Este es el comando sumatra que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
sumatra: comparación rápida y exacta y agrupación de secuencias
SINOPSIS
Sumatra [opciones] [conjunto de datos2]
DESCRIPCIÓN
Sumatra calcula todas las puntuaciones de LCS (subsecuencia común más larga) por pares de uno
conjunto de datos de nucleótidos o entre dos conjuntos de datos de nucleótidos.
OPCIONES
-h [H] elp - imprimir ayuda
-l La longitud de la secuencia de referencia es la más corta.
-L La longitud de la secuencia de referencia es la más grande.
-a La longitud de la secuencia de referencia es la longitud de la alineación (predeterminada).
-n La puntuación se normaliza por la longitud de la secuencia de referencia (predeterminado).
-r Puntuación bruta, no normalizada.
-d La puntuación se expresa en distancia (predeterminado: la puntuación se expresa en similitud).
-t ##. ##
Umbral de puntuación. Si la puntuación está normalizada y se expresa en similitud (predeterminado),
es una identidad, por ejemplo, 0.95 para una identidad del 95%. Si la puntuación está normalizada y
expresado en distancia, es (1.0 - identidad), por ejemplo, 0.05 para una identidad del 95%.
Si la puntuación no está normalizada y expresada en similitud, es la longitud de la
Subsecuencia común más larga. Si la puntuación no está normalizada y expresada en
distancia, es (longitud de referencia - longitud LCS).
Solo se imprimen los pares de secuencias con una similitud por encima de ##. ##. Predeterminado: 0.00 (no
umbral).
-p ## Número de subprocesos utilizados para el cálculo (predeterminado = 1).
-g n se reemplazan por a (predeterminado: las secuencias con n se descartan).
-x Agrega cuatro columnas adicionales con el recuento y la longitud de ambas secuencias.
conjunto de datos1
(Primer argumento) el conjunto de datos de nucleótidos a analizar
conjunto de datos2
(Segundo argumento) opcionalmente el segundo conjunto de datos de nucleótidos
RESULTADOS
Descripción de la tabla de resultados
columna 1: Secuencia de identificadores 1
columna 2: Secuencia de identificadores 2
columna 3: Puntaje
columna 4: Recuento de la secuencia 1 (solo con la opción -x)
columna 5: Recuento de la secuencia 2 (solo con la opción -x)
columna 6: Longitud de la secuencia 1 (solo con la opción -x)
columna 7: Longitud de la secuencia 2 (solo con la opción -x)
Use sumatra en línea usando los servicios de onworks.net
