Este es el comando rate4site_doublerep que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
rate4site - detector de sitios de aminoácidos conservados
SINOPSIS
rate4site [OPTIONS] -s
DESCRIPCIÓN
La tasa de evolución no es constante entre los sitios de aminoácidos: algunas posiciones evolucionan lentamente
y se conocen comúnmente como "conservados", mientras que otros evolucionan rápidamente y se denominan
a como "variable". Las variaciones de velocidad corresponden a diferentes niveles de depuración.
selección actuando en estos sitios. La selección purificadora puede ser el resultado de geometrías
restricciones en el plegamiento de la proteína en su estructura 3D, restricciones en el aminoácido
sitios implicados en la actividad enzimática o en la unión del ligando o, alternativamente, en el aminoácido
sitios que participan en interacciones proteína-proteína. Rate4Site calcula el relativo
tasa evolutiva en cada sitio utilizando un modelo evolutivo basado en probabilidades. Esto permite
teniendo en cuenta el proceso estocástico que subyace a la evolución de la secuencia dentro de la proteína
familias y el árbol filogenético de las proteínas de la familia. La puntuación de conservación
en un sitio corresponde a la tasa de evolución del sitio.
METODOLOGÍA
La única entrada obligatoria para Rate4Site es un archivo MSA. El programa luego calcula un
árbol filogenético que es consistente con el MSA disponible (el usuario también puede ingresar un
árbol precalculado). Luego calcula la puntuación relativa de conservación para cada sitio en
el MSA. Esto se lleva a cabo utilizando un método bayesiano empírico o un máximo
método de probabilidad (Pupko et al., 2002). Las diferencias entre los dos métodos son
explicado en detalle en Mayrose et al (2004).
Referencias
Mayrose, I., Graur, D., Ben-Tal, N. y Pupko, T. 2004. Comparación de la tasa específica del sitio
métodos de inferencia: los métodos bayesianos son superiores. Mol Biol Evol 21: 1781-1791.
OPCIONES
-s MSA_FILE
El nombre del archivo de secuencia de entrada. Se admiten los siguientes formatos: Mase, Molphy,
Phylip, Clustal, Fasta
-t El nombre del archivo del árbol de entrada (en formato Newick)
-o ARCHIVO DE SALIDA
El archivo de salida de resultados
-a Nombre de secuencia de referencia en el MSA. Los puntajes de conservación se imprimen en base a la
aminoácidos en esta secuencia.
-k El número de categorías de gamma discretas
-m Modelo evolutivo. Se admiten los siguientes modelos de aminoácidos:
DÍA (-md), JTT (-mj), REV (-mr), aaJC (-ma), LG (-Ml), WAG (-Mw).
Para los nucleótidos, se admiten los siguientes modelos: JC (-mn), HKY (-Mh), Tamura92 (-Mt), GTR (-Mg).
-b Indicador de optimización de longitudes de rama:
-bn = sin optimización de longitudes de rama
-bh = optimización usando un modelo homogéneo (sin variación de tasa entre sitios)
-bg = optimización usando un modelo Gamma
-i Indicador de método de inferencia de tasa:
-Im = las tasas se infieren utilizando el método de máxima verosimilitud
-Ib = las tasas se infieren utilizando el método empírico de Bayes
-z Método de construcción de árboles
zj = Árbol de unión de vecinos con distancias Jukes-Cantor
zn = Árbol de unión de vecinos con distancias de máxima verosimilitud
-h Mensaje de ayuda breve
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