Este es el comando pymol que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
pymol: paquete de modelado y gráficos moleculares flexible y gratuito
SINOPSIS
pimol [opciones] [archivos]
DESCRIPCIÓN
A lo largo de los años, PyMOL se ha convertido en un visor molecular capaz con soporte para animaciones,
renderizado de alta calidad, cristalografía y otras actividades comunes de gráficos moleculares.
Ha sido adoptado por muchos cientos (tal vez incluso miles) de científicos repartidos por
treinta países. Sin embargo, PyMOL es todavía un trabajo en progreso, con desarrollo
Se espera que continúe en los próximos años.
OPCIONES
Actualmente se admiten estas opciones:
-2 Comience en el modo de mouse de dos botones.
-c Modo de línea de comandos, sin GUI. Para operaciones por lotes.
-d cadena
Ejecute la cadena de comando pymol al inicio.
-e Comience en modo de pantalla completa.
-f #línea
Controla la visualización de comandos y comentarios en OpenGL (0=off).
-g archivo.png
Escriba un archivo PNG (después de evaluar los argumentos anteriores)
-i Deshabilite la GUI interna de OpenGL (lista de objetos, menús, etc.)
-l archivo.py
Genere un programa de Python en un nuevo hilo.
-o Deshabilite las protecciones de seguridad para los archivos de sesión.
-p Escuche los comandos en la entrada estándar.
-q Lanzamiento silencioso. Suprime la pantalla de bienvenida y otras conversaciones.
-r archivo.py
Ejecute un programa Python (en __principal__) en el arranque.
-s guión
Guarde los comandos en este archivo de programa o script PyMOL.
-t Utilice el módulo GUI externo basado en Tcl / Tk (pmg_tk).
-u guión
Cargue y agregue a este archivo de programa o script PyMOL.
-x Deshabilite el módulo GUI externo.
-B Habilitar la señal estéreo de línea azul (para Mac estéreo)
-G Comience en el modo Juego.
-M Forzar mono incluso cuando hay estéreo de hardware presente.
-R Inicie el oyente XMLRPC de Greg Landrum.
-S Forzar y lanzar en estéreo, si es posible.
-X int -Y int -W int -H int -V int
Ajusta la geometría de la ventana.
Todo archivos proporcionado se cargará o ejecutará después de que se inicie PyMOL. Pueden tener uno de los
siguientes extensiones:
.pml Secuencia de comandos de PyMOL que se ejecutará al inicio
.py [cm] Programa Python que se ejecutará al inicio
Archivo de formato .pdb Protein Data Bank que se cargará al inicio
.mmod Macromodel formato que se cargará al inicio
.mol MDL archivo MOL que se cargará en el inicio
.sdf Archivo MDL SD que se analizará y cargará en el inicio
.xplor Archivo de mapa X-PLOR (ASCII) que se cargará al inicio
.ccp4 Archivo de mapa CCP4 (BINARIO) que se cargará al inicio
.cc [12] Archivo de coordenadas cartesianas 3D de ChemDraw
.pkl Modelo ChemPy en escabeche (clase "chempy.modelo.Indexado")
.r3d archivo Raster3D
.cex archivo CEX (metafórica)
.top archivo de topología AMBER
.crd archivo de coordenadas AMBER
.rst archivo de reinicio AMBER
.trj trayectoria AMBER
Archivo de sesión .pse PyMOL
.phi Delphi / Grasp Mapa de potencial electrostático
Para obtener una lista de opciones, también puede ingresar lo siguiente en la línea de comando de pimol:
ayuda lanzamiento
COMANDOS
Consulte la documentación en línea de PyMols en
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category: Comandos o su ayuda interna para un comando
referencia.
Utilice pymol en línea utilizando los servicios de onworks.net
