tricensus-mpi: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

tricensus-mpi: distribuye un censo de triangulación entre varias máquinas usando MPI

SINOPSIS

tricenso-mpi [ -RE, --depth = ] [ -X, --ejecución en seco ] [ -2, --tenue2 ] [ -Oh, --orientable |
-norte, --no orientable ] [ -F, --finito | -D, --ideal ] [ -metro, --mínimo | -METRO, --minprime |
-NORTE, --minprimep2 | -h, --minhyp ] [ -s, --sigs ] pares-archivo prefijo-archivo-salida

DESCRIPCIÓN

Permite que múltiples procesos, posiblemente ejecutándose en un clúster de diferentes máquinas,
colaborar en la formación de un censo de triangulaciones de 3 o 2 variedades. Coordinación
se realiza a través de MPI (la interfaz de paso de mensajes), y todo el censo se ejecuta como un
trabajo de MPI único. Este programa es adecuado para clústeres de alto rendimiento.

El comportamiento predeterminado es enumerar triangulaciones de tres variedades. Si desea enumerar
Triangulaciones de 2 múltiples en su lugar, debe pasar --tenue2.

Para preparar un censo para su distribución entre varios procesos o máquinas, el censo
debe dividirse en trozos más pequeños. Corriendo tricenso con opcion --genpares (cual es
muy rápido) creará una lista de emparejamientos de rostros, cada uno de los cuales debe analizarse para
completar el censo.

La lista completa de emparejamientos de rostros debe almacenarse en un solo archivo, que se pasa al
línea de comandos como pares-archivo. Este archivo debe contener un emparejamiento de rostros por línea, y cada uno de
Estos emparejamientos de caras deben estar en forma canónica (es decir, deben ser un representante mínimo de
su clase de isomorfismo). Los emparejamientos de rostros generados por tricenso --genpares están
garantizado para satisfacer estas condiciones.

El sistema tricenso-mpi La utilidad tiene dos modos de funcionamiento: modo predeterminado y modo de búsqueda secundaria.
Estos se explican por separado en los modos de funcionamiento a continuación.

En ambos modos, un proceso MPI actúa como controlador y los procesos restantes actúan todos
como esclavos. El controlador lee la lista de emparejamientos de rostros de pares-archivo, construye un
una serie de tareas basadas en estos, y distribuye estas tareas a los esclavos para su procesamiento.
Cada esclavo procesa una tarea a la vez, solicitando al controlador una nueva tarea cuando es
terminado con el anterior.

Al final de cada tarea, si se encuentran triangulaciones, el esclavo responsable
guarde estas triangulaciones en un archivo de salida. El archivo de salida tendrá un nombre del formulario
salida-archivo-prefijo_p.rga en modo predeterminado o archivo-de-salida-prefijo_p-s.rga en modo de subsearch.
Aquí prefijo-archivo-salida se pasa en la línea de comando, p es el número de emparejamiento de caras
siendo procesado, y s es el número de la subsearch dentro de ese emparejamiento de rostros (ambos enfrentan
emparejamientos y subsearches se numeran de 1 en adelante). Si no se encontraron triangulaciones
entonces el esclavo no escribirá ningún archivo de salida.

Los procesos de controlador y esclavo toman lo mismo tricenso-mpi opciones (excluyendo MPI-
opciones específicas, que generalmente son suministradas por un programa contenedor MPI como mpirún or
mpiexec). Los diferentes roles de los procesos están determinados únicamente por su proceso MPI
rango (el controlador es siempre el proceso con rango 0). Por tanto, debería ser posible
para iniciar todos los procesos MPI ejecutando un solo comando, como se ilustra en los ejemplos
abajo.

A medida que avanza el censo, el controlador mantiene un registro detallado de las actividades de cada esclavo,
incluyendo cuánto tiempo ha tomado cada tarea esclava y cuántas triangulaciones se han encontrado.
Este registro se escribe en el archivo prefijo-archivo-salida.log. La utilidad tricensus-mpi-estado
puede analizar este registro y producir un resumen legible por humanos más corto.

Importante: Es highly recomendado que usas el --sigs opción. Esto mantendrá
archivos de salida pequeños, y reducirá significativamente la huella de memoria de
tricenso-mpi misma.

MODOS OF FUNCIONAMIENTO

Como se discutió anteriormente, hay dos modos básicos de operación. Estos son el modo predeterminado (usado
when --profundidad no se pasa), y el modo de subsearch (usado cuando --profundidad esta pasado).

· En tu préstamo estudiantil modo, el controlador simplemente lee la lista de emparejamientos de caras y le da a cada
emparejamiento con un esclavo para su procesamiento, uno tras otro.

· En subbúsqueda modo, se envía más trabajo al controlador y las tareas esclavas se
más corta. Aquí, el controlador lee un emparejamiento de caras a la vez y comienza a procesar
ese emparejamiento de caras. Se proporciona una profundidad fija en el argumento --profundidad; cada vez que
profundidad se alcanza en el árbol de búsqueda, la subsearch a partir de ese punto se da como una tarea
al siguiente esclavo inactivo. Mientras tanto, el controlador retrocede (como si la subsearch
había terminado) y continúa, cultivando la siguiente sub-búsqueda cuando la profundidad dada es
alcanzado de nuevo, y así sucesivamente.

Los modos se pueden visualizar de la siguiente manera. Para cada emparejamiento de rostros, considere el correspondiente
búsqueda recursiva como un gran árbol de búsqueda. En el modo predeterminado, todo el árbol se procesa en
una vez como una sola tarea esclava. En el modo de subsearch, cada subárbol enraizado a la profundidad dada es
procesado como una tarea esclava separada (y todo el procesamiento entre la raíz y el dado
la profundidad la realiza el controlador).

La principal diferencia entre los diferentes modos de funcionamiento es la longitud del esclavo.
tareas, que pueden tener una variedad de efectos.

· En el modo predeterminado, las tareas esclavas son bastante largas. Esto significa que la paralelización puede
se vuelven muy pobres hacia el final del censo, con algunos esclavos sentados inactivos durante un largo
tiempo mientras esperan a que terminen los esclavos restantes.

· A medida que pasamos al modo de subsearch con mayor profundidad, las tareas esclavas se hacen más cortas y
Los tiempos de finalización de los esclavos serán más cercanos (evitando así el esclavo inactivo
ineficiencia descrita anteriormente). Además, con una subsearch más refinada, el progreso
La información almacenada en el registro será más detallada, dando una mejor idea de cuánto tiempo
el censo tiene que irse. Por otro lado, se empuja más trabajo al proceso único
controlador (arriesgándose a un cuello de botella si la profundidad es demasiado grande, con esclavos ahora inactivos
mientras esperan nuevas tareas). Además, la sobrecarga de MPI es mayor y el número de
los archivos de salida pueden llegar a ser extremadamente grandes.

Al final, la experimentación es la mejor manera de decidir si ejecutar en modo subsearch y
a que profundidad. Sea consciente de la opción --ejecución en seco, que puede ofrecer una descripción general rápida de
espacio de búsqueda (y en particular, muestra cuántas subsearches se requieren para cada cara
emparejamiento a cualquier profundidad).

OPCIONES

Las opciones censales aceptadas por tricenso-mpi son idénticas a las opciones para tricenso
Consulte las tricenso referencia para más detalles.

Algunas opciones de tricenso no están disponibles aquí (p. ej., tetraedros y límites
opciones), ya que deben proporcionarse antes al generar la lista inicial de caras
emparejamientos.

Hay nuevas opciones específicas para tricenso-mpi, que son los siguientes.

-RE, --depth =
Indica que se debe utilizar el modo de búsqueda secundaria (en lugar del modo predeterminado). los
argumento especifica a qué profundidad en el árbol de búsqueda debe pasar el procesamiento
del controlador a una nueva tarea esclava.

La profundidad dada debe ser estrictamente positiva (correr a profundidad cero equivale a
funcionando en modo predeterminado).

Consulte la sección de modos de funcionamiento anterior para obtener más información, así como sugerencias.
en elegir un buen valor para .

-X, --ejecución en seco
Especifica que se debe realizar un ensayo rápido en lugar de un censo completo.

En una prueba, cada vez que un esclavo acepta una tarea, la marcará inmediatamente como
terminó sin triangulaciones encontradas. El comportamiento del controlador permanece
sin alterar.

El resultado será un censo vacío. El beneficio de una ejecución en seco es el archivo de registro que
produce, que mostrará con precisión cómo se dividirían los emparejamientos de rostros en
subsearches en un censo real. En particular, el archivo de registro mostrará cuántos
subsearches que produce cada emparejamiento de caras (la utilidad tricensus-mpi-estado ayuda
extraer esta información del registro).

A pequeñas profundidades submarinas, un ensayo debe ser extremadamente rápido. Como la profundidad
sin embargo, el funcionamiento en seco se volverá más lento debido al trabajo extra que se
el controlador.

Esta opción solo es útil en el modo subsearch (se puede usar en el modo predeterminado, pero
los resultados no son interesantes). Consulte la sección de modos de funcionamiento anterior para
más detalles.

EJEMPLOS

Suponga que deseamos formar un censo de todos los 6-tetraedros cerrados no orientables
triangulaciones, optimizadas para triangulaciones primos mínimos P2-irreductibles (por lo que algunos no
pueden omitirse triangulaciones primarias, no mínimas o no irreducibles P2).

Empezamos usando tricenso para generar una lista completa de emparejamientos de rostros.

ejemplo $ tricenso --genpares -t 6 -i > 6.pares
Pares de caras totales: 97
ejemplo $

Ahora usamos tricenso-mpi para ejecutar el censo distribuido. Un programa de envoltura como mpirún
or mpiexec generalmente se puede usar para iniciar los procesos MPI, aunque esto depende de su
implementación de MPI específica. El siguiente comando ejecuta un censo distribuido el 10
procesadores que utilizan la implementación MPICH de MPI.

ejemplo $ mpirún -notario público 10 / usr / bin / tricensus-mpi -Nnf 6.pares 6-ni
ejemplo $

El estado actual del procesamiento se mantiene en el registro del controlador. 6-nor.log. Tú puedes ver
este registro con la ayuda de tricensus-mpi-estado.

ejemplo $ tricensus-mpi-estado 6-nor.log
Emparejamiento 1: hecho, 0 encontrado
...
Emparejamiento 85: hecho, 0 encontrado
Emparejamiento 86: hecho, 7 encontrado
Emparejamiento 87: corriendo
Emparejamiento 88: corriendo
Aún en ejecución, 15 encontrados, última actividad: Wed Jun 10 05:57:34 2009
ejemplo $

Una vez finalizado el censo, las triangulaciones resultantes se guardarán en archivos como
6-nor_8.rga, 6-nor_86.rga y así sucesivamente.

MAC OS X Y VENTANAS USUARIOS

Esta utilidad no se envía con el paquete de aplicaciones de arrastrar y soltar para MacOS X o con el
Windows instalador.

Utilice tricensus-mpi en línea utilizando los servicios de onworks.net