Este es el comando RNAhybrid que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
RNAhybrid: calcula las hibridaciones de estructura secundaria de los RNA
SINOPSIS
Híbrido de ARN [-h] [-B número de hit] [-mi corte_energía] [-pag p-valor_corte] [-C] [-D xi, theta]
[-s escoger un nombre] [-F desde, hasta] [-metro longitud_objetivo_max] [-norte max_query_length] [-tú
límite_superior_iloop] [-v límite_superior_bloop] [-gramo (ps | png | jpg | todos)] [-t archivo de destino] [-q
consulta_archivo] [dirigidos] [pregunta]
DESCRIPCIÓN
Híbrido de ARN es una herramienta para encontrar hibridaciones de energía libre mínima (mfe) de un largo
(objetivo) y un ARN corto (consulta). La hibridación se realiza en una especie de modo de dominio,
es decir. la secuencia corta se hibrida con las partes que mejor encajan de la larga. La herramienta
se entiende principalmente como un medio para la predicción de objetivos de microARN. Además de mfes, el
El programa calcula los valores p basados en distribuciones de valores extremos de longitud normalizada
energías.
OPCIONES
-h Proporcione un breve resumen de las opciones de la línea de comandos.
-b número de hit
Número máximo de visitas para mostrar. número de hit aciertos con un mínimo de energía libre creciente
(recordatorio: las energías más grandes son peores) se muestran, a menos que se use la opción -e y
se ha superado el corte de energía (ver la opción -e más abajo) o no hay más
golpes. Los impactos solo pueden superponerse en bases colgantes (5 'o 3' en el extremo del objetivo sin emparejar).
-c Produzca una salida compacta. Para cada par objetivo / consulta, se genera una línea de salida.
Cada línea es una lista separada por dos puntos (:) de los siguientes campos: nombre de destino, consulta
nombre, energía libre mínima, posición en el objetivo, línea de alineación 1, línea 2, línea 3,
línea 4. Si se proporciona un objetivo o una consulta en la línea de comando (es decir, no -t o -q
respectivamente), su nombre en la salida será "línea de comando".
-d xi, theta
xi y theta son los parámetros de posición y forma, respectivamente, de un extremo
distribución de valor (evd). Se supone que los valores p de las energías dúplex están distribuidos
según tal evd. Para una energía normalizada por longitud en, tenemos P [X <= en] = 1
- exp (-exp (- (- en-xi) / theta)), donde en = e / log (m * n) siendo myn las longitudes
del destino y la consulta, respectivamente. Si se omite la opción -d, xi y
theta se estiman a partir de la energía dúplex máxima de la consulta, asumiendo un valor lineal
dependencia. Los parámetros de esta dependencia lineal están codificados en el programa,
pero se debe dar la opción -s para elegir entre el conjunto apropiado. Tenga en cuenta que el
evd se refleja, ya que los buenos mfes son valores negativos grandes.
-s escoger un nombre
Se utiliza para una estimación rápida de los parámetros de distribución de valores extremos (consulte la opción -d
encima). Le dice a RNAhybrid qué conjunto de datos de destino debe asumir. Los parámetros válidos son
3utr_fly, 3utr_worm y 3utr_human.
-e corte_energía
Golpes con energía libre mínima creciente (recordatorio: energías más grandes son peores) menos
que o igual a corte_energía se muestran, a menos que se utilice la opción -b y la
el número de accesos ya reportados ha alcanzado el máximo número de hit (ver opción -b
encima). Los impactos solo pueden superponerse en bases colgantes (5 'o 3' en el extremo del objetivo sin emparejar).
-p p-valor_corte
Solo aciertos con valores p no mayores que p-valor_corte Están reportados. Ver también
opciones -d y -s.
-f desde, hasta
Obliga a todas las estructuras a tener una hélice desde su posición. obtenidos de posicionar a con
respeto a la consulta. La primera base tiene la posición 1.
-m longitud_objetivo_max
La longitud máxima permitida de una secuencia objetivo. El valor predeterminado es 2000. Este
La opción solo tiene efecto si se proporciona un archivo de destino con la opción -t (ver más abajo).
-n max_query_length
La longitud máxima permitida de una secuencia de consulta. El valor predeterminado es 30. Este
La opción solo tiene efecto si se proporciona un archivo de consulta con la opción -q (ver más abajo).
-u límite_superior_iloop
El número máximo permitido de nucleótidos desapareados en cada lado de un interno
lazo.
-v límite_superior_bloop
El número máximo permitido de nucleótidos desapareados en un bucle abultado.
-g (ps | png | jpg | todos)
Producir un diagrama de la hibridación, ya sea en formato ps, png o jpg, o para todos
formatos juntos. Las parcelas se guardan en archivos cuyos nombres se crean a partir de
nombres de destino y consulta ("command_line" si se da en la línea de comando). Esta opción
sólo funciona si están presentes las bibliotecas gráficas adecuadas.
-t archivo de destino
Cada una de las secuencias objetivo en archivo de destino está sujeto a hibridación con cada
de las consultas (que son del consulta_archivo o es la única consulta dada en
línea de comando; ver -q a continuación). Las secuencias en el archivo de destino tienes que estar en FASTA
formato, es decir. una línea que comienza con un> y seguida directamente por un nombre, luego una o
más líneas siguientes con la secuencia en sí. Cada línea de secuencia individual debe
no tener más de 1000 caracteres. Si no se da -t, el último argumento (si
se da -q) o el penúltimo argumento (si no se da -q) para RNAhybrid es
tomado como objetivo.
-q consulta_archivo
Consulte la opción -t anterior.
Referencias
Los parámetros energéticos se toman de:
Mathews DH, Sabina J, Zuker M, Turner DH. "Dependencia de secuencia ampliada de termodinámica
parámetros mejora la predicción de la estructura secundaria del ARN "J Mol Biol., 288 (5), págs.
911-940, 1999
La salida gráfica utiliza código del paquete Vienna RNA:
Hofacker IL. "Servidor de estructura secundaria de ARN de Viena". Investigación de ácidos nucleicos, 31 (13),
págs. 3429-3431, 2003
VERSION
Esta página de manual documenta la versión 2.0 de RNAhybrid.
AUTORES
Marc Rehmsmeier, Peter Steffen, Matthias Hoechsmann.
LIMITACIONES
Los valores de energía dependientes de caracteres solo se definen para [acgtuACGTU]. Todos los demás personajes
conducir a valores de cero en estos casos.
Utilice RNAhybrid en línea utilizando los servicios de onworks.net
