Este es el comando sequin que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
Psequin: envíe secuencias a Genbank, EMBL y DDBJ
SINOPSIS
Psequín [-b] [-bse] [-e] [-f nombre de archivo] [-gc] [-h] [-oldaln] [-viejo] [-oldgph] [-oldseq]
[-oldource] [-s] [-w] [-x]
DESCRIPCIÓN
Psequín es un programa diseñado para ayudar en el envío de secuencias al GenBank, EMBL,
y bases de datos de secuencias DDBJ. Fue escrito en el Centro Nacional de Biotecnología.
Información, parte de la Biblioteca Nacional de Medicina de los Institutos Nacionales de
Salud.
Psequín puede ensamblar los elementos esenciales de un registro de GenBank a partir de un formato FASTA simple
archivos de texto. Por ejemplo, el programa obtiene el código genético adecuado de un organismo.
nombre, y determina automticamente los intervalos de la regin de codificacin por traduccin inversa de la
secuencia de proteínas. Una ventana de ayuda en línea se desplaza al lugar apropiado cuando el usuario
se mueve entre y dentro de los formularios de entrada de datos, dando detalles relevantes sobre qué información es
esperado.
Psequín también contiene una serie de funciones de validación integradas para garantizar la calidad.
Las características tales como los sitios de empalme y las traducciones de la región de codificación se verifican para verificar su precisión o
consistencia interna. Al hacer doble clic en un mensaje de error, se inicia un editor apropiado.
mediante el cual el usuario puede corregir cualquier problema.
Psequín proporciona vistas en vivo de los datos en los que se puede hacer clic en una variedad de formatos, incluido un
formulario de informe, archivo plano GenBank, archivo plano EMBL y una vista gráfica. Haciendo doble clic en un
elemento en cualquiera de estos formatos inicia un editor para ese elemento. El editor es capaz de
manteniendo las posiciones correctas de la tabla de características mientras se edita la secuencia subyacente. Puede
mostrar características en la secuencia durante la edición, y permite que los intervalos de características sean
ajustado por manipulación directa.
OPCIONES
-b Modo de configuración de bioseq
-bse modo binseqentry
-e Modo Entrez
-f nombre de archivo
Leer de nombre de archivo
-gc modo de centro del genoma
-h apagar la ayuda automática
-oldaln
utilizar un lector de alineación antiguo
-viejo
dejar como antiguo ASN.1
-oldgph
usar vista gráfica antigua
-oldseq
usar vista de secuencia antigua
-oldource
utilizar el antiguo formato de origen de archivo plano
-s modo subherramienta
-w modo de banco de trabajo
-x leer de entrada estándar
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