Este es el comando odinreco que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
odinreco - Reconstrucción automática de secuencias ODIN
SINOPSIS
odinreco [ opciones ] -r
DESCRIPCIÓN
odinreco: reconstrucción automática para secuencias ODIN
odinreco proporciona una reconstrucción genérica para secuencias de imágenes (spin-warp,
EPI, RARO, ...). Recupera la información sobre la señal adquirida del
archivo 'recoInfo' que se almacena en el disco junto con los datos sin procesar. El recoInfo
El archivo contiene información sobre la posición del espacio k de cada ventana de adquisición.
(ADC). Como salida, odinreco genera un montón de archivos con diferentes formatos de imagen.
(dependiendo de la opción -f y bibliotecas de terceros disponibles para ODIN). El nombre del archivo
de cada archivo comienza con el prefijo de salida dado.
OPCIONES
-bcw: Ponderación de correlación de todas las hojas con la media de todas las hojas (en el espacio de la imagen)
-novio: Función de filtro para la corrección de fase de la cuchilla (opciones = Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, predeterminado = NoFilter)
-bfw: Ancho de la función de filtro utilizada para la corrección de fase de la cuchilla. [0.0 (0%) ... 1.0
(100%) del ancho de la hoja; -1.0 (100%) ... 0.0 (0%) del ancho central] (predeterminado = 1.0)
-bkf: Función de filtro Blade-keyhole (y sus argumentos) (opciones = Gauss NoFilter Triangle
Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, predeterminado = CosSq)
-bkt: Ancho de transición hoja-ojo de cerradura (fracción del centro del espacio k sobremuestreado)
(predeterminado = 0.20)
-bwf: Función de ventana / filtro para la ponderación de kspace de cada hoja (opciones = Gauss NoFilter
Triángulo Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, predeterminado = Triángulo)
-bww: Ancho de ventana / filtro para la ponderación de kspace de cada hoja (predeterminado = 1.0)
-cp: Utilice la transformada de Fourier directa con corrección de fase conjugada en lugar de cuadrícula
-dce: TE utilizado para cálculos de deriva de campo, si no es cero [ms] (predeterminado = 0.0ms)
-cc: Cadena de selección de índice en la receta utilizada para la corrección de la deriva (lista de
'dim = selección', por ejemplo, te = 2)
-dcw: Almacena la deriva del campo para archivar con este prefijo
-dd: Deshabilita la corrección de la desviación del campo
-df: Formato de salida (extensión de archivo) de los archivos de volcado (predeterminado = nii)
-dg: Desactiva la interpolación GRAPPA
-dh: Desactiva la reconstrucción homodina
-dm: Deshabilita la reconstrucción multifrecuencia basada en mapas de campo
-dp: Prefijo de los archivos de volcado (predeterminado =. / Dump)
-ds: Deshabilita la corrección del tiempo de corte
-lo: Nivel relativo al valor medio del primer eco para configurar la máscara de ajuste de caída exponencial
(predeterminado = 0.50)
-f: Lista de formatos de salida separados por espacios (extensiones de archivo), los formatos posibles son '3db
analizar asc coi dat dcm doble flotador gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph
png pos pro reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit '(predeterminado = nii)
-ff: función de filtro de espacio k (y sus argumentos) (opciones = Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, predeterminado = NoFilter)
-fm: Carga los datos del mapa de campo de este archivo
-fp: Ancho de meseta del filtro (0 = sin meseta, 1 = meseta completa) (predeterminado = 0.0)
-gd: Fracción de puntos k-psace para descartar en las líneas de autocalibración debido a la alta
residuales (predeterminado = 0.0)
-gp: Número de líneas de espacio k medidas vecinas utilizadas para la interpolación GRAPPA
(predeterminado = 2)
-gramo: Número de vecinos en la dirección de lectura utilizados para la interpolación GRAPPA (predeterminado = 5)
-gs: Factor de escala para la cuadrícula utilizada para la cuadrícula (predeterminado = 1.0)
-gt: Almacenar imágenes de la plantilla GRAPPA
-ip: Argumentos de línea de comando para procesamiento adicional de imágenes finales (predeterminado = ninguno)
-j: Número de trabajos simultáneos (subprocesos) en reco (predeterminado = 24)
-kg1d: Función de núcleo para cuadrícula de espacio k 1d (opciones = Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, predeterminado = Gauss (0.36169))
-kg2d: Función de núcleo para cuadrícula de espacio k 2d (opciones = Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp, predeterminado = Gauss (0.36169))
-kh: Reconstrucción de ojo de cerradura, p. Ej. Para PROPELLER
-Kansas: Almacenar datos de espacio k
-kw1d: Ancho de kernel para cuadrícula de espacio k 1d [Pixel] (predeterminado = 4.24264Pixel)
-kw2d: Ancho de kernel para cuadrícula de espacio k 2d [Pixel] (predeterminado = 3.0Pixel)
-mf: Número máximo de frecuencias para la reconstrucción multifrecuencia (predeterminado = 256)
-Minnesota: En la proyección de intensidad máxima de ventana deslizante, utilice este número de vecinos en cada
dirección (por defecto = 4)
-señor: Máxima recursividad de la reconstrucción al esperar los datos de la pizarra, cero significa que no
recursividad (predeterminado = 100)
-o: Prefijo de los archivos de salida (predeterminado =. / Imagen)
-ordenador personal: Combina la fase de los canales usando una corrección de fase
-Educación física: Exponente de la ponderación de magnitud al calcular la fase combinada de todos los canales
(predeterminado = 0.0)
-pf: Nombre de archivo de FIFO (canalización con nombre) para obtener los datos brutos de
-música pop: Receta para el procesamiento posterior del volumen 3D después de la combinación de canales (predeterminado = nulo)
-prp: Receta para el procesamiento posterior del volumen 3D antes de la combinación de canales (predeterminado = nulo)
-pt: Combina y almacena el tiempo de fase de todos los canales.
-pz: Rellene los datos brutos faltantes (de la medición interrumpida) con ceros
-qs: Control de calidad: compruebe si hay picos en los datos
-rd: Vuelca los datos de la señal y su protocolo a archivos con este prefijo, no reconstruya
imágenes
-rf: Leer la receta de recuperación (diseño de canalización) de este archivo
-rp: Receta Reco (diseño de canalización)
-s: Seleccione ciertos rangos de dimensiones (lista separada por espacios de 'dim = selección', p. Ej.
rebanada = 3)
-Carolina del Sur: Almacena imágenes de canales por separado en lugar de combinarlas
-sp: Almacenar fase además de magnitud
-SO: Reconstrucción de ventana corredera, p. Ej. Para Espiral / HÉLICE
-t1f: Utilice este tipo de ajuste T1, puede ser uno de 'simple', 'magnitud' (predeterminado = simple)
-t1l: Nivel relativo al valor medio del primer eco para configurar la máscara de ajuste T1 (predeterminado = 0.50)
-t1m: Límite superior para ajuste T1 [ms] (predeterminado = 3000.0 ms)
: para: Tiempo de espera para la grabación en segundos, 0 = infinito (predeterminado = 0)
Tipo: Tipo de representación de imagen (opciones = flotador automático doble s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit, predeterminado = automático)
-wdialecto: Escribe datos usando el dialecto dado del formato. (el valor predeterminado es sin dialecto)
-wp: Almacena el protocolo por separado en este archivo.
-zp: Tamaño mínimo de la imagen final en la dirección de fase obtenido con relleno cero (predeterminado = 0)
-zr: Tamaño mínimo de la imagen final en la dirección de lectura obtenida con relleno cero (predeterminado = 0)
-zs: Tamaño mínimo de la imagen final en la dirección del corte obtenido con relleno cero (predeterminado = 0)
-v o para depurar / rastrear todos los componentes o un solo
componente, respectivamente. Los valores posibles para loglevel son: 0 (noLog), 1 (errorLog),
2 (registro de advertencia), 3 (registro de información).
-h, --ayuda, -ayuda, --versión : Imprime el texto de ayuda o la información de la versión
Use odinreco en línea usando los servicios de onworks.net
