Esta es la aplicación de Linux llamada misc genomics tools cuya última versión se puede descargar como misc_genomics_tools_v0.2.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada herramientas misceláneas de genómica con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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herramientas misceláneas de genómica
DESCRIPCIÓN
Esta es una colección de varios programas desarrollados en el curso de un proyecto de genómica, que involucra la cepa de Pseudomonas NCIMB10586
Estas incluyen
* identificar y corregir errores en una (p. ej.) secuencia del genoma de pacbio utilizando lecturas de illumina
* secuencia procariótica/anotación del genoma
* Análisis RNAseq: normalización y recopilación de múltiples muestras como grupo
* Visualización de RNAseq
Todas las secuencias de comandos se proporcionan según el "mejor esfuerzo", sin embargo, debido a varios cambios en el sistema, no garantizo que todos los archivos sean de la versión utilizada en el análisis.
Además, tenga en cuenta que estos se desarrollaron teniendo en cuenta la conveniencia, es decir, se esperaba que el proceso se realizara en su forma final una vez; se prestó poca atención a la optimización del tiempo de ejecución o al encadenamiento de scripts, y en ocasiones se accede manualmente a los recursos externos.
Caracteristicas
- Corrección de errores de secuencia del genoma
- Anotación de secuencia procariótica
- Normalización de RNAseq de múltiples muestras como grupo
- Serie de muestras de RNAseq/visualización del transcurso del tiempo
Audiencia
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Perl
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/misc-genomics-tools/. Ha sido alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
