Este es el comando primer3_core que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
primer3_core - Diseña cebadores para PCR
SINOPSIS
primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ fichero de entrada]
DESCRIPCIÓN
primer3_core elige cebadores para reacciones de PCR, considerando como criterio el oligonucleótido
temperatura de fusión, tamaño, contenido de GC y posibilidades de dímero de cebadores, tamaño del producto de PCR,
restricciones posicionales dentro de la secuencia de origen y otras restricciones diversas.
Por defecto, primer3_core acepta entrada y produce salida en formato Boulder-io, un pre-XML
formato de entrada / salida basado en texto para formato de intercambio de datos de programa a programa. los
El formato Boulder-io y los comandos que entiende primer3_core se describen en el
README archivo, que en los sistemas Debian se puede encontrar en / usr / share / doc / primer3 /.
OPCIONES
-formato_salida
Imprime un informe más orientado al usuario para cada secuencia.
-etiquetas_estrictas
primer3_core hace eco e ignora cualquier etiqueta que no reconoce, a menos que el
-etiquetas_estrictas La bandera se establece en la línea de comando, en cuyo caso primer3_core imprime un
error en la etiqueta de salida PRIMER_ERROR e imprime información adicional en stdout;
esta opción puede ser útil para depurar sistemas que incorporan imprimación.
Nota
Ya no se admite el indicador anterior -2x_compat.
SALIR ESTADO Codigos
· 0 en funcionamiento normal.
· -1 en las siguientes condiciones: argumentos de línea de comandos ilegales, incapaz de vaciar
stdout, incapaz de abrir (para escribir y crear) un archivo .for, .rev o .int (probablemente
debido a un problema de protección).
· -2 en memoria insuficiente.
· -3 entrada vacía.
· Error -4 en una etiqueta de entrada "Global" (mensaje en PRIMER_ERROR).
REFERENCIA
Por favor, cite a Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 en la WWW para usuarios generales y para
programadores biólogos ". En S. Krawetz y S. Misener, eds. Métodos bioinformáticos y
Protocolos de la serie Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, Nueva Jersey, 2000,
páginas 365-386.
Utilice primer3_core en línea utilizando los servicios de onworks.net
