pymvpa2-dump: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

pymvpa2-dump: exporta componentes del conjunto de datos a otros formatos (de archivo)

SINOPSIS

pymvpa2 arrojar [--versión] [-h] -i CONJUNTO DE DATOS [CONJUNTO DE DATOS ...] [-s | --sa SA | --fa FA | --da DA]
[-o SALIDA] [-f {hdf5, nifti, npy, txt}] [--mapper-conjunto de datos CONJUNTO DE DATOS [CONJUNTO DE DATOS ...]]
[--hdf5-compresión TIPO]

DESCRIPCIÓN

Volcar componentes del conjunto de datos en varios formatos

Un solo componente de conjunto de datos arbitrario (datos de muestra, atributo de muestra, atributo de característica,
atributo de conjunto de datos) se puede seleccionar y exportar a otro formato. Una lista de admitidos
formatos y sus respectivas capacidades se encuentran a continuación.

SALIDA DE TEXTO SENCILLO

Los datos numéricos 1D y 2D se pueden exportar como texto sin formato. Además, las listas de cadenas son
soportado también. Normalmente, los datos se exportan con un elemento por línea, excepto para 2D
matrices numéricas, donde se escribe una fila completa en una sola línea (separada por espacios).

Para todos los datos no admitidos, se emite una advertencia y una descripción textual truncada del
se proporciona el componente del conjunto de datos.

ALMACENAMIENTO HDF5

Los datos arbitrarios (tipos) se pueden almacenar en contenedores HDF5. Para datos simples que son nativos
compatible con HDF5, se crea un conjunto de datos HDF5 de nivel superior que contiene todos los datos. Complejo, no
Los tipos de datos admitidos de forma nativa se serializan antes de almacenarse en HDF5.

ARCHIVOS BINARIOS NPY DE NUMPY

Este formato de datos es para almacenar datos numéricos (con un número arbitrario de dimensiones en
formato binario).

ARCHIVOS NIFTI

Este formato de datos es para imágenes espaciales (multidimensionales). Los conjuntos de datos de entrada deben tener un
mapeador que puede realizar un mapeo inverso del componente del conjunto de datos correspondiente en el espacio de la imagen.

OPCIONES

--versión
mostrar la versión del programa y la información de licencia y salir

-h, --ayuda, --ayuda-np
muestre este mensaje de ayuda y salga. --ayuda-np desactiva forzosamente el uso de un buscapersonas
para mostrar la ayuda.

-i CONJUNTO DE DATOS [CONJUNTO DE DATOS ...], --aporte CONJUNTO DE DATOS [CONJUNTO DE DATOS ...]
ruta (s) a uno o más archivos de conjunto de datos PyMVPA. Todos los conjuntos de datos se fusionarán en un
conjunto de datos único (vstack'ed) en el orden de especificación. En algunos casos, esta opción puede
deben especificarse más de una vez si hay varios conjuntos de datos de entrada, pero separados
requerida.

-o PRODUCCIÓN, --producción SALIDA
Nombre del archivo de salida. Si no se proporciona un nombre de archivo de salida, la salida se dirigirá a stdout,
si lo permite el formato de datos

-f {hdf5, nifti, npy, txt}, --formato {hdf5, nifti, npy, txt}
formato de salida

--mapper-conjunto de datos CONJUNTO DE DATOS [CONJUNTO DE DATOS ...]
ruta a un conjunto de datos PyMVPA cuyo mapeador debe usarse para características de mapeo inverso
en espacio volumétrico para exportación NIfTI. De forma predeterminada, el asignador en el conjunto de datos de entrada
se utiliza.

De Seguros for seleccionar datos componentes:
-s, --muestras
volcar las muestras del conjunto de datos.

--sa SA
nombre del atributo de muestra que se va a volcar.

--fa FA
nombre del atributo de entidad que se va a verter.

--da DA
nombre del atributo del conjunto de datos que se va a volcar.

Opción for HDF5 salida:
--hdf5-compresión TIPO
tipo de compresión para almacenamiento HDF5. Los valores disponibles dependen del HDF5 específico
instalación. Los valores típicos son: 'gzip', 'lzf', 'szip' o números enteros del 1 al 9
indicando niveles de compresión gzip.

EJEMPLOS

Imprimir un atributo de muestra

$ pymvpa2 volcado -i mydata.hdf5 --sa subj

Exporte la matriz de datos de muestra al formato .npy de NumPy

$ pymvpa2 volcado -i mydata.hdf5 -s -f npy -d mysamples.npy

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