Este es el comando ucsc_genes2gffp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
ucsc_genes2gff.pl - Convierta archivos genéticos con formato UCSC Genome Browser en archivos GFF adecuados
para cargar en gbrowse
SINOPSIS
% uscsc_genes2gff.pl [opciones] ucsc_file1 ucsc_file2 ...
Opciones:
-src Elija una fuente para el gen, por defecto "UCSC"
-origen Elija una posición relativa para numerar, por defecto
es "1"
DESCRIPCIÓN
Este script analiza los archivos de genes disponibles en el enlace "tablas" del genoma de UCSC.
browser (genome.ucsc.edu) en un formato adecuado para cargar gbrowse. Advertencia: solo
trabaja con las tablas de genes. Otras tablas, como alineaciones EST, contornos y repeticiones,
tienen sus propios formatos que requerirán el análisis de otros scripts.
Para usar este script, obtenga una o más tablas UCSC, ya sea desde el enlace "Tablas" en el
navegador o desde el sitio FTP de UCSC Genome Browser. Da el archivo de la tabla como argumento para
este guión. Es posible que desee proporcionar un campo de "fuente" alternativo. De lo contrario, esto
la secuencia de comandos predeterminada es "UCSC".
% pucsc_genes2gff.pl -src RefSeq refseq_data.ucsc> refseq.gff
El archivo GFF resultante se puede cargar en una base de datos Bio :: DB :: GFF utilizando lo siguiente
mando:
% bulk_load_gff.pl -d refseq.gff
Use ucsc_genes2gffp en línea usando los servicios de onworks.net