Esta es la aplicación de Linux llamada KMC-KaiC para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como KMC_KaiC_Original.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada KMC-KaiC para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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KMC-KaiC para ejecutarse en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
Este código es un algoritmo Kinetic Monte Carlo (KMC) dedicado que simula un modelo del reloj circadiano Kai postraduccional.El código le permite simular el sistema Kai a nivel de hexámeros y monómeros KaiC individuales y rastrea explícitamente la rotación de cada nucleótido de ATP. Aparte de la hidrólisis de ATP, todas las reacciones obedecen a un equilibrio detallado.
La aplicación del código se describe en nuestro artículo titulado "Un modelo termodinámicamente consistente del reloj circadiano de Kai postraduccional", que está disponible gratuitamente en la revista de acceso abierto PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
* ACTUALIZACIÓN * Hicimos una versión completamente reversible de nuestro modelo, incluidas las reacciones inversas para la hidrólisis de ATP. Esto hace posible ejecutar el modelo en equilibrio termodinámico. Esta versión del modelo se puede descargar en KMC_KaiC_Rev.zip.
Si desea utilizar nuestro modelo para su propia investigación, cite nuestro artículo PLoS Computational Biology.
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
C + +
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
