Esta es la aplicación de Linux llamada MarDRe cuya última versión se puede descargar como MarDRe-v1.4.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada MarDRe con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
MARDRe
DESCRIPCIÓN:
MarDRe es una herramienta paralela de novo basada en MapReduce para eliminar lecturas de ADN duplicadas y casi duplicadas mediante la agrupación de secuencias de un solo extremo y de extremos emparejados de conjuntos de datos FASTQ / FASTA. Esta herramienta permite a la bioinformática evitar el análisis de lecturas innecesarias, reduciendo el tiempo de procedimientos posteriores con el conjunto de datos.
MarDRe es la contraparte de Big Data de ParDRe (enlace anterior), que emplea tecnologías HPC (es decir, MPI híbrido / multiproceso) para reducir el tiempo de ejecución en sistemas multinúcleo. En cambio, MarDRe aprovecha el modelo de programación MapReduce para mejorar significativamente el rendimiento de ParDRe en sistemas distribuidos, especialmente en infraestructuras basadas en la nube. Escrito en Java puro para maximizar la compatibilidad multiplataforma, MarDRe se basa en el proyecto Apache Hadoop de código abierto, el marco de computación distribuida más popular para el procesamiento de Big Data.
Audiencia
Tecnología de la información, Industria de la salud, Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Consola / Terminal, línea de comandos
Lenguaje de programación
Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/mardre/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.