Esta es la aplicación de Linux llamada MSL para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como mslib-1.1.0.9.tgz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada MSL para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
MSL para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN:
MSL es una biblioteca de C ++ que permite el estudio computacional de macromoléculas.La biblioteca MSL no es un programa (aunque se distribuyen algunas aplicaciones) sino una herramienta para que los científicos codifiquen sus propios métodos de modelado molecular.
Filosofía
El objetivo principal es crear un conjunto de herramientas que permitan el estudio computacional de macromoléculas con relativa facilidad a todos los niveles, desde operaciones simples (por ejemplo, cargar un PDB y medir una distancia o editar un diedro) hasta aplicaciones complejas (modelado de proteínas o diseño).
MSL se desarrolla en el Laboratorio de Senes de la Universidad de Wisconsin-Madison y por un equipo de desarrolladores / usuarios de otros laboratorios de investigación.
Referencia:
Kulp DW, Subramaniam S, Donald JE, Hannigan BT, Mueller BK, Grigoryan G, Senes A.
Informática estructural, modelado y diseño con una biblioteca de software molecular (MSL) de código abierto.
J Comput Chem. 2012 vol. 33 páginas 1645-61
Descargar artículo en http://dx.doi.org/10.1002/jcc.22968
Caracteristicas
- La capacidad de almacenar y cambiar entre múltiples coordenadas de átomos, para cambios conformacionales y representación rotamérica de la libertad conformacional de la cadena lateral.
- La capacidad de construir y almacenar múltiples identidades de residuos (es decir, LEU, ILE, ALA) en una posición y cambiar entre ellas.
- # El campo de fuerza de CHARMM y otras funciones energéticas.
- Transformaciones como traslaciones, rotaciones y alineaciones.
- Algoritmos de búsqueda como Monte Carlo, Dead End Elimination y Self Consistent Mean Field Monte Carlo., Muestreo de backbone
- Generación de celosía cristalina.
- Soporte para bibliotecas de rotamer
- Modificación y generación de backbone
- Plataformas compatibles: Linux, MacOS
Audiencia
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
C + +
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/mslib/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.