Este es el comando razers que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
razers - Mapeo de lectura rápida con control de sensibilidad
SINOPSIS
razers [OPCIONES] razers [OPCIONES]
DESCRIPCIÓN
RazerS es un mapeador de lectura de sensibilidad completa y versátil basado en un filtro de conteo k-mer.
Admite mapeo de extremos únicos y emparejados y parametriza de manera óptima el filtro
basado en una sensibilidad mínima definida por el usuario. Ver
http://www.seqan.de/projects/razers para obtener más información.
La entrada a RazerS es un archivo de genoma de referencia y un archivo con un solo extremo
lecturas o dos archivos que contienen relaciones de posición izquierda o derecha de lecturas de extremo emparejado.
(c) Copyright 2009 de David Weese.
-h, --ayuda
Muestra este mensaje de ayuda.
--versión
Muestra información de la versión
Opciones principales:
-f, --hacia adelante
El mapa se lee solo para reenviar las hebras.
-r, --contrarrestar
El mapa se lee solo para revertir las hebras.
-i, - porcentaje de identidad NUM
Umbral de porcentaje de identidad. En rango [50..100]. Predeterminado: 92.
-rr, - tasa de reconocimiento NUM
Tasa de reconocimiento porcentual. En rango [80..100]. Predeterminado: 99.
-pd, --param-dir DIR
Leer archivos de parámetros calculados por el usuario en el directorio .
-carné de identidad, --indelos
Permitir indeles. Predeterminado: solo discrepancias.
-ll, --longitud-biblioteca NUM
Longitud de la biblioteca de pares. En rango [1..inf]. Predeterminado: 220.
-El, --error-biblioteca NUM
Tolerancia de longitud de biblioteca de extremos emparejados. En rango [0..inf]. Predeterminado: 50.
-m, --max-éxitos NUM
Solo salida de los mejores éxitos. En rango [1..inf]. Predeterminado: 100.
--único
Genere solo las mejores coincidencias únicas (-m 1 -Dr 0 -Pensilvania).
-tr, --recortar-lecturas NUM
Trim lee a la longitud dada. Predeterminado: desactivado. En rango [14..inf].
-o, --producción ARCHIVO
Cambiar el nombre del archivo de salida. Defecto: .razers. Los tipos de archivo válidos son: razers,
eland, fa, fasta y gff.
-v, --verboso
Modo detallado.
-vv, --verbose
Modo muy detallado.
Opciones de formato de salida:
-a, --alineación
Vierta la alineación para cada partido (solo formato razer o fasta).
-Pensilvania, --purga-ambiguo
Purgar lee con más de mejores partidos.
-Dr, - rango de distancia NUM
Solo considere las coincidencias con como máximo NUM errores más en comparación con las mejores. Defecto:
salida todo.
-gn, --nombramiento del genoma NUM
Seleccione cómo se nombran los genomas (consulte la sección Denominación a continuación). En rango [0..1]. Defecto:
0.
-rn, --nombre de lectura NUM
Seleccione cómo se nombran las lecturas (consulte la sección Nombrar a continuación). En rango [0..2]. Predeterminado: 0.
-asi que, --Orden de clasificación NUM
Seleccione cómo se ordenan las coincidencias (consulte la sección Clasificación a continuación). En rango [0..1].
Predeterminado: 0.
-pf, - formato de posición NUM
Seleccione la numeración de la posición inicial / final (consulte la sección de coordenadas a continuación). En el rango
[0..1]. Predeterminado: 0.
Opciones de filtración:
-s, --forma CADENA DE BITS
Configure manualmente la forma k-mer. Predeterminado: 11111111111.
-t, --umbral NUM
Establezca manualmente el umbral mínimo de recuento de k-mer. En rango [1..inf].
-jefe, - corte de sobreabundancia NUM
Establezca la relación de corte de sobreabundancia de k-mer. En rango [0..1].
-rl, --repetición de longitud NUM
Omitir repeticiones simples de longitud . En rango [1..inf]. Predeterminado: 1000.
-tl, --longitud tabú NUM
Establece la duración del tabú. En rango [1..inf]. Predeterminado: 1.
-lm, --memoria baja
Disminuya el uso de memoria a expensas del tiempo de ejecución.
Opciones de verificación:
-Minnesota, --partido-N
N coincide con todos los demás caracteres. Por defecto: N no coincide con nada.
-ed, --error-distr ARCHIVO
Escriba la distribución de errores en ARCHIVO.
-mcl, --min-recortado-len NUM
Establezca una longitud de lectura mínima para el recorte de lectura. En rango [0..inf]. Predeterminado: 0.
-qih, --calidad en el encabezado
Cadena de calidad en encabezado fasta.
FORMATOS, NOMBRES, CLASIFICACIÓN Y ESQUEMAS DE COORDINACIÓN
RazerS admite varios formatos de salida. El formato de salida se detecta automáticamente
del sufijo del nombre de archivo.
.razers
Formato Razer
.fa, .fasta
Formato Fasta mejorado
.elando
Formato Eland
.gff formato GFF
De forma predeterminada, las lecturas y los contigs se refieren a sus ID de Fasta dados en la entrada
archivos. Con el -gn -rn opciones este comportamiento se puede cambiar:
0 Utilice ID de Fasta.
1 Enumere comenzando con 1.
2 Utilice la secuencia de lectura (¡solo para lecturas breves!).
La forma en que se ordenan las coincidencias en el archivo de salida se puede cambiar con el -asi que opción
para los siguientes formatos: razer, fasta, sam y amos. Clasificación primaria y secundaria
las claves son:
0 1. número de lectura, 2. posición del genoma
1 1. posición del genoma, 2. número de lectura
El espacio de coordenadas utilizado para las posiciones inicial y final se puede cambiar con el -pf
opción para los formatos razer y fasta:
0 Espacio vacío. Los espacios entre caracteres se cuentan desde 0.
1 Espacio de posición. Los personajes se cuentan desde 1.
EJEMPLOS
ejemplo de razers / genome.fa ejemplo / reads.fa -carné de identidad -a -Minnesota -v
Asigne lecturas de un solo extremo con una tasa de error del 4%, indeles y genere las alineaciones. Ns son
considerado para coincidir con todo.
razers ejemplo / genome.fa ejemplo / reads.fa ejemplo / reads2.fa -carné de identidad -Minnesota
Asignar lecturas de extremos emparejados con hasta un 4% de errores, indeles y salida mapeados concordantemente
pares dentro del tamaño de biblioteca predeterminado. Se considera que las N coinciden con todo.
VERSION
Razer versión: 1.2 [13764] Última actualización 2013-03-15
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