Este es el comando obgen que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
obgen - generar coordenadas 3D para una molécula
SINOPSIS
obgen [OPCIONES] nombre de archivo
DESCRIPCIÓN
La herramienta obgen generará coordenadas 3D para moléculas en un archivo (p. Ej.
Archivos SMILES). La estructura resultante se optimizará utilizando el campo de fuerza dado y
comprobó el conformador de energía más baja mediante una búsqueda de Monte Carlo. La salida se enviará a
salida estándar en formato de archivo SDF.
OPCIONES
Si no se proporciona un nombre de archivo, obgen proporcionará todas las opciones, incluidos los campos de fuerza disponibles.
-ff campo de fuerza
Seleccione el campo de fuerza
EJEMPLOS
Vea las posibles opciones, incluidos los campos de fuerza disponibles:
obgen
Genere coordenadas 3D para la (s) molécula (s) en el archivo test.smi:
prueba obgen.smi
Genere coordenadas 3D para la (s) molécula (s) en el archivo test.smi usando el campo de fuerza UFF:
obgen -ff UFF prueba.smi
Utilice obgen en línea utilizando los servicios de onworks.net
