Este es el comando samFilter que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
samFilter: filtra las alineaciones de secuencias de nucleótidos en archivos SAM
SINOPSIS
samfiltro archivo.sam referencia.fasta fuera.sam [opciones]
OPCIONES
archivo.sam
Ingrese el archivo SAM.
referencia.fasta
Referencia utilizada para generar lecturas.
fuera.sam
Archivo SAM de salida.
-minAlnLongitud propuesta de
(50) Informe las alineaciones solo si sus longitudes son superiores a propuesta de.
-minAlignLongitud propuesta de
Alias de -minAlnLongitud
-longitud mínima propuesta de
Alias de -minAlnLongitud
-minPctSimilitud propuesta de
(70) Informe las alineaciones solo si su porcentaje similar es mayor que propuesta de .
-minPctIdentidad propuesta de
Alias de -minPctSimilitud
-minPctPrecisión propuesta de
(70) Informe las alineaciones solo si su precisión porcentual es mayor que propuesta de.
-minPrecisión propuesta de
Alias de -minPctPrecisión
-hitPolicy propuesta de
(randombest) Especifique una política para tratar varios hits de [all, allbest, random,
más alejado, más a la izquierda]
all informar todas las alineaciones.
todo lo mejor
reportar todas las alineaciones con la misma puntuación superior.
azar informar una alineación aleatoria.
más randombest
reportar una alineación aleatoria de múltiples alineaciones de igual puntuación superior.
más a la izquierda
reportar una alineación que tiene la mejor puntuación de alineación y tiene la menor
mapeo de coordenadas en cualquier referencia.
-signo de puntuación propuesta de
(-1) Si las puntuaciones más altas o más bajas son mejores.
-1 más bajo es mejor
1 más alto es mejor.
-puntuaciónCutoff propuesta de
(INF) Informe alineaciones solo si sus puntajes no son peores que propuesta de.
-semilla propuesta de
(1) Semilla para generador de números aleatorios. Si la semilla es 0, use la hora actual como semilla.
-agujeroNúmeros propuesta de
Una cadena de rangos de números de hoyos delimitados por comas para generar hits, como '1,2,10-12'.
Esto requiere que los títulos de visita estén en formato de título de lectura SMRT.
-título inteligente
Utilice esta opción cuando filtre alineaciones generadas por programas que no sean
explosión(1), por ejemplo, bwa-sw o gmap. Analizar las coordenadas de lectura del título de lectura SMRT. los
el título tiene el formato / nombre / agujero / coordenadas, donde las coordenadas están en el formato
\ d + _ \ d +, y representan el intervalo de lectura que se alineó.
-títuloTabla propuesta de
Utilice esta opción experimental cuando filtre alineaciones generadas por explosión(1) con
-títuloTabla titleTableName, en cuyo caso los títulos de referencia en SAM están representados
por sus índices (por ejemplo, 0, 1, 2, ...) en la tabla de título.
-filterAdapterOnly propuesta de
Utilice esta opción para eliminar las lecturas que solo se pueden asignar a los adaptadores especificados en la GFF
archivo.
-v Sea prolijo.
NOTAS
Debido a que SAM tiene etiquetas opcionales que tienen diferentes significados en diferentes programas, tenga cuidado
se requiere el uso para tener una salida adecuada. La etiqueta "xs" en bwa-sw se usa para mostrar
la puntuación subóptima, pero en PacBio SAM (explosión(1)) se define como el inicio de la consulta
secuencia de la alineación. Cuando -título inteligente se especifica, la etiqueta xs se ignora, pero cuando
no se especifica, las coordenadas dadas por las etiquetas xs y xe se utilizan para definir el
intervalo de una lectura que está alineada. La cadena CIGAR es relativa a este intervalo.
Utilice samFilter en línea utilizando los servicios de onworks.net
