Esta es la aplicación de Linux llamada Transcriptome ensamblado ORA cuya última versión se puede descargar como saccharomyces_cerevisiae_3Mreads_ordered.sam.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Transcriptome assembly ORA con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
Ensamblaje de transcriptomas ORA
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DESCRIPCIÓN
Software para la reconstrucción del transcriptoma basado en referencias. Realiza la reconstrucción a partir de lecturas cortas obtenidas de RNA-seq. Es más adecuado para manejar los transcriptomas de eucariotas inferiores con un número bajo de intrones por gen y también puede usarse para procariotas.
Necesita un archivo SAM con las lecturas alineadas en el genoma de referencia y (opcional) un archivo gff con la posición de los genes en el genoma de referencia.
Proporciona en la salida las posiciones de las transcripciones identificadas, los nombres de las transcripciones basados en los genes presentes en el archivo gff y el tamaño de las regiones UTR.
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Perl
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/transcriptomeassemblyora/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
