Esta es la aplicación de Linux llamada Grinder para ejecutar en Linux en línea cuya última versión se puede descargar como Grinder-0.5.4.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Grinder para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
Grinder para ejecutar en Linux en línea
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DESCRIPCIÓN
Grinder es una herramienta bioinformática versátil de código abierto para crear bibliotecas de secuencias de amplicones y escopetas ómicas simuladas para todas las plataformas de secuenciación principales.Caracteristicas
- bibliotecas de lectura de escopeta o amplicón (por ejemplo, ARNr 16S)
- Soporte ómico para generar conjuntos de datos genómicos, transcriptómicos, proteómicos, metagenómicos, metatranscriptómicos o metaproteómicos.
- distribución de longitud de lectura arbitraria y número de lecturas
- simulación de PCR y errores de secuenciación (quimeras, mutaciones puntuales, homopolímeros)
- soporte para conjuntos de datos de extremo emparejado (par de compañeros)
- configuraciones de abundancia de rango específicas o abundancia dada manualmente para cada genoma, gen o proteína
- creación de conjuntos de datos con una riqueza determinada (diversidad alfa)
- Los conjuntos de datos relacionados pueden compartir un número variable de genomas (diversidad beta)
- Modelado del sesgo creado por la variación de la longitud del genoma o el número de copias del gen.
- mecanismo de perfil para almacenar opciones preferidas
- disponible para biólogos o usuarios avanzados a través de múltiples interfaces: GUI, CLI y API
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Consola / Terminal
Lenguaje de programación
Perl
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/biogrinder/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
