Este es el comando transeqe que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
transeq - Traducir secuencias de ácidos nucleicos
SINOPSIS
transeq -secuencia Seqall [-cuadro lista] [-mesa lista] [-regiones distancia] [A recortar booleano]
[-limpiar booleano] -alternativa booleano -outseq Seqoutall
transeq -ayuda
DESCRIPCIÓN
transeq es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del grupo (s) de comando "Nucleic: Translation".
OPCIONES
Entrada .
-secuencia Seqall
Adicionales .
-cuadro lista
Valor predeterminado: 1
-mesa lista
-regiones distancia
Regiones para traducir. Si se deja en blanco, se traduce la secuencia completa.
Un conjunto de regiones se especifica mediante un conjunto de pares de posiciones. Las posiciones son
enteros. Están separados por cualquier carácter no alfabético ni numérico. Ejemplos de region
las especificaciones son: 24-45, 56-78 1:45, 67 = 99; 765..888 1,5,8,10,23,45,57,99 Nota: usted
no debería intentar usar esta opción con ningún otro marco que no sea el predeterminado, -frame = 1
A recortar booleano
Esto elimina todos los caracteres 'X' y '*' del extremo derecho de la traducción. los
El proceso de recorte comienza al final y continúa hasta que el siguiente carácter no sea una 'X'
o un '*' Valor predeterminado: N
-limpiar booleano
Esto cambia todas las posiciones del codón STOP del carácter '*' a 'X' (un
residuo). Esto es útil porque algunos programas no aceptarán secuencias de proteínas con
caracteres '*' en ellos. Valor predeterminado: N
Advanced .
-alternativa booleano
La definición predeterminada de la trama '-1' es el complemento inverso del conjunto de codones
utilizado en el marco 1. (El marco -2 es el conjunto de codones utilizados por el marco 2, de manera similar los marcos -3
y 3). Este es un estándar común, utilizado por el paquete Staden y otros programas. Si
prefiere definir el marco '-1' como si se usara el conjunto de codones que comienzan con el último
codón de la secuencia, luego establezca esto como verdadero. Valor predeterminado: N
Salida .
-outseq Seqoutall
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