Esta es la aplicación de Linux llamada P3BSseq cuya última versión se puede descargar como P3BSseq_v2.1.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada P3BSseq con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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P3BSsecuencia
DESCRIPCIÓN
El procesamiento de secuenciación de bisulfito (BSseq) se encuentra entre las aplicaciones de secuenciación de próxima generación (NGS) más engorrosas. Aunque algunas herramientas de procesamiento BSseq están disponibles, están dispersas, requieren parámetros desconcertantes y exigen tiempo de ejecución y uso de memoria. Hemos desarrollado P3BSseq, una línea de procesamiento en paralelo para un análisis rápido, preciso y automático de lecturas BSseq que recorta, alinea, anota, registra los resultados intermedios, realiza una evaluación de la calidad de conversión de bisulfito, genera metilomas BED y reporta archivos siguiendo los estándares del NIH. P3BSseq supera a los mapeadores BSseq conocidos con respecto al tiempo de ejecución y los requisitos de hardware de la computadora. Optimizamos los parámetros de P3BSseq para bibliotecas direccionales y no direccionales, y para lecturas de extremo único y extremo emparejado de BSseq de genoma completo y representación reducida. P3BSseq es una solución simplificada y fácil de usar para el análisis ascendente de BSseq, que solo requiere conocimientos básicos de informática y NGS.
Caracteristicas
- Procesamiento de datos de secuenciación de próxima generación (NGS)
- Análisis de metilómica de ADN
- Procesamiento en paralelo
- Representación reducida de secuenciación de bisulfito (RRBS)
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Consola / Terminal
Lenguaje de programación
Python
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/p3bsseq/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
