proda - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

proda: alineación múltiple de secuencias de proteínas con repeticiones y reordenamientos

SINOPSIS

Proda [opción] [archivo mfa] [> salida]

DESCRIPCIÓN

Esta página de manual documenta brevemente la Proda mando.

Proda (Protein Domain Aligner) es un software de dominio público para generar múltiples
alineaciones de secuencias de proteínas con repeticiones y reordenamientos, por ejemplo, proteínas con
múltiples dominios.

Dado un conjunto de secuencias de proteínas como entrada, ProDA primero encuentra alineaciones locales por pares
entre todos los pares de secuencias, luego forma bloques de fragmentos de secuencia alineables, y
finalmente genera múltiples alineaciones de los bloques. ProDA se basa en muchas técnicas utilizadas
in problemas (<http://probcons.stanford.edu>), un alineador múltiple reciente que muestra un alto
precisión en varios puntos de referencia populares.

ENTRADA FORMATO

Proda acepta archivos de entrada en formato MFA. El formato MFA se especifica a continuación:

· El formato MFA consta de múltiples secuencias;

· Cada secuencia en el formato MFA comienza con una descripción de una sola línea, seguida de
líneas de datos de secuencia;

· La línea de descripción se distingue de los datos de secuencia por un mayor que (">")
símbolo en la primera columna.

SALIDA FORMATO

Para un conjunto de secuencias de entrada, Proda generalmente genera varios bloques a su vez, cada uno consta
de fragmentos de secuencia alineable. A cada bloque le sigue su alineación múltiple.

Un bloque se especifica enumerando sus fragmentos de secuencia. Cada fragmento sale como
nombre_secuencia (inicio-fin), donde nombre_secuencia es el nombre de la secuencia original y
start y end son posiciones en las que el fragmento comienza y termina respectivamente.

Proda produce alineaciones de bloques en el formato ClustalW (ALN) que se describe a continuación:

· El formato ClustalW consta de una sola línea de encabezado seguida de datos de secuencia en
bloques de 50 posiciones de alineación;

· Cada bloque consta de:

· Una línea de datos para cada una de las secuencias en la alineación - en particular, el
nombre de la secuencia;

· 50 caracteres de la alineación;

· Una línea de anotación que indica completamente conservada (*), fuertemente conservada (:), o
columnas débilmente conservadas (.);

· La línea de descripción se distingue de los datos de secuencia por un mayor que (">")
símbolo en la primera columna.

RÁPIDO formato for salida
Si se especifica la opción -fasta, entonces, además de la salida normal, ProDA produce una
archivo que contiene alineaciones de bloques en formato FASTA. El archivo de salida tiene el mismo nombre que
el primer archivo de entrada y extensión ".fasta". Dos alineaciones consecutivas de bloques son
separados por una línea que contiene el carácter ´ # ´.

El formato FASTA se describe a continuación:

· El formato FASTA consta de todas las secuencias dadas en los archivos de entrada;

· Cada secuencia en el formato FASTA comienza con una descripción de una sola línea, seguida de
líneas de datos de secuencia;

· La línea de descripción se distingue de los datos de secuencia por un mayor que (">")
símbolo en la primera columna;

· Los residuos alineados están en mayúsculas, los residuos no alineados están en minúsculas.

Dado que una alineación final contiene cada secuencia solo una vez, esta opción debe usarse solo
si las secuencias de entrada no contienen repeticiones.

OPCIONES

-L [longitud mínima]

Establezca la longitud de alineación mínima igual a [min_length].

ProDA encuentra alineaciones de longitud mayor o igual a un umbral L. Por
predeterminado, L = 30. Esta opción establece el umbral en [min_length].

-posterior

Utilice la decodificación posterior cuando calcule alineaciones por pares locales.

ProDA calcula las alineaciones locales por pares entre dos secuencias usando un par-HMM
y decodificación de Viterbi o decodificación posterior. La opción predeterminada es usar
Decodificación de Viterbi que es más rápida que la decodificación posterior, pero puede ser menos precisa.
Activar esta opción indica al alineador que utilice la decodificación posterior en su lugar. En
En el ejemplo anterior, la salida se generó con la opción -posterior activada.

-silencio

No informe el progreso durante la alineación.

Activar esta opción le indica al alineador que no informe el progreso mientras
alineando. De forma predeterminada, ProDA informa el progreso en todas las alineaciones por pares, bloque
generación y alineación de bloques. Dado que algunas etapas del algoritmo, especialmente
alineación por pares, puede llevar mucho tiempo, informar el progreso hace que el programa parezca
vivo mientras corre.

-tran

Utilice la transitividad al formar bloques de fragmentos de secuencias alineables.

Dos fragmentos de secuencia se pueden alinear directamente si forman parte de un
alineación por pares. De forma predeterminada, dos fragmentos se consideran alineables si y solo
si son directamente alineables. Activar esta opción indica al alineador que
considerar dos fragmentos alineables cuando son directamente alineables o cuando ambos
se pueden alinear directamente con un tercer fragmento.

-fasta

Utilice el formato de salida FASTA además del formato ClustalW.

Cuando esta opción está activada, el alineador genera una salida en formato FASTA
y se almacena en un archivo con el mismo nombre que el primer archivo de entrada y extensión
".fasta", además de la salida normal de stdout. Esta opción debe usarse
solo si las secuencias de entrada no contienen repeticiones.

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