Esta es la aplicación de Linux llamada Protospacer Workbench cuya última versión se puede descargar como Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Protospacer Workbench with OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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Banco de trabajo protospacer
DESCRIPCIÓN
Protospacer Workbench ayuda a diseñar, analizar y compartir sitios de destino CRISPR para cualquier organismo o conjunto de secuencias formateadas FASTA.El diseño de ARN-guía para el sistema de edición del genoma CRISPR / Cas es intuitivamente fácil, pero computacionalmente difícil. La principal dificultad surge de la necesidad de identificar posibles objetivos fuera de los objetivos que pueden ser bastante diferentes del objetivo previsto. Las herramientas en línea actuales para el diseño de ARN guía proporcionan una interfaz fácil de usar para el software de mapeo de secuencias como Bowtie o BLAST. Sin embargo, aunque son rápidos, estos algoritmos de mapeo no se diseñaron con una alta tolerancia al error, una característica fundamental para determinar posibles fuera de objetivos. Donde las herramientas en línea fallan, las herramientas fuera de línea tienen éxito. Sin embargo, las herramientas fuera de línea requieren un conocimiento de la línea de comandos que pocos, que emplean CRISPR, tienen. Protospacer Workbench tiene como objetivo cerrar la brecha entre el diseño de ARN guía en línea y fuera de línea. El software está disponible actualmente para OS X y pronto se trasladará a otros sistemas operativos.
Caracteristicas
- Encuentre todos los objetivos CRISPR disponibles rápidamente
- Evaluar minuciosamente los diseños de ARN-guía
- Compartir objetivos y listas de ARN guía
- Diseño para cualquier organismo
- Gestionar múltiples bases de datos
- Flujo de trabajo paso a paso
- Obtenga informes sobre el rendimiento esperado del ARN guía
- Utilice varias herramientas de terceros desde una interfaz
- Diseño de objetivos múltiples
- Gestionar grandes listas de ARN objetivo / guía
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
