiles dset0_time.nii
6. nifti_tool -disp_ana -infiles analyse.hdr 7. nifti_tool -disp_nim -infiles nifti.nii
D. Para crear a new datos desde nada:
1. nifti_tool -make_im -prefijo new_im.nii 2. nifti_tool -make_im -prefijo float_im.nii
-nuevos_dims 3 10 20 30 0 0 0 0 -nuevo_tipo de datos 16
3. nifti_tool -mod_hdr -mod_field descrip "conjunto de datos con mods" -nuevos_dims 3 10 20 30 0 0 0
0 -prefijo new_desc.nii -infiles MAKE_IM
E. copia conjunto de datos, ladrillo lista or se derrumbó imagen:
1. nifti_tool -copy_im -prefix new.nii -infiles dset0.nii 2. nifti_tool -cbl -prefix
new_07.nii -infiles dset0.nii "[0,7]" 3. nifti_tool -cbl -prefix new_partial.nii -archivos
dset0.nii "[3 .. $ (2)]"
4. nifti_tool -cci 5 4 17 -1 -1 -1 -1 -prefijo new_5_4_17.nii 5. nifti_tool -cci 5 0 17 -1
-1 2 -1 -mantener_hist -prefijo nuevo_5_0_17_2.nii
F. modificar los encabezamiento (modificar campos or intercambio toda encabezamiento):
1. nifti_tool -mod_hdr -prefijo dnew -infiles dset0.nii -mod_campo tenue "4 64 64 20 30 1 1
1 1 "
2. nifti_tool -mod_hdr -prefijo dnew -infiles dset0.nii -mod_campo descrip "cerveza, mocosos
y queso, mmmmm ... "
3. cp old_dset.hdr nifti_swap.hdr nifti_tool -swap_as_nifti -overwrite -infiles
nifti_swap.hdr 4. cp old_dset.hdr analyse_swap.hdr nifti_tool -swap_as_analyze -overwrite
-infiles analyse_swap.hdr 5. nifti_tool -swap_as_old -prefix old_swap.hdr -infiles
old_dset.hdr nifti_tool -diff_hdr -infiles nifti_swap.hdr old_swap.hdr
G. tira, add or remove extensiones: (en el ejemplo n. ° 3, la extensión se copia de un texto
archivo)
1. nifti_tool -strip -overwrite -infiles * .nii 2. nifti_tool -add_comment "convertido de
MY_AFNI_DSET + orig " -prefijo dnew -infiles dset0.nii
3. nifti_herramienta -agregar comentario "archivo: my.extension.txt" \ fR -prefijo dnew -infiles dset0.nii
4. nifti_tool -rm_ext TODOS -prefijo dset1 -infiles dset0.nii 5. nifti_tool -rm_ext 2 -rm_ext
3 -rm_ext 5 -sobrescribir -archivos dset0.nii
Use nifti_tool en línea usando los servicios de onworks.net
