Este es el comando velveth_63 que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
velveth_63 - programa de hash simple (MAXKMERLENGTH = 63)
DESCRIPCIÓN
velveth - programa de hash simple Versión 1.2.09
OPCIONES
-hebra_específica
: para datos de secuenciación de transcriptomas específicos de cadena (predeterminado: desactivado)
-reutilizar_secuencias
: reutiliza el archivo de secuencias (o enlace) que ya está en el directorio (no es necesario proporcionar el archivo original
nombres de archivo en este caso (predeterminado: desactivado)
-reutilizar_binario
: reutiliza el archivo de secuencias binarias (o enlace) que ya está en el directorio (no es necesario proporcionar
nombres de archivo originales en este caso (predeterminado: desactivado)
-noHash
: simplemente prepare el archivo de secuencias, no haga lecturas de hash ni prepare el archivo de hojas de ruta
(predeterminado: desactivado)
-create_binario
: crea un archivo binario CnyUnifiedSeq (predeterminado: desactivado)
Sinopsis:
- Short soltero final dice lo siguiente:
Assem de terciopelo 29 -corto -rápidoq s_1_secuencia.txt
- Extremo emparejado short lee (recuerda a intercalar emparejado lee):
Assem de terciopelo 31 -CortoEmparejado -fasta intercalado.fna
- Lecturas cortas emparejadas (usando archivos separados para las lecturas emparejadas)
Assem de terciopelo 31 -CortoEmparejado -fasta -separar izquierda.fa derecha.fa
- Two canales y some long dice lo siguiente:
Assem de terciopelo 43 -corto -rápidoq no mapeado.fna -largo emparejado -fasta SangerReads.fasta
- Tres puestos canales:
Assem de terciopelo 35 -CortoEmparejado -fasta pe_lib1.fasta -CortoEmparejado2 pe_lib2.fasta
-corto3 se_lib1.fa
Salida:
directorio / directorio de mapas de ruta / Secuencias
[Ambos archivos se recogen mediante un gráfico, así que déjelos allí]
DERECHOS DE AUTOR
Copyright 2007, 2008 Daniel Zerbino ([email protected])
Este es un software gratuito; consulte la fuente para conocer las condiciones de copia. NO hay garantía; no
incluso para COMERCIABILIDAD o APTITUD PARA UN PROPÓSITO PARTICULAR.
Configuración de compilación: CATEGORÍAS = 2 MAXKMERLENGTH = 63 OPENMP
Uso: ./velveth directorio hash_length {[-file_format] [- read_type] [- separado | -interleaved]
filename1 [filename2 ...]} {...} [opciones]
directorio
: nombre de directorio para archivos de salida
longitud_hash
: O un número entero impar (si es par, será decrementado) <= 63 (si es arriba, será
reducido): O: m, M, s donde my M son números enteros impares (si no, serán
decrementado) con m <M <= 63 (si es superior, se reducirá)
y s es un paso (número par). Velvet luego picará de k = m a k = M con un paso de
s
nombre de archivo
: ruta al archivo de secuencia o - para entrada estándar
Archive formato opciones:
-fasta -rápidoq -crudo -fasta.gz -rápidoq.gz -crudo.gz -sam -bam -fmtAuto
(Nota: -fmtAuto detectará fasta o fastq, y probará los siguientes programas para
descompresión: gunzip, pbunzip2, bunzip2
Archive diseño opciones for emparejado lee (solamente for rápido y rapido formatos):
-intercalado
: El archivo contiene lecturas emparejadas intercaladas en un archivo (predeterminado)
-separar
: Leer 2 archivos separados para lecturas emparejadas
Read tipo opciones:
-corto -CortoEmparejado
-corto2 -CortoEmparejado2
-largo -largo emparejado
-referencia
Utilice velveth_63 en línea utilizando los servicios de onworks.net
