Esta es la aplicación de Linux llamada GENIE (GEne-geNe IntEraction) cuya última versión se puede descargar como GENIE_src.tar. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada GENIE (GEne-geNe Interaction) con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
GENIO (INTERACCIÓN GEN-GEN)
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DESCRIPCIÓN
La interacción gen-gen en los estudios de asociación genética es computacionalmente intensiva cuando están involucrados un gran número de SNP. La mayoría de las últimas unidades de procesamiento central (CPU) tienen varios núcleos, mientras que las unidades de procesamiento de gráficos (GPU) también tienen cientos de núcleos y se han utilizado recientemente para implementar software científico más rápido. Sin embargo, actualmente no existen paquetes de software de análisis genético que permitan a los usuarios utilizar completamente la potencia de cálculo de estos dispositivos de múltiples núcleos para el análisis de interacción genética para rasgos binarios.
Aquí presentamos un novedoso paquete de software GENIE, que utiliza la potencia de múltiples núcleos de procesador de GPU o CPU para paralelizar el análisis de interacción.
Cita: Chikkagoudar, S., Wang, K. y Li, M. (2011). GENIE: un paquete de software para el análisis de la interacción gen-gen en estudios de asociación genética utilizando múltiples núcleos de GPU o CPU. Notas de investigación de BMC, 4 (1), 158.
Audiencia
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
C
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/gpugenie/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
