Esta es la aplicación de Linux llamada CPAT cuya última versión se puede descargar como prebuild_models.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada CPAT con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
CPAT
DESCRIPCIÓN:
Usando RNA-seq, se han identificado decenas de miles de nuevas transcripciones e isoformas (Djebali, et al Nature, 2012, Carbili et al, Gene & Development, 2011) El descubrimiento de estos transcriptomas ocultos rejuvenece la necesidad de distinguir el ARN codificante y no codificante . Sin embargo, la mayoría de los métodos de predicción del potencial de codificación anteriores se basan en gran medida en la alineación, ya sea alineación por pares para buscar evidencia de proteínas o alineaciones múltiples para calcular la puntuación de conservación filogenética (como CPC, PhyloCSF y RNACode). Esto se debe a que la mayoría de las transcripciones identificadas anteriormente, incluidos el ARN codificante de proteínas y los ARN reguladores / domésticos cortos, como los snRNA, snoRNA y tRNA, están muy conservados. Aunque siguen siendo muy útiles, estos enfoques tienen varias limitaciones:
La mayoría de los lncRNA están menos conservados y tienden a ser específicos de linaje, lo que limita en gran medida el poder de discriminación de los métodos basados en alineación. Por ejemplo, de 550 lncRNA detectados en el pez cebra, solo 29 de ellos tenían una secuencia detectable
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comandos basada en web
Lenguaje de programación
Python
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/rna-cpat/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.