xcrysden: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

xcrysden - visualizador de estructuras cristalinas y moleculares

SINOPSIS

xcrysden [opciones-especiales]
xcrysden [opciones-especiales] opciones de formato presentar|directorio

DESCRIPCIÓN

XCrySDen es un programa de visualización de estructuras cristalinas y moleculares, que tiene como objetivo
visualización de isosuperficies y contornos, que se pueden superponer a estructuras cristalinas
e interactivamente rotado y manipulado.

SPECIAL OPCIONES

-h
--ayuda
Mostrar mensaje de ayuda.

-v
--versión
Muestra información sobre la versión del programa.

-u id
--usar id
Cargue XCrySDen incrustado en la ventana del contenedor con window-ID =id.

-r oscuro
--reducido oscuro
Reducir la dimensión periódica del archivo XSF a oscuro. Debe especificarse antes --xsf opción,
e.g., xcrysden -r 2 --xsf presentar.

-c presentar
--personalizado presentar
Cargar definiciones personalizadas desde un archivo especificado (la sintaxis es la de
~ / .xcrysden / definiciones-personalizadas).

-a presentar
- atributos presentar
Cargar atributos del archivo. El formato del archivo de atributos es el siguiente:

COLOR DEL ELEMENTO
número-atómico1 red1 blue1 green1
número-atómico2 red2 blue2 green2
...
RADIO DEL ELEMENTO
número-atómico1 radius1
número-atómico2 radius2
...

-l presentar
--luces presentar
Cargue los parámetros de luces del archivo con formato de luces de XCrySDen.

FORMATO OPCIONES

--xsf presentar
Cargue la estructura del archivo con formato XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf presentar
--axsf presentar
Cargue estructuras del archivo formateado de Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf presentar
Cargue bandas del archivo BXSF (Band-XSF) y visualice Fermi Surface.

--xmol presentar
--xyz presentar
Cargue la estructura del archivo con formato XYZ.

--pdb presentar
Cargue la estructura del archivo con formato PDB.

--gzmat presentar
Cargue la estructura de la matriz Z gaussiana (requiere el programa Open-Babel).

--gaussian_fuera presentar
--gxx_out presentar
--g98_out presentar
Cargue la estructura del archivo de salida gaussiano. Cálculo de un solo punto y
La ejecución de optimización es compatible hasta ahora. Para la ejecución de optimización es posible
renderizar todas las estructuras que se produjeron durante la ejecución.

--cubo presentar
--gXX_cubo presentar
--g98_cubo presentar
Cargue la estructura del archivo de cubo gaussiano. El archivo de cubo debe producirse con el
Cubo = Opción de tarjetas. Solo se admiten archivos de cubo escalar, es decir, Cubo = (Tarjetas, Densidad)
o Cubo = (Cartas, Orbitales) o Cubo = (Cartas, Potencial). Consulte el manual de GAUSSIAN para
significado de estas palabras clave.

--crystal_inp presentar
Estructura de carga de CRYSTAL (http://http: //www.crystal.unito.it/) fichero de entrada.

--cristal_f9 presentar
Estructura de carga de CRYSTAL (http://http: //www.crystal.unito.it/) unidad fortran 9.

--wien_struct cabeza de archivo|presentar|directorio
Estructura de carga de WIEN2k (http://www.wien2k.at/) estructura-archivo, donde:

cabeza de archivo = nombre del archivo de estructura sin .estructura extensión,
presentar = nombre de archivo,
directorio = nombre del directorio del caso.

--wien_kpath directorio|archivo de estructura
Read struct archivar y renderizar la primera zona de Brillouin con puntos k especiales. K-path puede ser
seleccionados interactivamente haciendo clic con el mouse en los puntos k especiales. El usuario debe especificar Emin
y EMAX energías y número total de puntos k a lo largo del camino. Este número es simplemente
una estimación del número total de puntos k, ya que XCrySDen intenta ser muy uniforme
muestreo de k-puntos a lo largo de la ruta (no especifique el número máximo permitido WIEN2k de k-
puntos, ya que XCrySDen podría generar algunos puntos más).

--wien_renderdensity directorio
Read struct, saliday Rho archivos y renderiza la estructura cristalina y precalculada
cargar densidad.

--wien_densidad directorio
La región 2D o 3D para el cálculo de la densidad de carga se elige de forma interactiva mediante
hacer clic con el mouse. XCrySDen genera in5 archivo (s), calcula y representa la densidad de carga
ya sea como isolíneas / planos de color (2D) o isosuperficies (3D).

--wien_fermisuperficie directorio
Abre una ventana de tareas para la creación de superficies Fermi. Después de varios pasos el Fermi
La superficie se dibuja (con suerte) como isosuperficie 3D.

--fhi_inpini presentar
Estructura de carga de FHI98MD entrada.ini archivo formateado.

--fhi_coord presentar
Estructura de carga de FHI98MD coord.fuera archivo formateado.

--pwi
--pw_inp presentar
Estructura de carga desde pw.x Las opciones de entrada archivo. pw.x es un programa de ondas planas pseudopotenciales de
la distribución Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--poo
--pw_out presentar
Estructura de carga desde pw.x salida archivo. pw.x es un programa de ondas planas pseudopotenciales de
la distribución Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s guión
--guión guión
Cargue el script desde el archivo que contiene el script Tcl.

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