Esta es la aplicación de Linux llamada PF_HP para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como einleitung.txt. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada PF_HP para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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PF_HP para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
Incluso en el modelo HP bidimensional simplificado (hidrófobo / polar), la predicción del plegamiento de proteínas es NP completa. Implementamos un algoritmo de fuerza bruta con ejecución en serie y en paralelo para resolver entradas cortas de secuencias HP (cadenas de bits 0-1).Selbst im vereinfachten zweidimensionalen HP-Modell (hidrófobo / polar) ist die Proteinfaltung bereits NP-vollständig. Hier implementieren wir einen fuerza bruta Algorithmus zur Lösung kurzer Eingabesequenzen (0-1-Bitstrings) für die Proteinfaltung.
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Créditos
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Investigador principal
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Gerrit Leder: diseño y prueba de algoritmos de plegamiento de proteínas e implementación inicial en Eiffel.
Consultor Eiffel
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Finnian Reilly: Optimización de código Eiffel y adaptación de procesamiento paralelo.
www.hex11software.com
finnian en eiffel guion loop punto com
Caracteristicas
- cálculo paralelo con el indicador de línea de comando -pf2_mt
- los valores predeterminados de 4 subprocesos se pueden personalizar con switch -threads ...
- personalizado 0-1-bitstring con línea de comando flag -sequence ...
- algoritmo en serie con el indicador de línea de comando -pf2
- Tareas pendientes: corrección de errores pf3 y pf3_mt, implementación con direcciones S, R y L
- Tareas pendientes: hacer que lib EL sea seguro para los vacíos
- Tareas pendientes: pruebas unitarias en CLI e IDE
Audiencia
Industria de la salud, Ciencia / Investigación, Educación
Interfaz de usuario
Consola / Terminal
Lenguaje de programación
Eiffel
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/pfhp/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
