Este es el comando plast que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
plast - Herramienta de búsqueda de alineación de secuencia local paralela
DESCRIPCIÓN
plástico 2.3.1
- Fecha de compilación: 2016-02-09 09:47:45 - SO: Linux-4.3.0-1-amd64 - Compilador: / usr / bin / cc
(5.3.1) - CPU de host: 4 núcleos disponibles
[*] denota argumento obligatorio.
-p [*]:
Nombre del programa [plastp, tplastn, plastx, tplastx o plastn]
-d [*]:
Archivo de base de datos del sujeto
-i [*]:
Consultar archivo de base de datos
-o : Archivo de salida del informe PLAST
-e : Valor de expectativa
-n : Tamaño del vecindario que realiza una extensión sin huecos
-s : El umbral sin huecos activa una pequeña extensión con huecos
-g : umbral para una pequeña extensión con huecos
-b : ancho de banda para una pequeña extensión con huecos
-a : Número de procesadores a utilizar
-G : Costo de abrir una brecha
-E : Costo de ampliar una brecha
-xdrop-desbloquear :
Valor de caída X para la alineación sin espacios (en bits) (cero invoca el comportamiento predeterminado 20
bits)
-X : Valor de caída X para alineación con huecos (en bits) (cero invoca el comportamiento predeterminado)
-Z : Valor de caída X para la alineación final con espacios en bits (0.0 invoca el comportamiento predeterminado)
-index-umbral :
Umbral de índice para calcular la similitud entre vecinos
-F : Filtrar secuencia de consulta
-M : Matriz de puntuación (BLOSUM62 o BLOSUM50)
-hebra :
hebras para plastn: 'más', 'menos' o 'ambos' (predeterminado)
-r : recompensa por una coincidencia de nucleótidos (plastn)
-q : penalización por un desajuste de nucleótidos (plastn)
-forzar-orden-consulta :
Forzar el orden de las consultas en el archivo de salida.
-max-tamaño-de-base de datos :
Tamaño máximo permitido (en bytes) para una base de datos. Si es mayor, la base de datos está segmentada.
-max-hit-por-consulta :
Visitas máximas por consulta. El valor 0 volcará todos los hits (predeterminado)
-max-hsp-por-hit :
Máximo de alineaciones por golpe. El valor 0 volcará todos los hits (predeterminado)
-outfmt :
Formato de salida: 1 para tabulado (predeterminado), 2 para tubulado extendido, 4 para NCBI
Como una explosión.
-lista-de-hebras :
Lista de las hebras (por ejemplo: "1,2,6") que se utilizarán cuando se utilice algo que utilice nucleótidos
bases de datos.
-optim-codón-parada :
tamaño del rango permitido entre el último carácter no válido y la siguiente parada
codon
-disparador-de-fábrica :
Fábrica que crea despachador.
-estadísticas-de-fábrica :
Fábrica que crea generador de estadísticas.
-indexación-de-fábrica :
Fábrica que crea constructor de indexación.
-fábrica-golpe-ungap :
Fábrica que crea un iterador de hits ungap.
-fábrica-hit-smallgap :
La fábrica que crea un pequeño intervalo golpea el iterador.
-factory-hit-fulgap :
Fábrica que crea un iterador de hits de brecha completa.
-composición-golpe-de-fábrica :
Fábrica que crea iterador de hits de composición.
-resultado-de-brecha-de-fábrica :
Resultado de la fábrica que crea alineaciones de huecos.
-resultado-de-apertura-de-fábrica :
Fábrica que crea el resultado de alineaciones abiertas.
-disidente :
Fábrica que crea un divisor de alineación. Cadena: 'normal' o 'con bandas' (predeterminado)
-optim-filtro-ungap :
Optimización que se filtra a través de alineaciones abiertas.
-gráfico de barras :
Muestra una barra de progreso durante la ejecución.
-tamaño de gráfico de barras :
Número de caracteres del gráfico de barras.
-archivo-de-progresión :
Volcar en un archivo el porcentaje de ejecución actual.
-verboso :
Muestra información durante la ejecución del algoritmo.
-estadisticas-completas :
Volcar estadísticas del algoritmo.
-estadísticas :
Volcar estadísticas genéricas.
-estadísticas-fmt :
Formato de las estadísticas: 'raw' (predeterminado) o 'xml'
-estadísticas-auto :
Creación automática de archivos de estadísticas
-progreso-de-alineación :
Volcar en un archivo el número creciente de alineaciones de apertura / apertura durante el algoritmo.
-recursos-progreso :
Volcar en un archivo información sobre recursos durante el algoritmo.
-plastrc :
Nombre de ruta del archivo de configuración plast.
-filtro xml :
Uri de un archivo de filtro XML.
-relación-uso-de-semillas :
Proporción de semillas a utilizar.
-filtro-índice-de-semillas :
longitud de las semillas que se utilizará para el filtro de indexación.
-archivo-de-estadísticas-de-base-de-sujeto-completo :
Ruta del archivo a las estadísticas de la base de datos de temas completa
-W : tamaño de las semillas
-h : ayuda
Citando PLAST: Nguyen VH, Lavenier D. (2009) PLAST: herramienta de búsqueda de alineación local paralela
para la comparación de bases de datos. BMC Bioinformatics, vol 10, no 329.
Utilice plast en línea utilizando los servicios de onworks.net
