Esta es la aplicación de Linux llamada rRNAFinder cuya última versión se puede descargar como rRNAFinder-v1.1.1.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada rRNAFinder con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
Buscador de ARNr
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DESCRIPCIÓN
rRNAFinder es un pequeño paquete de software de Perl, que puede usarse para predecir y clasificar automáticamente los genes de ARN del ribosoma usando los contigs ensamblados del genoma / metagenoma como entrada. El software solo se probó en el sistema operativo Linux.
El programa "rRNAFinder.pl" incluido en el paquete utiliza el programa nhmmer que busca en las bases de datos arc.hmm, bac.hmm y euk.hmm para identificar genes de rRNA a partir de los contigs de entrada. Los genes de ARNr predicados incluyen genes de ARNr 16S, 18S, 23S, 28S, 5S y 5.8S.
El programa "rna2taxon.pl" acepta las secuencias de genes de ARNr en formato fasta generadas anteriormente como entrada para producir las asignaciones taxonómicas para los genes de entrada. Las secuencias de genes de rRNA de entrada se buscan en las bases de datos de SILVA SSU y LSU descargadas y reformateadas utilizando blastn.
Consulte el archivo README.md del repositorio rRNAFinder GitHub ubicado en https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder para obtener instrucciones sobre cómo configurar y ejecutar rRNAFinder
Caracteristicas
- Predecir genes de ARNr (genes de ARNr 5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s)
- Asignación taxonómica de los genes de ARNr predichos mediante la búsqueda blastn contra las bases de datos SILVA SSU y LSU
- Rápido y puede usar múltiples subprocesos de CPU
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
