Este es el comando seqsorte que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
seqsort: elimina las secuencias clasificadas ambiguas de los archivos DHF.
SINOPSIS
clasificarseq -dhfindir directorio -superposición entero -familias palanca -doambigüedades palanca
-dhfoutdir exterior -archivo de visitas archivar -archivo ambiguo archivar
clasificarseq -ayuda
DESCRIPCIÓN
clasificarseq es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del grupo de comandos "Proteína: Estructura 3D".
OPCIONES
Entrada .
-dhfindir directorio
Esta opción especifica la ubicación de los archivos DHF (archivos de aciertos de dominio) (entrada). Un dominio
archivo de hits 'contiene hits de base de datos (secuencias) con información de clasificación de dominio,
en el formato DHF (FASTA o EMBL-like). Los hits son parientes de un SCOP o CATH
familia y se encuentran a partir de una búsqueda en una base de datos de secuencias. Archivos que contienen hits
recuperados por PSIBLAST se generan utilizando SEQSEARCH. Valor por defecto: ./
Requerido .
-superposición entero
Esta opción especifica el número de residuos superpuestos necesarios para la fusión de dos
golpes. Cada familia también se procesa para que los golpes ovlerapping (golpes con idénticos
número de acceso que se superponen por al menos un número de residuos definido por el usuario) son
reemplazado por un hit que se produce al fusionar los dos hits superpuestos. Defecto
valor: 10
-familias palanca
Esta opción especifica escribir un archivo de familias de dominio. Si esta opción está configurada como un dominio
Se escribe el archivo de familias. Valor predeterminado: N
-doambigüedades palanca
Esta opción especifica si se debe escribir un archivo de ambigüedades de dominio. Si esta opcion es
establecer un archivo de ambigüedades de dominio se escribe. Valor predeterminado: N
Salida .
-dhfoutdir exterior
Esta opción especifica la ubicación de los archivos DHF (archivos de aciertos de dominio) (salida). A
'archivo de hits de dominio' contiene hits de base de datos (secuencias) con clasificación de dominio
información, en el formato DHF (FASTA o EMBL-like). Los hits son parientes de un SCOP
o familia CATH y se encuentran a partir de una búsqueda en una base de datos de secuencias. Archivos que contienen
los hits recuperados por PSIBLAST se generan mediante SEQSEARCH. Valor por defecto: ./
-archivo de visitas archivar
Esta opción especifica el nombre del archivo de familias de dominio (salida). A 'familias de dominios
archivo 'contiene parientes de secuencia (aciertos) para cada uno de un número de diferentes SCOP o
Familias CATH encontradas al buscar en una base de datos de secuencias, por ejemplo, usando SEQSEARCH
(psiblast). El archivo contiene los resultados de búsqueda recopilados para las familias individuales;
sólo se incluyen los resultados de asignación familiar inequívoca. Golpes de ambiguo
asignaciones familiares se asignan como parientes a una superfamilia SCOP o CATH o se pliegan
en su lugar, se recopilan en un "archivo de ambigüedades de dominio". Las familias de dominio y
Los archivos de ambigüedades se generan usando SEQSORT y usan el mismo formato que un archivo DHF
(archivo de hits de dominio). Valor predeterminado: fam.dhf
-archivo ambiguo archivar
Esta opción especifica el nombre del archivo de ambigüedades de dominio (salida). A 'familias de dominios
archivo 'contiene parientes de secuencia (aciertos) para cada uno de un número de diferentes SCOP o
Familias CATH encontradas al buscar en una base de datos de secuencias, por ejemplo, usando SEQSEARCH
(psiblast). El archivo contiene los resultados de búsqueda recopilados para las familias individuales;
sólo se incluyen los resultados de asignación familiar inequívoca. Golpes de ambiguo
asignaciones familiares se asignan como parientes a una superfamilia SCOP o CATH o se pliegan
en su lugar, se recopilan en un "archivo de ambigüedades de dominio". Las familias de dominio y
Los archivos de ambigüedades se generan usando SEQSORT y usan el mismo formato que un archivo DHF
(archivo de hits de dominio). Valor predeterminado: oth.dhf
Utilice seqsorte en línea utilizando los servicios de onworks.net
