Este es el comando nipy_tsdiffana que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
nipy_tsdiffana - Analizar, trazar métricas de diferencia de series de tiempo
DESCRIPCIÓN
uso: nipy_tsdiffana [-h] [--out-file OUT_FILE] [--write-results]
[--ruta de salida OUT_PATH]
[--out-fname-label OUT_FNAME_LABEL] [--time-axis TIME_AXIS] [--slice-axis
SLICE_AXIS] nombre de archivo
Analizar, trazar métricas de diferencia de series de tiempo
posicional argumentos:
nombre de archivo
Nombre de archivo de imagen 4D
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
--fuera de archivo SALIDA_ARCHIVO
archivo de gráficos para escribir en lugar de dejar la imagen en la pantalla
--escribir-resultados
si se especifica, escriba imágenes de diagnóstico y variables de análisis, grafique en OUT_PATH.
Mutuamente incompatible con OUT_FILE
- camino de salida OUT_PATH
ruta para los archivos de imagen de salida (predeterminada de la ruta NOMBRE DE ARCHIVO
--out-fname-etiqueta OUT_FNAME_LABEL
parte media de los nombres de archivo de imagen / trazado de salida
- eje del tiempo EJE_TIEMPO
Eje de imagen para el tiempo
- eje de corte CORTE_AXIS
Eje de imagen para corte
nipy_tsdiffana ejecuta el algoritmo de diferencia de series de tiempo sobre un volumen de imagen 4D, a menudo y
Volumen de FMRI.
Funciona en uno de tres modos:
* interactivo: el gráfico de diferencias de series de tiempo aparece en la pantalla. Este es el
modo por defecto
* no interactivo, solo gráfico: escriba el gráfico de la diferencia de series de tiempo en el gráfico
expediente. Utilice el "--out-file = "opción para activar este modo
* no interactivo, escribir gráfico, imágenes y variables: escribir gráfico en archivo, y
también escribe en archivos las imágenes y las variables de diagnóstico generadas. Utilizar el
Bandera "--write-results" para activar esta opción. Los nombres de archivo generados provienen de
los resultados de las opciones "--out-path" y "--out-fname-label" (ver ayuda).
Opción de escritura de resultados, archivos generados -------------------------------------
Al hacer el análisis del punto de tiempo, haremos una diferencia de volumen entre cada tiempo
punto y el siguiente punto temporal de la serie. Si tenemos T volúmenes, habrá
(T-1) volúmenes de diferencia. Llame al vector de volúmenes de diferencia DV y al primero
diferencia de volumen DV [0]. Entonces, DV [0] resulta de la resta del segundo volumen en 4D.
imagen de entrada del primer volumen en la imagen de entrada 4D. Los valores al cuadrado de elementos
de DV [0] es * DV2 [0] *.
Se generarán las siguientes imágenes. es la extensión del nombre del archivo de entrada (p. ej.
'.nii'):
* "dv2_max_ ": Volumen de la imagen 3D, donde cada segmento S es un segmento
todo DV2 [0] (segmento S) a través de DV2 [T-1] (segmento S) que tiene el máximo sumado
valores al cuadrado. Este volumen da una idea de los peores cortes (diferencia más alta)
a lo largo de toda la serie temporal.
* "dv2_mean_ ": la media de todos los volúmenes DV2 DV2 [0] .. DV [T-1]
a través de la dimensión de volumen (tiempo).
Los valores de vóxel más altos en este volumen significan
que las diferencias de tiempo a tiempo tendían a ser altas en este vóxel.
También escribimos la señal media en cada punto de tiempo y la diferencia cuadrática media entre
cada segmento en el tiempo, como variables a un archivo 'npz' llamado "tsdiff_ .npz"
Los nombres de archivo para las salidas son de la forma /
dónde es la ruta especificada por el - camino de salida opción, o la ruta de la entrada
nombre del archivo; es uno de los prefijos estándar anteriores, está dado por
--fuera de etiqueta, o por el nombre de archivo de la imagen de entrada (sin la ruta y la extensión), y
es '.png' para gráficos, o la extensión del nombre de archivo de entrada para el volumen
imágenes. Por ejemplo, especificar solo el nombre de archivo de entrada `` / some / path / fname.img ''
generar nombres de archivo de la forma `` /alguno/ruta/tsdiff_fname.png,
/ some / path / dv2_max_fname.img`` etc
Utilice nipy_tsdiffana en línea utilizando los servicios de onworks.net
