Este es el comando que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
tophat - TopHat mapea secuencias cortas de transcripciones empalmadas a genomas completos
DESCRIPCIÓN
tophat: TopHat mapea secuencias cortas de transcripciones empalmadas a genomas completos.
Uso:
tophat [opciones] [lee1 [, lee2, ...]] \
[quals1, [quals2, ...]] [quals1 [, quals2, ...]]
OPCIONES
-v/--versión
-o/ - dir-salida
[predeterminado: ./tophat_out]
--corbatín1
[predeterminado: bowtie2]
-N/ - discrepancias de lectura
[predeterminado: 2]
--leer-espacio-longitud
[predeterminado: 2]
--leer-editar-dist
[predeterminado: 2]
--leer-realinear-editar-dist
[predeterminado: "read-edit-dist" + 1]
-a/ - min-ancla
[predeterminado: 8]
-m/ - empalmes-desajustes
<0-2> [predeterminado: 0]
-i/ - longitud mínima del intrón
[predeterminado: 50]
-I/ - longitud máxima del intrón
[predeterminado: 500000]
-g/ - max-multihits
[predeterminado: 20]
--supresión-hits
-x/ - transcriptome-max-hits
[predeterminado: 60]
-M/ - prefiltro-multihits
( por -G/ - Opción GTF, habilita una búsqueda inicial de pajarita contra el genoma)
- longitud máxima de inserción
[predeterminado: 3]
--longitud-de-eliminación-máxima
[predeterminado: 3]
--solexa-quals
--solexa1.3-calificaciones
(igual que phred64-quals)
--phred64-quals
(igual que solexa1.3-quals)
-Q/ - quals
- enteros-quals
-C/--color
(Sólido - espacio de color)
- colorear
- tipo de biblioteca
(fr-unstranded, fr-firststrand, fr-secondstrand)
-p/ - núm-hilos
[predeterminado: 1]
-R/--reanudar
(intenta reanudar la ejecución)
-G/ - GTF
(GTF / GFF con transcripciones conocidas)
- índice de transcriptoma
(índice de pajarita del transcriptoma)
-T/ - solo transcriptoma
(mapa solo al transcriptoma)
-j/ - raw-juncs
- inserciones
--deleciones
-r/ - compañero-interior-dist
[predeterminado: 50]
--mate-std-dev
[predeterminado: 20]
--no-novela-juncs
--no-novela-indeles
--no-gtf-juncos
--búsqueda sin cobertura
--cobertura-búsqueda
--microexon-búsqueda
--mantener-tmp
--tmp-dir
[ defecto:/ Tmp ]
-z/ - zpacker
[predeterminado: gzip]
-X/ - sin mapear-FIFO
[use mkfifo para comprimir más archivos temporales para lecturas de espacio de color]
Advanced Opciones:
--informe-secundarias-alineaciones
--no discordante
--no mezclado
- desajustes de segmentos
[predeterminado: 2]
--segmento de longitud
[predeterminado: 25]
--corbatín-n
[predeterminado: pajarita -v ]
--intrón de cobertura mínima
[predeterminado: 50]
- intrón de cobertura máxima
[predeterminado: 20000]
--min-segmento-intrón
[predeterminado: 50]
- intrón de segmento máximo
[predeterminado: 500000]
--no-ordenar-bam
(La salida BAM no está ordenada por coordenadas)
--no-convertir-bam
(No da salida al formato bam. La salida es /accepted_hits.sam)
--mantener-orden-rápido
--permitir mapeo parcial
pajarita2 relacionado opciones:
Opciones preestablecidas en --de extremo a extremo modo (la alineación local no se usa en TopHat2)
--b2-muy-rápido
--b2-rápido
--b2-sensible
--b2-muy sensible
Opciones de alineación
--b2-N
[predeterminado: 0]
--b2-L [predeterminado: 20]
--b2-yo [predeterminado: S, 1,1.25]
--b2-n-techo
[predeterminado: L, 0,0.15]
--b2-gbar
[predeterminado: 4]
Opciones de puntuación
--b2-mp
, [predeterminado: 6,2]
--b2-np
[predeterminado: 1]
--b2-rdg
, [predeterminado: 5,3]
--b2-rfg
, [predeterminado: 5,3]
--b2-puntuación-mín
[predeterminado: L, -0.6, -0.6]
Opciones de esfuerzo
--b2-D [predeterminado: 15]
--b2-R [predeterminado: 2]
Fusion relacionado opciones:
--búsqueda de fusión
- longitud de anclaje de fusión
[predeterminado: 20]
--fusión-min-dist
[predeterminado: 10000000]
--fusión-lectura-discrepancias
[predeterminado: 2]
--fusión-multireads
[predeterminado: 2]
- multipares de fusión
[predeterminado: 2]
--fusión-ignorar-cromosomas
[ p.ej, ]
--fusión-no-resolver-conflictos
[esto es para fines de prueba]
SAM Encabezamiento Opciónes (solo para incrustación secuenciación run metadatos in producción):
--rg-id
(leer ID de grupo)
--rg-muestra
(ejemplo de identificacion)
--rg-biblioteca
(ID de biblioteca)
--rg-descripción
(cadena descriptiva, no se permiten pestañas)
--rg-plataforma-unidad
(p. ej., ID de carril de Illumina)
--rg-centro
(nombre del centro de secuenciación)
--rg-fecha
(Fecha ISO 8601 del experimento de secuenciación)
--rg-plataforma
(Descriptor de la plataforma de secuenciación)
para obtener ayuda detallada, consulte http://tophat.cbcb.umd.edu/manual.html
Use tophat en línea usando los servicios de onworks.net
