Esta es la aplicación de Linux llamada MANTI cuya última versión se puede descargar como MANTI-v5.4.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada MANTI con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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PASTOSO
DESCRIPCIÓN
MANTI es una solución integral de anotación y evaluación de terminales N. MANTI era (des)conocido anteriormente como muda.pl antes de v3.7, el proyecto pasó a llamarse MANTI.pl con v3.7 el 2019-06-24.
Reúne información de diferentes archivos de salida MaxQuant o DiaNN/MSFragger en un archivo maestro adecuado explícitamente para análisis de proteínas neo-terminales. El ancla central para la recopilación de datos es el archivo modifySpecificPeptides.txt o diann-output.pr_matrix.tsv: los datos adicionales se deducen de otros archivos de origen diferentes de la carpeta correspondiente. Tal vez también sea útil para fines proteómicos normales, pero este script está muy optimizado para la identificación y validación de neo-terminales de proteínas. Una interfaz gráfica está disponible como Yoğurtlu_MANTI (un script Perl/Tk) + ejecutar. versiones de la aplicación para Win1x sin necesidad de tener Perl instalado localmente.
Para una explicación muy detallada de los parámetros del script y la estrategia de evaluación, consulte el extenso manual PDF
Caracteristicas
- Dominar la interpretación avanzada de N-Termini
- Evaluación MaxQuant N-terminales
- Validación y análisis de datos DiaNN/MSFragger DIA N-termini
- Evaluación y validación de Protein-Termini
- (UniProt) anotación y ensamblaje de datos
- Integración de Limma, LOCALIZER, TargetP2.0 y TopFINDer
- Re-mapeo de Termini identificados para corregir Isoformas
- Muchas opciones de visualización con scripts R suministrados
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Perl
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener desde https://sourceforge.net/projects/manti/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
