sumtrees - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

sumtrees - Resumen y anotación de árboles filogenéticos

SINOPSIS

Sumtrees [-I FORMATO] [-B QUEMANDO] [--enraizado forzado] [--forzar-unrooted]

DESCRIPCIÓN

SumTrees es un programa para resumir bootstrap no paramétrico o posterior bayesiano
soporte de probabilidad para divisiones o clados en árboles filogenéticos.

La base de la evaluación de soporte suele estar dada por un conjunto de parámetros no paramétricos.
bootstrap replicar ejemplos de árboles producidos por programas como GARLI o RAxML, o por un conjunto
de muestras de árboles de MCMC producidas por programas como Mr. Bayes o BEAST. La proporción de
árboles de las muestras en las que se encuentra una división particular se toma como el grado de
apoyo para esa división según lo indicado por las muestras. Las muestras que son la base de la
El soporte se puede distribuir en varios archivos, y una opción de grabación permite una
número inicial de árboles en cada archivo que se excluirán del análisis si no se
se considera extraído de la verdadera distribución de apoyo.

Colecciones de resúmenes de árboles, por ejemplo, muestras de MCMC de una distribución posterior,
réplicas de bootstrap no paramétricas, mapeando la probabilidad posterior, el soporte o la frecuencia
que las divisiones / clados se encuentran en el conjunto de árboles de origen en un árbol de destino.

OPCIONES

Fuente Opciones:
ARBOL DE FILEPATH
Fuente (s) de árboles para resumir. Al menos una fuente válida de árboles debe ser
previsto. Utilice '-' para especificar la lectura de la entrada estándar (tenga en cuenta que esto requiere
el formato del archivo de entrada se establecerá explícitamente mediante la opción '--source-format').

-i FORMATO, --formato de entrada FORMATO, --formato de fuente FORMATO
Formato de todos los árboles de entrada (predeterminado para manejar NEXUS o NEWICK a través de
inspección; es más eficiente especificar explícitamente el formato si se conoce).

-b QUEMANDO, --quemadura QUEMANDO
Número de árboles para omitir desde el principio de * cada * archivo de árbol al contar
soporte (predeterminado: 0).

- arraigado en la fuerza, --enraizado
Trate los árboles de origen como enraizados.

--fuerza-desrooteada, --desarraigado
Trate los árboles de origen como sin raíces.

-v, - ultrametricidad-precisión, - rama-longitud-épsilon
Precisión de uso al validar la ultrametricidad (predeterminado: 1e-05; especifique '0' para
deshabilitar la validación).

- árboles ponderados
Use pesos de árboles (como lo indica el símbolo de comentario '[& W m / n]') para ponderar
contribución de las divisiones encontradas en cada árbol a las frecuencias generales de división.

--preservar-guiones bajos
No convierta los guiones bajos desprotegidos (sin comillas) en espacios al leer
Árboles de formato NEXUS / NEWICK.

--taxon-name-filepath RUTA DE ARCHIVO
Ruta al archivo que enumera todos los nombres o etiquetas de taxón que se encontrarán en el
conjunto completo de árboles de origen. Este archivo debe ser un archivo de texto sin formato con un solo
lista de nombres en cada línea. Este archivo solo se lee en multiprocesamiento ('-M' o '-m')
se solicita. Al multiprocesar usando las opciones '-M' o '-m', todos los nombres de taxón
deben definirse antes de cualquier análisis de árbol real. Por defecto esto se hace
leyendo el primer árbol en la fuente del primer árbol y extrayendo los nombres de taxón.
En el mejor de los casos, esto es ineficiente, ya que implica una lectura extraña del árbol. A
peor aún, esto puede ser erróneo si el primer árbol no contiene todos los taxones.
Proporcionar explícitamente los nombres de los taxones a través de esta opción puede evitar estos problemas.

Grupo destinatario Árbol topología Opciones:
-t EXPEDIENTE, - destino-árbol-ruta de archivo ARCHIVO
Resumir el soporte y otra información de los árboles de origen a la topología o
topologías dadas por los árboles descritos en FILE. Si no hay un objetivo de uso especificado
Se dan las topologías, luego se utilizará una topología resumida como destino. Utilizar el
'-s' o '--summary-target' para especificar el tipo de árbol de resumen que se utilizará.

-s TIPO DE RESUMEN, - objetivo de resumen TIPO DE RESUMEN
Construya y resuma el soporte y otra información de los árboles de origen en uno
de las siguientes topologías de resumen: - 'consenso'

Un árbol de consenso. La frecuencia mínima
El umbral de los clados que se incluirán se puede especificar utilizando la '-f' o
Indicadores '--min-clade-freq'. Este es el valor PREDETERMINADO si un árbol de destino especificado por el usuario
no se proporciona a través de las opciones '-t' o '--target-tree-filepath'.

- 'mcct'
El árbol de máxima credibilidad de clados. El árbol del conjunto de fuentes que maximiza la
* producto * de probabilidades posteriores del clado.

- 'msct'
El árbol de máxima credibilidad de clados. El árbol del conjunto de fuentes que maximiza la
* producto * de probabilidades posteriores del clado.

Grupo destinatario Árbol Hecho suplementario Opciones:
-f #. ##, --min-consenso-frec #. ##, --min-frecuencia #. ##, --frecuencia-min-clado #. ##
Si utiliza una estrategia de resumen de árbol de consenso, entonces este es el mínimo
frecuencia o probabilidad de que un clado o una división se incluya en el resultado
árbol (predeterminado:> 0.5).

--permitir-taxones-de-árbol-objetivo-desconocidos
No falle con error si los árboles objetivo tienen taxones que no se han encontrado previamente en
árboles de origen o definidos en el archivo de descubrimiento de taxón.

Grupo destinatario Árbol enraizamiento Opciones:
--root-target-at-out -group ETIQUETA DE TAXON
Raíz de los árboles objetivo utilizando un taxón especificado como grupo externo.

--objetivo-raíz-en-el-punto-medio
Arrastre el (los) árbol (s) objetivo en el punto medio.

--grupo de replanteo ETIQUETA DE TAXON
Gire los árboles objetivo de modo que el taxón especificado esté en la posición de exogrupo, pero
no cambie explícitamente el enraizamiento del árbol de destino.

Grupo destinatario Árbol Southern Implants Opciones:
-e ESTRATEGIA, --conjuntos de bordes ESTRATEGIA, - bordes ESTRATEGIA
Establezca las longitudes de los bordes de los árboles de destino o de resumen según el
ESTRATEGIA de resumen: - 'longitud media'

Las longitudes de los bordes se establecerán en la media del
longitudes de la división o clado correspondiente en los árboles fuente.

- 'mediana de longitud'
Las longitudes de los bordes se establecerán en la mediana del

longitudes de la división o clado correspondiente en
los árboles de origen.

- 'edad Media'
Las longitudes de los bordes se ajustarán para que la edad de los nodos subtendidos sea igual a
la edad media de la división o clado correspondiente en los árboles fuente. Árboles fuente
deberá ser ultramétrico para esta opción.

- 'Edad media'
Las longitudes de los bordes se ajustarán para que la edad de los nodos subtendidos sea igual a
la edad mediana de la división o clado correspondiente en los árboles fuente. Fuente
los árboles deberán ser ultramétricos para esta opción.

- apoyo
Las longitudes de los bordes se establecerán en el valor de soporte para la división representada por el
borde.

- 'guardar'
No cambie las longitudes de los bordes existentes. Este es el valor PREDETERMINADO si los árboles de destino están
procedente de un archivo externo utilizando la opción '-t' o '--targettree-filepath'

- 'claro'
Las longitudes de los bordes se borrarán de los árboles de destino si están presentes.

Tenga en cuenta que la configuración predeterminada varía según el
siguiente, en orden de preferencia: (1) Si los árboles de destino se especifican utilizando la '-t'
or

opción '--target-tree-filepath', luego el borde predeterminado
La estrategia de resumen es: 'mantener'.

(2) Si no se especifican árboles de destino, pero el
Se especifica la opción '--summarize-node-age', luego el resumen de borde predeterminado
la estrategia es: 'edad media'.

(3) Si no se especifican árboles objetivo y el
Las edades de los nodos NO se especifican para resumir, entonces el resumen de borde predeterminado
la estrategia es: 'longitud media'.

--force-mínima-borde-longitud FORCE_MINIMUM_EDGE_LENGTH
(Si establece longitudes de borde) fuerce todos los bordes a tener al menos esta longitud.

--contraer-bordes-negativos
(Si se configuran las longitudes de los bordes) obligue a que las edades de los nodos principales sean al menos tan antiguas como sus
hijo mayor al resumir las edades de los nodos.

Grupo destinatario Árbol Anotación Opciones:
--summarize-node-age, - ultramétrico, --nodo-edades
Suponga que los árboles de origen son ultraméticos y resumen las edades de los nodos (distancias desde
consejos).

-l {support, keep, clear}, --etiquetas {support, keep, clear}
Establezca las etiquetas de nodo del resumen o árbol (s) de destino: - 'soporte'

Las etiquetas de nodo se establecerán en el valor de soporte para
el clado representado por el nodo. Este es el PREDETERMINADO.

- 'guardar'
No cambie las etiquetas de los nodos existentes.

- 'claro'
Las etiquetas de nodo se borrarán de los árboles de destino si están presentes.

--suprimir-anotaciones, --no-anotaciones
NO anote nodos y bordes con metadatos de información de resumen como
como valores de soporte, longitud de borde y / o estadísticas de resumen de edad del nodo, etc.

Soporte expresión Opciones:
-p, - porcentajes
Indique el apoyo de la sucursal como porcentajes (de lo contrario, se informará como proporciones por
defecto).

-d #, --decimales #
Número de posiciones decimales en indicación de valores de soporte (predeterminado: 8).

Salida Opciones:
-o RUTA DE ARCHIVO, - ruta de archivo de árbol de salida RUTA DE ARCHIVO, --producción RUTA DE ARCHIVO
Ruta al archivo de salida (si no se especifica, se imprimirá en la salida estándar).

-F {nexus, newick, phylip, nexml}, - formato de árbol de salida {nexus, newick, phylip, nexml}
Formato del archivo de árbol de salida (si no se especifica, por defecto es el formato de entrada, si este
se ha especificado explícitamente, o 'nexus' de lo contrario).

-x PREFIJO, --salida extendida PREFIJO
Si se especifica, se generará información de resumen ampliada, que consta de
los siguientes archivos: - ' .topologies.trees '

Una colección de topologías encontradas en las fuentes.
informados con sus probabilidades posteriores asociadas como anotaciones de metadatos.

- ' .biparticiones.árboles '
Una colección de biparticiones, cada una representada como un árbol, con asociados
información como anotaciones de metadatos.

- ' .bipartitions.tsv '
Tabla que enumera las biparticiones como un patrón de grupo como columna clave e información
considerando cada una de las biparticiones como las columnas restantes.

- ' .edge-lengths.tsv '
Lista de biparticiones y longitudes de borde correspondientes. Solo se genera si las longitudes de los bordes
se resumen.

- ' .node-edades.tsv '
Lista de biparticiones y edades correspondientes. Solo se genera si las edades de los nodos son
resumido.

--sin bloque de taxones
Al escribir la salida en formato NEXUS, no incluya un bloque de taxa en la salida
treefile (de lo contrario, se creará un bloque de taxones de forma predeterminada).

--no-análisis-metainformación, --no-meta-comentarios
No incluya metainformación que describa los parámetros de resumen y
detalles de ejecución.

-c COMENTARIOS ADICIONALES, --Comentarios adicionales COMENTARIOS ADICIONALES
Comentarios adicionales que se agregarán al archivo de resumen.

-r, --reemplazar
Reemplazar / sobrescribir el archivo de salida sin preguntar si ya existe.

Paralelo Tratamiento de agua Opciones:
-M, - multiprocesamiento máximo
Ejecute en modo paralelo utilizando tantos procesadores como estén disponibles, hasta el número de
fuentes.

-m NUM-PROCESOS, - multiprocesamiento NUM-PROCESOS
Ejecutar en modo paralelo con hasta un máximo de NUMPROCESSES procesos ('max' o '#'
significa ejecutar tantos procesos como núcleos haya en la máquina local; es decir,
lo mismo que especificar '-M' o '--máximo multiprocesamiento').

Programa Inicio de sesión Opciones:
-g FRECUENCIA DE REGISTRO, --log-frecuencia FRECUENCIA DE REGISTRO
Frecuencia de registro del progreso del procesamiento del árbol (predeterminado: 500; establecido en 0 para suprimir).

-q, --tranquilo
Suprima TODOS los mensajes de registro, progreso y comentarios.

Programa Error Opciones:
--ignorar-falta-soporte
Ignore los archivos del árbol de soporte que faltan (tenga en cuenta que debe existir al menos uno).

Programa Información Opciones:
-h, --ayuda
Mostrar información de ayuda para el programa y salir.

--citación
Muestre la información de la cita para el programa y salga.

--uso-ejemplos
Muestre ejemplos de uso del programa y salga.

--describir
Muestre información sobre sus instalaciones de DendroPy y Python y salga.

AUTORES

Jeet Sukumaran y Mark T. Holder

Use sumtrees en línea usando los servicios de onworks.net