restringir: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

restringir: informa los sitios de escisión de la enzima de restricción en una secuencia de nucleótidos

SINOPSIS

restringir -secuencia Seqall -archivo de datos archivo de datos -marchivo archivo de datos -sitelen entero
-enzimas cadena - mín. entero -máx entero -solofragmento booleano -soltero booleano
-desafilado booleano -pegajoso booleano -ambigüedad booleano -plásmido booleano
-metilación booleano -comercial booleano -límite booleano -alfabético booleano
-fragmentos booleano -nombre booleano -archivo de salida (reporte)

restringir -ayuda

DESCRIPCIÓN

restringir es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Nucleic: Restriction".

OPCIONES

Entrada .
-secuencia Seqall

-archivo de datos archivo de datos

-marchivo archivo de datos
Valor predeterminado: Emethylsites.dat

Requerido .
-sitelen entero
Esto establece la longitud mínima del sitio de reconocimiento de la enzima de restricción. Cualquier enzima
con sitios más cortos que esto serán ignorados. Valor predeterminado: 4

-enzimas cadena
El nombre 'todos' se lee en todos los nombres de enzimas de la base de datos REBASE. Puede especificar
enzimas dando sus nombres con comas entre entonces, como:
'HincII, hinfI, ppiI, hindiii'. El caso de los nombres no es importante. Puede especificar un
archivo de nombres de enzimas para leer dando el nombre del archivo que contiene la enzima
nombres con un carácter '@' delante, por ejemplo, '@ enz.list'. Líneas en blanco y
líneas que comienzan con un carácter de almohadilla o '!' se ignoran y todas las demás líneas son
concatenados junto con un carácter de coma ',' y luego tratados como la lista de
enzimas para buscar. Un ejemplo de un archivo de nombres de enzimas es:! mis enzimas HincII,
ppiII! otras enzimas hindiii HinfI PpiI Valor predeterminado: todos

Advanced .
- mín. entero
Esto establece el número mínimo de cortes para cualquier enzima de restricción que será
considerado. Se ignorará cualquier enzima que corte menos veces que esto. Valor por defecto:
1

-máx entero
Esto establece el número máximo de cortes para cualquier enzima de restricción que será
considerado. Se ignorará cualquier enzima que corte más veces que esto. Valor por defecto:
2000000000

-solofragmento booleano
Esto da las longitudes de los fragmentos de la hebra de sentido hacia adelante producida por completo
restricción por cada enzima de restricción por sí sola. Los resultados se agregan a la cola.
sección del informe. Valor predeterminado: N

-soltero booleano
Si se establece, esto obliga a los valores de los calificadores mincuts y maxcuts a
ambos serán 1. Cualquier otro valor que pueda haber establecido será ignorado. Valor predeterminado: N

-desafilado booleano
Esto permite que las enzimas que cortan en la misma posición hacia adelante y hacia atrás
hebras a considerar. Valor predeterminado: Y

-pegajoso booleano
Esto permite que las enzimas que cortan en diferentes posiciones en el avance y retroceso
hebras, dejando un saliente, para ser considerado. Valor predeterminado: Y

-ambigüedad booleano
Esto permite que las enzimas que tienen uno o más códigos de ambigüedad 'N' en su patrón
a ser considerado Valor predeterminado: Y

-plásmido booleano
Si se establece, esto permite realizar búsquedas de sitios de reconocimiento de enzimas de restricción y
posiciones de corte que abarcan el final de la secuencia a considerar. Valor predeterminado: N

-metilación booleano
Si se establece, los sitios de reconocimiento de RE no coincidirán con las bases metiladas. Defecto
valor: N

-comercial booleano
Si se establece, solo se buscarán aquellas enzimas con un proveedor comercial
por. Este calificador se ignora si ha especificado una lista explícita de enzimas para
buscar, en lugar de buscar entre "todas" las enzimas en la base de datos REBASE. Eso
Se supone que, si está pidiendo una enzima explícita, probablemente sepa
de dónde obtenerlo y, por lo tanto, todos los nombres de enzimas que ha solicitado que se busquen,
y cual corte, se informará si tienen o no un proveedor comercial.
Valor predeterminado: Y

Salida .
-límite booleano
Esto limita la notificación de enzimas a una sola enzima de cada grupo de
isosquizómeros. La enzima elegida para representar un grupo de isosquizómeros es el prototipo
indicado en el archivo de datos 'embossre.equ', que es creado por el programa
'rebaseextract'. Si prefiere que se utilicen diferentes prototipos, haga una copia de
embossre.equ en su directorio personal y edítelo. Si este valor se establece en falso, entonces
se informarán todas las enzimas de entrada. Es posible que desee establecer esto en falso si
están suministrando un conjunto explícito de enzimas en lugar de buscarlas en "todas". Defecto
valor: Y

-alfabético booleano
Valor predeterminado: N

-fragmentos booleano
Esto da las longitudes de los fragmentos de la hebra de sentido hacia adelante producida por completo
restricción utilizando todas las enzimas de entrada juntas. Los resultados se agregan a la cola.
sección del informe. Valor predeterminado: N

-nombre booleano
Valor predeterminado: N

-archivo de salida (reporte)

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