Esta es la aplicación de Windows llamada BBMap cuya última versión se puede descargar como BBMap_39.03.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada BBMap con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
SCREENSHOTS
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BBMapa
DESCRIPCIÓN
Este paquete incluye BBMap, un alineador de lectura corta, así como varias otras herramientas bioinformáticas. Está escrito en Java puro, se puede ejecutar en cualquier plataforma y no tiene más dependencias que la instalación de Java (compilado para Java 6 y superior). Todas las herramientas son eficientes y multiproceso.
BBMap: alineador de lectura corta para datos de ADN y ARN-seq. Capaz de manejar genomas arbitrariamente grandes con millones de andamios. Maneja Illumina, PacBio, 454 y otras lecturas; muy alta sensibilidad y tolerancia a errores y numerosos indeles grandes. Muy rapido.
BBNorm: herramienta de normalización y corrección de errores basada en Kmer.
Eliminación de datos duplicados: simplifica los ensamblajes eliminando subsecuencias duplicadas o contenidas que comparten una identidad de porcentaje de destino.
Reformatear: Reformatea lecturas entre fasta / fastq / scarf / fasta + qual / sam, interleaved / paired y ASCII-33/64, a más de 500 MB / s.
BBDuk: Filtra, recorta o enmascara las lecturas con coincidencias de kmer en un archivo de artefactos / contaminantes.
... ¡Y más!
Caracteristicas
- Java puro, se ejecuta en cualquier plataforma; ya compilado, simplemente descomprímalo y ejecútelo.
- Rápido, eficiente y multiproceso.
- La información de uso que se muestra cuando se ejecuta un shellscript sin parámetros.
- La mayor sensibilidad de cualquier alineador de lectura corta.
- Fácil de instalar, simplemente descomprima / descomprima.
- Fácil de usar. Ejemplo: bbmap.sh ref = ecoli.fa in = reads.fq out = mapped.sam
- Maneja todos los formatos comunes: fasta, fastq, sam, scarf, fasta + qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Utilizado por el Joint Genome Institute.
- BB son las siglas de Bestus Bioinformaticus.
- Aquí hay unas preguntas frecuentes útiles: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Consola / Terminal
Lenguaje de programación
Java
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
