Este es el primer comando que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
cebadores: versión simple de cebador3 para elegir cebadores de PCR
SINOPSIS
primers -secuencia Seqall [-región de destino distancia] [-tamaño mínimo entero] [-tamaño máximo entero]
[-maxdifftm flotar] [-explica la bandera booleano] [-numreturn entero] -archivo de salida archivar
primers -ayuda
DESCRIPCIÓN
primers es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Nucleic: Primers".
OPCIONES
Entrada .
-secuencia Seqall
La secuencia a partir de la cual elegir los cebadores. La secuencia debe presentarse 5 '-> 3'
Adicionales .
-región de destino distancia
Si se especifica uno o más objetivos, entonces un par de cebadores legales debe flanquear al menos uno
de ellos. Un objetivo puede ser un sitio de repetición de secuencia simple (por ejemplo, una repetición de CA) o
un polimorfismo de un solo par de bases. El valor debe ser una lista separada por espacios de
, pares donde es el índice de la primera base de un objetivo, y
es el último Ej. 50,51 requiere cebadores para rodear las 2 bases en las posiciones 50
y 51.
-tamaño mínimo entero
Longitud mínima aceptable de una imprimación. Debe ser mayor que 0 y menor o igual
a MAX-SIZE. Valor predeterminado: 18
-tamaño máximo entero
Longitud máxima aceptable (en bases) de una imprimación. Actualmente, este parámetro no se puede
mayor que 35. Este límite se rige por el tamaño máximo de oligo para el cual Primer3's
la temperatura de fusión es válida. Valor predeterminado: 27
-maxdifftm flotar
Diferencia máxima aceptable (sin firmar) entre las temperaturas de fusión del
cebadores de avance y retroceso. Valor predeterminado: 100.0
Salida .
-explica la bandera booleano
Si esta bandera no es 0, produce LEFT-EXPLAIN y RIGHT-EXPLAIN, salidas, que son
destinado a proporcionar información sobre el número de pares de cebadores que Primer3 examinó,
y estadísticas sobre el número descartado por diversas razones. Valor predeterminado: N
-numreturn entero
El número máximo de pares de cebadores que se devolverán. Los pares de cebadores devueltos se ordenan por
su 'calidad', en otras palabras, por el valor de la función objetivo (donde una menor
número indica un mejor par de cebadores). Precaución: establecer este parámetro en un gran
El valor aumentará el tiempo de ejecución. Valor predeterminado: 5
-archivo de salida archivar
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