Este es el comando velvetoptimiser que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
velvetoptimiser: optimiza automáticamente los parámetros de montaje de Velvet do novo
SINOPSIS
velvetoptimizador [opciones] -f terciopelo Las opciones de entrada línea'
DESCRIPCIÓN
VelvetOptimiser es un script Perl de subprocesos múltiples para optimizar automáticamente los tres
opciones de parámetros primarios (K, -exp_cov, -cov_cutoff) para la secuencia Velvet de novo
ensamblador.
OPCIONES
--ayuda Esta ayuda.
--versión!
Imprima la versión a la salida estándar y salga. (predeterminado '0').
--v| verboso +
Registro detallado, incluye toda la salida de terciopelo en el archivo de registro. (predeterminado '0').
--s| hashs = i
El valor hash inicial (inferior) (predeterminado '19').
--mi| hashe = yo
El valor hash final (más alto) (predeterminado '31').
--X| paso = i
El paso en la búsqueda hash ... min 2, sin números impares (predeterminado '2').
--F| velvethfiles = s La sección de archivo de la línea de comando velveth. (predeterminado '0').
--un| amosfile!
Active el seguimiento de lectura de velvet y la salida del archivo amos. (predeterminado '0').
--o| velvetgoptions = s Opciones extra de terciopelo para pasar.
p.ej. -long_mult_cutoff -max_cobertura etc (predeterminado '').
--t| hilos = i
La cantidad máxima de instancias de terciopelo simuladas que se ejecutarán. (predeterminado '4').
--gramo| genomesize = f El tamaño aproximado del genoma que se ensamblará en megabases.
Solo se utiliza en la estimación del uso de la memoria. Si no se especifica, la estimación del uso de la memoria
no ocurrió. Si se estima el uso de memoria, se muestran los resultados y luego se programa
salidas. (predeterminado '0').
--k| optFuncKmer = s La función de optimización utilizada para la elección de k-mer. (predeterminado 'n50').
--C| optFuncCov = s La función de optimización utilizada para la optimización cov_cutoff. (defecto
'Lbp').
--metro| minCovCutoff = f El cov_cutoff mínimo que se utilizará. (predeterminado '0').
--pag| prefijo = s
El prefijo para los nombres de archivo de salida, el valor predeterminado es la fecha y la hora en el formato
DD-MM-AAAA-HH-MM_. (predeterminado 'automático').
--D| dir_final = s El nombre del directorio en el que colocar la salida final. (defecto '.').
--z| upperCovCutoff = f El corte de cobertura máximo a considerar como un multiplicador de la
cobertura esperada. (predeterminado '0.8').
¡Avanzado !: Cambiar la (s) función (es) de optimización
La función de optimización del ensamblaje del optimizador de terciopelo se puede construir a partir de las siguientes variables.
LNbp = El número total de N en contigs grandes Lbp = El número total de pares de bases
en grandes contigs Lcon = El número de grandes contigs max = La longitud del más largo
contig n50 = El n50 ncon = El número total de contigs tbp = El número total de
pares de bases en contigs
Ejemplos son:
'Lbp' = Solo el total de pares de bases en contigs de más de 1kb 'n50 * Lcon' = El n50
veces el número de contigs largos. 'n50 * Lcon / tbp + log (Lbp)' = El n50 veces el
número de contigs largos divididos
por el total de bases en todos los contigs más el logaritmo del número de bases en largo
contigios
Use velvetoptimiser en línea usando los servicios de onworks.net
