razers - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

razers - Mapeo de lectura rápida con control de sensibilidad

SINOPSIS

razers [OPCIONES] razers [OPCIONES]


DESCRIPCIÓN

RazerS es un mapeador de lectura de sensibilidad completa y versátil basado en un filtro de conteo k-mer.
Admite mapeo de extremos únicos y emparejados y parametriza de manera óptima el filtro
basado en una sensibilidad mínima definida por el usuario. Ver
http://www.seqan.de/projects/razers para obtener más información.

La entrada a RazerS es un archivo de genoma de referencia y un archivo con un solo extremo
lecturas o dos archivos que contienen relaciones de posición izquierda o derecha de lecturas de extremo emparejado.

(c) Copyright 2009 de David Weese.

-h, --ayuda

Muestra este mensaje de ayuda.

--versión

Muestra información de la versión

Opciones principales:

-f, --hacia adelante

El mapa se lee solo para reenviar las hebras.

-r, --contrarrestar

El mapa se lee solo para revertir las hebras.

-i, - porcentaje de identidad NUM

Umbral de porcentaje de identidad. En rango [50..100]. Predeterminado: 92.

-rr, - tasa de reconocimiento NUM

Tasa de reconocimiento porcentual. En rango [80..100]. Predeterminado: 99.

-pd, --param-dir DIR

Leer archivos de parámetros calculados por el usuario en el directorio .

-carné de identidad, --indelos

Permitir indeles. Predeterminado: solo discrepancias.

-ll, --longitud-biblioteca NUM

Longitud de la biblioteca de pares. En rango [1..inf]. Predeterminado: 220.

-El, --error-biblioteca NUM

Tolerancia de longitud de biblioteca de extremos emparejados. En rango [0..inf]. Predeterminado: 50.

-m, --max-éxitos NUM

Solo salida de los mejores éxitos. En rango [1..inf]. Predeterminado: 100.

--único

Genere solo las mejores coincidencias únicas (-m 1 -Dr 0 -Pensilvania).

-tr, --recortar-lecturas NUM

Trim lee a la longitud dada. Predeterminado: desactivado. En rango [14..inf].

-o, --producción ARCHIVO

Cambiar el nombre del archivo de salida. Defecto: .razers. Los tipos de archivo válidos son: razers,
eland, fa, fasta y gff.

-v, --verboso

Modo detallado.

-vv, --verbose

Modo muy detallado.

Opciones de formato de salida:

-a, --alineación

Vierta la alineación para cada partido (solo formato razer o fasta).

-Pensilvania, --purga-ambiguo

Purgar lee con más de mejores partidos.

-Dr, - rango de distancia NUM

Solo considere las coincidencias con como máximo NUM errores más en comparación con las mejores. Defecto:
salida todo.

-gn, --nombramiento del genoma NUM

Seleccione cómo se nombran los genomas (consulte la sección Denominación a continuación). En rango [0..1]. Defecto:
0.

-rn, --nombre de lectura NUM

Seleccione cómo se nombran las lecturas (consulte la sección Nombrar a continuación). En rango [0..2]. Predeterminado: 0.

-asi que, --Orden de clasificación NUM

Seleccione cómo se ordenan las coincidencias (consulte la sección Clasificación a continuación). En rango [0..1].
Predeterminado: 0.

-pf, - formato de posición NUM

Seleccione la numeración de la posición inicial / final (consulte la sección de coordenadas a continuación). En el rango
[0..1]. Predeterminado: 0.

Opciones de filtración:

-s, --forma CADENA DE BITS

Configure manualmente la forma k-mer. Predeterminado: 11111111111.

-t, --umbral NUM

Establezca manualmente el umbral mínimo de recuento de k-mer. En rango [1..inf].

-jefe, - corte de sobreabundancia NUM

Establezca la relación de corte de sobreabundancia de k-mer. En rango [0..1].

-rl, --repetición de longitud NUM

Omitir repeticiones simples de longitud . En rango [1..inf]. Predeterminado: 1000.

-tl, --longitud tabú NUM

Establece la duración del tabú. En rango [1..inf]. Predeterminado: 1.

-lm, --memoria baja

Disminuya el uso de memoria a expensas del tiempo de ejecución.

Opciones de verificación:

-Minnesota, --partido-N

N coincide con todos los demás caracteres. Por defecto: N no coincide con nada.

-ed, --error-distr ARCHIVO

Escriba la distribución de errores en ARCHIVO.

-mcl, --min-recortado-len NUM

Establezca una longitud de lectura mínima para el recorte de lectura. En rango [0..inf]. Predeterminado: 0.

-qih, --calidad en el encabezado

Cadena de calidad en encabezado fasta.

FORMATOS, NOMBRES, CLASIFICACIÓN Y ESQUEMAS DE COORDINACIÓN

RazerS admite varios formatos de salida. El formato de salida se detecta automáticamente
del sufijo del nombre de archivo.

.razers

Formato Razer

.fa, .fasta

Formato Fasta mejorado

.elando

Formato Eland

.gff formato GFF

De forma predeterminada, las lecturas y los contigs se refieren a sus ID de Fasta dados en la entrada
archivos. Con el -gn -rn opciones este comportamiento se puede cambiar:

0 Utilice ID de Fasta.

1 Enumere comenzando con 1.

2 Utilice la secuencia de lectura (¡solo para lecturas breves!).

La forma en que se ordenan las coincidencias en el archivo de salida se puede cambiar con el -asi que opción
para los siguientes formatos: razer, fasta, sam y amos. Clasificación primaria y secundaria
las claves son:

0 1. número de lectura, 2. posición del genoma

1 1. posición del genoma, 2. número de lectura

El espacio de coordenadas utilizado para las posiciones inicial y final se puede cambiar con el -pf
opción para los formatos razer y fasta:

0 Espacio vacío. Los espacios entre caracteres se cuentan desde 0.

1 Espacio de posición. Los personajes se cuentan desde 1.

EJEMPLOS

ejemplo de razers / genome.fa ejemplo / reads.fa -carné de identidad -a -Minnesota -v

Asigne lecturas de un solo extremo con una tasa de error del 4%, indeles y genere las alineaciones. Ns son
considerado para coincidir con todo.

razers ejemplo / genome.fa ejemplo / reads.fa ejemplo / reads2.fa -carné de identidad -Minnesota

Asignar lecturas de extremos emparejados con hasta un 4% de errores, indeles y salida mapeados concordantemente
pares dentro del tamaño de biblioteca predeterminado. Se considera que las N coinciden con todo.

VERSION

Razer versión: 1.2 [13764] Última actualización 2013-03-15

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