Esta es la aplicación de Linux llamada trj_cavity para ejecutar en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como trj_cavity_v2.1.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada trj_cavity para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
CAPTURAS DE PANTALLA:
trj_cavity para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN:
trj_cavity encuentra cavidades de proteínas a lo largo de las trayectorias de simulación de Molecular Dynamics (MD). El programa trabaja con archivos en formato PDB, pero también puede leer / generar formatos compatibles con GROMACS como XTC.El mismo proyecto se puede compilar como una herramienta GROMACS o como una versión independiente. Las instrucciones de instalación se proporcionan en el archivo INSTALL del proyecto y en https://sourceforge.net/p/trjcavity/wiki/Home/#ffad
Si necesita ayuda para usar esta herramienta (o informar errores), publíquela en el foro de discusión.
Observaciones: v2 se ejecuta en paralelo y es compatible con la serie GROMACS v5.1 +. Si desea continuar usando GROMACS v4.x, use trj_cavity_v1.1.
Caracteristicas
- Encuentra cavidades de proteínas en trayectorias de simulación de MD.
- Produce trayectorias MD de cavidades proteicas en función del tiempo.
- Proporciona estadísticas de la distribución de la cavidad proteica.
- Calcula el descriptor del volumen de la cavidad.
- Perfil de radio de túnel de poros de eje normal.
Lenguaje de programación
C + +
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/trjcavity/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.