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PROGRAMA:

NOMBRE

ribbon - Paquete de gráficos moleculares Raster3D ribbon-cajón

SINOPSIS

"cinta" [-h] [-d [0123456]] archivo pdb
or
"cinta" [-h] -d [0123456] - (para tomar registros PDB de stdin)

cinta lee un archivo de coordenadas PDB y produce un archivo en stdout que contiene Raster3D
registros descriptores para una representación de cinta construida a partir de una malla triangular. los
archivo producido por cinta puede ser alimentado directamente a ceder o puede combinarse con
archivos descriptores producidos por otras utilidades de Raster3D.

EJEMPLOS

Para describir una cadena de proteína completa como una sola cinta coloreada suavemente de azul en
el N-terminal a rojo en el C-terminal:

ribbon -d2 protein.pdb | render> chain_picture.png

Para colorear una proteína de múltiples cadenas con colores específicos para cada cadena:

cat chaincolors.pdb protein.pdb | cinta -d5 -> cadenas.r3d

OPCIONES

-h

Suprime los registros de encabezado en la salida. Por defecto cinta producirá un archivo de salida que
comienza con registros de encabezado que contienen un conjunto predeterminado de opciones de escalado y procesamiento.
El -h La bandera suprimirá estos registros de encabezado para que el archivo de salida contenga solo
descriptores de triángulo. Esta opción es útil para producir archivos que describen solo una parte
de una escena, y que luego se combinarán con archivos descriptores producidos por otros
.

-d [0123456]

Por defecto cinta Requiere entrada interactiva para seleccionar los parámetros de la cinta y colorear.
información. Sin embargo, se implementan cinco esquemas de colores predeterminados, y estos pueden ser
seleccionado como una opción de línea de comando para omitir cualquier entrada interactiva.

-d o -d0 igual que -d2 a continuación

-d1 cinta de color sólido (predeterminado en azul)

-d2 tono de azul en el extremo N al rojo en el extremo C

-d3 una superficie de la cinta es azul, la otra superficie es gris

-d4 sombrea la superficie frontal de azul a rojo, la superficie posterior es gris

-d5 cadenas de colores separadas usando tarjetas de colores sucesivas
desde el flujo de entrada. Tenga en cuenta que la coincidencia de patrones en los registros de color _no_ está hecha;
los colores simplemente se toman secuencialmente a medida que se encuentran nuevas cadenas.

-d6 Color por el átomo CA más cercano tomado del COLOR
registros al principio del archivo de entrada

DESCRIPCIÓN

La entrada a cinta consta de un solo archivo de texto que contiene información de color
[opcional] y coordenadas atómicas en formato de banco de datos PDB. Solo CA y átomo de carbonilo O
se requieren registros; todos los demás átomos de entrada se ignoran. Parámetros y coloración de la cinta
especificado de forma interactiva cuando se ejecuta el programa. La interacción con el teclado puede ser omitida por
seleccionando uno de los esquemas de coloración predeterminados usando la bandera -d. Una malla triangular
La cinta se envía como registros descriptores de Raster3D. Por defecto, el archivo de salida contiene un
conjunto de registros de encabezado como lo requiere el ceder programa. El encabezado está construido para
incluir una matriz TMAT correspondiente a la matriz de transformación contenida en el archivo
configuración.matriz (si existe), oa los ángulos eulerianos contenidos en el archivo configuración.ángulos (Si
existe).

cinta produce un rastro continuo y suave de la columna vertebral de la proteína. Para mas complicado
representaciones de la estructura secundaria de la proteína, es mejor utilizar un programa diferente,
por ejemplo, MOLSCRIPT, en lugar de cinta.

MEDIO AMBIENTE

Los archivos setup.matrix y setup.angles, si existen, afectan los registros de encabezado producidos
by cinta.

FUENTE

anónimo ftp sitio:
ftp.bmsc.washington.edu

web URL:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

póngase en contacto con:
Ethan A. Merritt
Universidad de Washington, Seattle WA 98195
[email protected]

Utilice la cinta en línea utilizando los servicios de onworks.net