Este es el comando probabel que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
probabel - Envuelve los tres binarios de ProbABEL, simplificando su uso
SINOPSIS
probable ARRANQUE CROMO PARADA DE CROMO MÉTODO GRUPO MODELO Fenotipo [OTRAS OPCIONES]
DESCRIPCIÓN
probable es un envoltorio de los tres binarios de ProbABEL: palineal, palogistay pacoxph.
Está diseñado para simplificar la ejecución de un estudio de asociación de todo el genoma (GWAS) al guardar el
el valioso tiempo del usuario de dos maneras:
1) ejecuta el análisis de regresión de todos los cromosomas de ARRANQUE CROMO a PARADA DE CROMO.
2) En contraste con los tres binarios mencionados anteriormente, con probable el usuario no necesita
para especificar las ubicaciones de los archivos de datos genéticos requeridos. Su ubicación es central
gestionado en un archivo de configuración (/etc/probable_config.cfg por defecto).
OPCIONES
Requerido comando línea opciones
ARRANQUE CROMO
Número del cromosoma en el que se iniciará el análisis.
FIN DE CROMO
Número del cromosoma en el que finalizará el análisis.
Tenga en cuenta que el análisis de un solo cromosoma se puede ejecutar especificando el mismo número para
ARRANQUE CROMO y PARADA DE CROMO. De hecho, esta es la forma de ejecutar el análisis para X o Y
cromosoma
MÉTODO Qué método de regresión usar, puede ser uno de lineal, logístico, or coxph.
GRUPO El nombre de la cohorte como se define en el /etc/probable_config.cfg expediente. Utilizando el
identificador de cohorte del archivo de configuración que los tres binarios reales de ProbABEL conocen
Dónde encontrar los archivos de información genotípica (archivos de dosis y / o probabilidad
archivos).
MODELO El modelo genético que se utilizará. Pueden ser cualquiera de los dos --aditivo para el modelo aditivo
(requiere datos de genotipo en forma de dosificación), o --todos los modelos para ejecutar todos los modelos genéticos:
aditivo, recesivo, dominante, sobredominante y 2df.
Fenotipo
El nombre del archivo de fenotipo, sin su extensión (que debe ser .PHE!).
Otro opciones
Todas las opciones enumeradas después de las anteriores (obligatorias) se transferirán al subyacente.
binario: palineal, palogista or pacoxph, dependiendo de MÉTODO.
La opción más utilizada es la -o opción, seguida de un nombre de archivo, esto especifica
el comienzo del nombre de archivo para los archivos de salida.
Adicionales opciones
-h, --ayuda Obtenga ayuda adicional sobre cómo ejecutar probable. En este caso ninguno de los otros
es necesario especificar las opciones.
EJEMPLOS
Esto ejecuta un escaneo de asociación de todo el genoma usando regresión lineal y la genética aditiva
modelo en cohorte Mi_gran_cohorte por fenotipo mi_fenotipo:
probabel 1 22 linear "My_Large_Cohort" --aditivo my_phenotype
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