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Descarga de GapFiller para Linux

Descarga gratuita de la aplicación GapFiller Linux para ejecutar en línea en Ubuntu en línea, Fedora en línea o Debian en línea

Esta es la aplicación de Linux llamada GapFiller cuya última versión se puede descargar como GapFiller-1.1.1.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.

Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada GapFiller con OnWorks de forma gratuita.

Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:

- 1. Descargue esta aplicación en su PC.

- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.

- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.

- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.

- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.

- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.

Relleno


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DESCRIPCIÓN

GapFiller es un ensamblador local de semilla y extensión para llenar el vacío dentro de lecturas emparejadas.
Se puede utilizar tanto para ADN como para ARN y se ha probado con datos de Illumina.
GapFiller se puede utilizar siempre que se vaya a ensamblar una secuencia a partir de las lecturas que se encuentran en sus extremos, siempre que se disponga de una estimación imprecisa de la longitud de la secuencia.



Caracteristicas

  • Formato de entrada admitido: FASTQ (.gz, .bz2), FASTA (.gz, .bz2), SAM, BAM
  • Parámetros de montaje altamente personalizables
  • Posibilidad de especificar diferentes conjuntos de datos para la siembra y el ensamblaje.
  • Posibilidad de almacenar información de diseño (leer posición y orientación dentro de contigs ensamblados)

Interfaz de usuario

Línea de comando


Lenguaje de programación

C + +


Categorías

Bioinformática

Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/gapfiller/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.


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