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PROGRAMA:

NOMBRE

prof - predictor de accesibilidad de solventes y estructuras secundarias

SINOPSIS

profesor [FICHERO DE ENTRADA+] [OPCIONES]

DESCRIPCIÓN

La estructura secundaria es predicha por un sistema de redes neuronales con una calificación esperada
precisión media> 72% para los tres estados: hélice, hebra y bucle (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost y Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; y Rost & Sander,
Proteins, 1994, 19, 55-72; evaluación de la precisión). Evaluado en el mismo conjunto de datos,
PROFsec tiene una precisión de tres estados diez puntos porcentuales más alta que los métodos que utilizan
información de secuencia única, y en más de seis puntos porcentuales más que,
por ejemplo, un método que utiliza información de alineación basada en estadísticas (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, Prot. Engng., 6, 849 - 54, 1993). Las predicciones de PHDsec tienen tres características principales:

1. precisión mejorada a través de información evolutiva de múltiples alineaciones de secuencia
2. predicción mejorada de la cadena beta a través de un procedimiento de entrenamiento equilibrado
3. predicción más precisa de los segmentos de la estructura secundaria mediante el uso de un sistema de varios niveles

La accesibilidad del solvente se predice mediante una calificación de método de red neuronal en una correlación
coeficiente (correlación entre el disolvente relativo observado y previsto experimentalmente
accesibilidad) de 0.54 con validación cruzada en un conjunto de 238 proteínas globulares (Rost & Sander,
Proteins, 1994, 20, 216-226; evaluación de la precisión). La salida de la red neuronal
códigos para 10 estados de accesibilidad relativa. Expresado en unidades de la diferencia
entre la predicción por modelo de homología (mejor método) y la predicción al azar (peor
método), PROFacc es unos 26 puntos porcentuales superior a una red neuronal comparable
utilizando tres estados de salida (enterrado, intermedio, expuesto) y sin utilizar información de
múltiples alineaciones.

Las hélices transmembrana en proteínas integrales de membrana son predichas por un sistema de neuronas
redes. La deficiencia del sistema de red es que, a menudo, las hélices son demasiado largas.
predicho. Estos se cortan mediante un filtro empírico. La predicción final (Rost et al.,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; evaluación de precisión) tiene un por-residuo esperado
precisión de aproximadamente el 95%. El número de falsos positivos, es decir, hélices transmembrana.
predicho en las proteínas globulares, es de alrededor del 2%. La predicción de la red neuronal de
hélices transmembrana (PHDhtm) se refina mediante un algoritmo dinámico similar a la programación. Esta
El método resultó en predicciones correctas de todas las hélices transmembrana para el 89% de las 131
proteínas utilizadas en una prueba de validación cruzada; más del 98% de las hélices transmembrana fueron
predicho correctamente. La salida de este método se utiliza para predecir la topología, es decir, la
orientación del término N con respecto a la membrana. La precisión esperada del
la predicción de topología es> 86%. La precisión de la predicción es superior a la media para eucariotas
proteínas y por debajo de la media para los procariotas. La PHDtopología es más precisa que todas
otros métodos probados en conjuntos de datos idénticos.

Si no hay opción de archivo de salida (como --archivoRdb or --fileOut) recibe el formato RDB
la salida se escribe en ./INPUTFILENAME.prof donde 'prof' reemplaza la extensión del
fichero de entrada. A falta de la extensión, se agrega '.prof' al nombre del archivo de entrada.

Salida formato
El formato RDB se autoanota; consulte las salidas de ejemplo en / share / profphd / prof / exa.

Referencias

Rost, B. y Sander, C. (1994a). Combinando información evolutiva y redes neuronales para
predecir la estructura secundaria de la proteína. Proteínas 19(1), 55-72.
Rost, B. y Sander, C. (1994b). Conservación y predicción de la accesibilidad de disolventes en
familias de proteínas. Proteínas 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P. y Sander, C. (1995). Hélices transmembrana
predice con una precisión del 95%. Proteína Sci, 4(3), 521-33.

OPCIONES

Consulte cada palabra clave para obtener más ayuda. Es probable que la mayoría de estos se rompan.

patrones de conectividad alternativos (predeterminado = 3)

3 predecir seg + acc + htm

acc predice la accesibilidad del solvente, solo

ali agrega alineación a los archivos de salida PROF 'legibles por humanos'

arco
arquitectura del sistema (por ejemplo: SGI64 | SGI5 | SGI32 | SUNMP | ALPHA)

ascii
escribir archivos de salida PROF 'legibles para humanos'

el mejor
PROF con la mejor precisión y el mayor tiempo de ejecución

ambas
predecir la estructura secundaria y la accesibilidad a los disolventes

datos
datos = para HTML out: solo aquellas partes de las predicciones escritas

depurar
mantener la mayoría de los archivos intermedios, imprimir mensajes de depuración

dirTrabajo
directorio de trabajo, predeterminado: un directorio temporal de File :: Temp :: tempdir. Debe estar completamente
ruta calificada.

Conocido por trabajar.

doEval
HACER evaluación para la lista (solo para estructuras y listas conocidas)

hacerFilterHssp
filtrar el archivo HSSP de entrada (excluyendo algunos pares)

doHtmfil
FILTRAR la predicción de la membrana (predeterminado)

no te pierdas
DEBE comprobar la resistencia de la hélice de membrana prevista (predeterminado)

doHtmref
DEBE refinar la predicción de la membrana (predeterminado)

hacerHtmtop
Topología de hélice de membrana DO (predeterminado)

dsp
convertir PROF en formato DSSP

expandir
expandir inserciones al convertir la salida a formato MSF

fast
PROF con la menor precisión y la mayor velocidad

archivo Casp
nombre de la salida PROF en formato CASP (file.caspProf)

archivoDssp
nombre de la salida PROF en formato DSSP (file.dsspProf)

archivoHtml
nombre de la salida PROF en formato HTML (file.htmlProf)

archivo Msf
nombre de la salida PROF en formato MSF (file.msfProf)

archivoNotHtm
nombre del archivo que indica que no se encontró ninguna hélice de membrana

archivoFuera
nombre de la salida PROF en formato RDB (file.rdbProf)

Conocido por trabajar.

archivoProf
nombre de la salida PROF en formato legible por humanos (file.prof)

Roto.

archivoRdb
nombre de la salida PROF en formato RDB (file.rdbProf)

Conocido por trabajar.

archivoSaf
nombre de la salida PROF en formato SAF (file.safProf)

filtrar
filtrar el archivo HSSP de entrada (excluyendo algunos pares)

bueno
PROF con buena precisión y velocidad moderada

gráfica
agregar un gráfico ASCII a los archivos de salida PROF 'legibles por humanos'

uso de htm: 'htm = 'da una hélice transmembrana mínima detectada por defecto es' htm = 0 '
(resp. htm = 0.8) números más pequeños, más falsos positivos y menos falsos negativos.

argumento html
'hmtl' o 'html = 'escribir formato HTML de predicción' html 'dará como resultado
que la salida PROF se convierte a HTML 'html = body' restringe el archivo HTML al
La parte de etiqueta HTML_BODY 'html = head' restringe el archivo HTML a la parte de etiqueta HTML_HEADER
'html = all' da HEADER y BODY

mantenerConv
mantener la conversión del archivo de entrada al formato HSSP

keepFilter argumento
<* | doKeepFilter = 1> mantiene el archivo HSSP filtrado

argumento keepHssp
<* | doKeepHssp = 1> mantiene el archivo HSSP intermedio

argumento keepNetDb
<* | doKeepNetDb = 1> mantener los archivos DbNet intermedios

argumento de lista
<* | isList = 1> archivo de entrada es una lista de archivos

msf convierte PROF en formato MSF

agradable
dar 'nice-D' para establecer el valor agradable (prioridad) del trabajo

noProfHead
NO copie el archivo con tablas en el directorio local

sin búsqueda
abreviatura de doSearchFile = 0, es decir, sin búsqueda de archivos DB

noascii
suprimir la escritura de archivos de resultados ASCII (es decir, legibles por humanos)

nohtml
suprimir la escritura de archivos de resultados HTML

no es lindo
el trabajo no se corregirá, es decir, no se ejecutará con menor prioridad

noEval
NO verifique la precisión incluso cuando haya estructuras conocidas

noHtmfil
NO filtre la predicción de la membrana

No te pierdas
NO compruebe si la hélice de la membrana es lo suficientemente fuerte

noHtmref
NO refine la predicción de la membrana

noHtmtop
NO utilice topología de hélice de membrana

nresPerLineAli
Número de caracteres utilizados para el archivo MSF. Predeterminado: 50.

número mínimo
Número mínimo de residuos para ejecutar la red, de lo contrario prd = symbolPrdShort. Predeterminado: 9.

optarJurado
Agrega PHD al jurado. Por defecto: `normal, usePHD '.

Muchos otros parámetros cambian el valor predeterminado de este como efecto secundario, la lista es
no es exhaustivo:

phd, nophd, / ^ para (3 | Ambos | Sec | Acc | Htm | CapH | CapE | CapHE) /, / ^ para? /, jct

para3
Archivo de parámetros para sec + acc + htm. Predeterminado: ` /net/PROFboth_best.par '.

paraAcc
Archivo de parámetros para acc. Predeterminado: ` /net/PROFacc_best.par '.

paraAmbos
Archivo de parámetros para sec + acc. Predeterminado: ` /net/PROFboth_best.par '.

paraSec
Archivo de parámetros para sec. Predeterminado: ` /net/PROFsec_best.par '.

riSubAc
Índice de confiabilidad mínimo (RI) para el subconjunto PROFacc. Predeterminado: 4.

riSubSec
Índice de confiabilidad mínimo (RI) para el subconjunto PROFsec. Predeterminado: 5.

riSubSym
Símbolo para residuos predichos con RI <riSubSec / Acc. Predeterminado: '.'.

saltar
problemas, manual, sugerencias, notación, txt, conocido, HECHO, Fecha, fecha, aa, Lhssp, numaa,
código

saf convierte PROF en formato SAF

scrAddAyuda
scrObjetivo
conmutación de red neuronal

scrAyudaTxt
Formatos de archivo de entrada aceptados:
hssp, dssp, msf, saf, fastamul, pirmul, fasta, pir, gcg, suizo

pantalla
list_of_files (o un solo archivo) parameter_file

scrNombre
profe

scrNarg
2

seg predice la estructura secundaria, solo

silencioso
no hay información escrita en la pantalla: este es el valor predeterminado

saltarFalta
¡No cancele si falta el archivo de entrada!

archivo fuente
profe

test
es solo una prueba (más rápido)

traducir-jobid-en-valores-param
La cadena 'jobid' se sustituye por $ par {jobid}

tst ejecución rápida a través del programa, baja precisión

usuario
nombre de usuario

--versión
Versión impresa

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