Esta es la aplicación de Linux llamada Pontos cuya última versión se puede descargar como Pontos-3.0-src.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Pontos con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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Puntos
DESCRIPCIÓN
Pontos es un programa Java gráfico y fácil de usar para el cálculo de matrices de distancia (o similitud) sin corregir a partir de alineaciones de secuencias de ADN en formato PHYLIP. También crea alineaciones de "diferencia" de las regulares (y viceversa).
Puede manejar las lagunas y las ambigüedades de diferentes formas.
Los huecos pueden ser:
- todo usado;
- todos ignorados;
- ignorado solo al final de las secuencias, por pares;
- ignorado solo en los extremos, pero ahora globalmente (en efecto, recortando toda la alineación a las secuencias más lejanas de los extremos).
Las ambigüedades (cosas como R, Y, N, W, etc. en una secuencia de ADN) se pueden tratar como:
- considerar las ambigüedades como siempre diferentes;
- considerar la ambigüedad como parcialmente diferente (por ejemplo, R sería 0.5 diferente de A o G);
- ignorar las ambigüedades en cada comparación por pares;
- eliminar todas las columnas, globalmente, que muestren alguna ambigüedad.
Pontos fue escrito en Linux, pero debería ejecutarse en cualquier sistema donde funcione Java. Pontos tiene la licencia GPL versión 3.
Audiencia
Ciencia / Investigación, Usuarios finales / Escritorio
Interfaz de usuario
Swing de Java
Lenguaje de programación
Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/pontos/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
