Este es el palogista de comandos que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
palogista: realice un análisis de asociación de todo el genoma utilizando un modelo logístico
SINOPSIS
palogista [ De línea de comandos opciones ]
DESCRIPCIÓN
palogista ejecuta una regresión lineal en grandes conjuntos de datos imputados de manera eficiente.
Opciónes
Requerido comando línea opciones
-pag, --feno ARCHIVO
Leer datos de fenotipo de ARCHIVO
-I, --información ARCHIVO
Leer información de SNP de ARCHIVO (por ejemplo, archivo MLINFO).
-D, --dosis ARCHIVO
Nombre de archivo del predictor SNP (por ejemplo, MLDOSE / MLPROB).
Opcional comando línea opciones
-metro, --mapa ARCHIVO
Nombre del archivo de mapa, que contiene las posiciones de los pares de bases para cada SNP.
-norte, --nidos NÚMERO
Número de personas a analizar.
-C, --cromo ARCHIVO
Cromosoma (para pasar a la salida).
-Oh, --fuera ARCHIVO
Nombre del archivo de salida (el predeterminado es regresión.fuera.txt ).
-s, --omitir NÚMERO
Cuántas columnas omitir en el archivo predictor (dosis / problema) (el valor predeterminado es 2).
-t, --ntraits NÚMERO
Cuántos rasgos se analizan (el valor predeterminado es 1).
-gramo, --ngpreds NÚMERO
Cuántas columnas de predicción por marcador (predeterminado 1 = MLDOSE; de lo contrario, use 2 para MLPROB).
-a --separar ARCHIVO
Carácter para separar campos (el valor predeterminado es espacio).
-r, --puntaje
Utilice la prueba de puntuación.
-mi, - sin cabeza
No informe la línea de encabezado en la salida.
-l --allcov
Informe estimaciones para todas las covariables (¡grandes resultados!).
-B, --Interacción
Qué covariable usar para la interacción con el análisis SNP (el valor predeterminado es no
interacción, 0).
-k, --interacción_solo
Como --Interacción pero sin covariable que actúe en interacción con SNP (el valor predeterminado es
sin interacción, 0).
-v, --mmpuntuación ARCHIVO
Prueba de puntuación en muestras de personas emparentadas. El argumento FILE es el nombre de un
archivo con la matriz de correlación inversa. TENGA EN CUENTA QUE ESTA FUNCIÓN AÚN ES
¡EXPERIMENTAL!
--robusto
Informe errores estándar robustos (también conocidos como sándwich, también conocidos como Hubert-White).
--ayuda Ayuda de impresión.
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