Este es el comando pls2fasta que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
pls2fasta: convierte archivos plx.h5 / bax.h5 / fofn en archivos fasta o fastq
SINOPSIS
pls2fasta en.bax.h5 fuera.fasta [opciones]
DESCRIPCIÓN
Aunque los archivos fasta se proporcionan con cada ejecución, no se recortan ni se dividen en
subreads. Este programa toma información de anotación adicional, como el subread
coordenadas y regiones de alta calidad, y las utiliza para crear secuencias fasta que son
subcadenas de todas las bases llamadas. La mayoría de las veces, querrá recortar las lecturas de baja calidad,
entonces deberías especificar -trimPorRegión.
OPCIONES
en.bax.h5
Ingrese el archivo plx.h5 / bax.h5 / fofn.
fuera.fasta
Salida de archivo fasta / fastq.
-trimPorRegión
Recorta las regiones de baja calidad.
-maskPorRegión
Enmascare las regiones de baja calidad con 'N'.
-tablaregión propuesta de
Archivo HDF opcional con / PulseData / Regiones conjunto de datos
-minSubreadLongitud propuesta de
No escriba subreads de menos de la longitud especificada.
-noSplitSubreads
No divida lecturas en secuencias de adaptadores.
-número de orificio
Imprima únicamente este número de agujero (o lista de números).
-rápidoq Imprime en formato FASTQ con calidad.
-ccs Imprimir secuencias de consenso circular de novo (ccs)
-Longitud de la línea propuesta de
Especifique la longitud de la línea fasta / fastq
-minReadScore propuesta de
Puntuación de lectura mínima para imprimir una lectura. La puntuación es un número entre 0 y 1000 y
representa el porcentaje de precisión esperado * 10. Un valor típico estaría entre
750 y 800. Esto no se aplica a las lecturas de ccs.
-mejor Si existe una secuencia ccs, imprímalo. De lo contrario, imprima el subread más largo. Esta
no es compatible con fastq.
Utilice pls2fasta en línea utilizando los servicios de onworks.net
