Esta es la aplicación de Linux llamada Reconstrucción automática del linaje celular para ejecutar en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como testData.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Reconstrucción automática del linaje celular para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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Reconstrucción automática del linaje celular para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
De Amat et al., Nature Methods, 2014 *:"La reconstrucción integral de linajes celulares en organismos multicelulares complejos es un objetivo central de la biología del desarrollo. Presentamos un marco computacional de código abierto para la segmentación y seguimiento de núcleos celulares con alta precisión y velocidad. Demostramos su (1) generalidad, mediante la reconstrucción linajes celulares en cuatro dimensiones, datos de imágenes del tamaño de un terabyte de embriones de mosca de la fruta, pez cebra y ratón, adquiridos con tres tipos diferentes de microscopios de fluorescencia, (2) escalabilidad, mediante el análisis de etapas avanzadas de desarrollo con hasta 20,000 células por punto de tiempo , a 26,000 celdas min-1 en una sola estación de trabajo de computadora, y (3) facilidad de uso, ajustando solo dos parámetros en todos los conjuntos de datos y brindando herramientas de visualización y edición para una curación de datos eficiente. Nuestro enfoque logra una precisión de vinculación promedio del 97.0% en todas las especies y modalidades de obtención de imágenes ".
* Por favor, cite este documento si usa este código para su investigación.
Audiencia
Ciencia / Investigación, Usuarios finales / Escritorio
Interfaz de usuario
Consola / Terminal
Lenguaje de programación
C ++, C
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/tgmm/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
