Esta es la aplicación de Windows llamada fcGENE: convertidor de formato de genotipo para ejecutar en Windows en línea sobre Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como fcgene-1.0.7.zip. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada fcGENE: convertidor de formato de genotipo para ejecutar en Windows en línea sobre Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie cualquier emulador en línea de OS OnWorks desde este sitio web, pero mejor emulador en línea de Windows.
- 5. Desde el sistema operativo OnWorks Windows que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación e instálala.
- 7. Descargue Wine desde los repositorios de software de sus distribuciones de Linux. Una vez instalada, puede hacer doble clic en la aplicación para ejecutarla con Wine. También puedes probar PlayOnLinux, una elegante interfaz sobre Wine que te ayudará a instalar programas y juegos populares de Windows.
Wine es una forma de ejecutar software de Windows en Linux, pero no requiere Windows. Wine es una capa de compatibilidad de Windows de código abierto que puede ejecutar programas de Windows directamente en cualquier escritorio de Linux. Esencialmente, Wine está tratando de volver a implementar una cantidad suficiente de Windows desde cero para poder ejecutar todas esas aplicaciones de Windows sin necesidad de Windows.
SCREENSHOTS
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fcGENE: conversor de formato de genotipo para ejecutar en Windows en línea sobre Linux en línea
DESCRIPCIÓN
La aplicación principal es doble: primero para convertir datos de genotipo SNP en formatos de diferentes herramientas de imputación como PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE y BIMBBAM, segundo para transformar datos imputados en diferentes formatos de archivo como PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT y SNPTEST.Formatos de archivo legibles: plink-pedigree (ped y map), plink-raw, plink-dose, mach, minimac, impute, snptest, beagle y bimbam. Asimismo, también se aceptan todo tipo de imputación de resultados.
Formatos que pueden ser generados por fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dose, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs y bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
Aplicación adicional:
-? obtención de plantillas de comandos de imputación necesarios y comandos de otra herramienta de imputación
- Control de calidad según MAF, HWE & CALLRATE.
palabras clave: transformación de genotipo, conversión de formato de genotipo, salida de imputación, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
Caracteristicas
- puede realizar un control de calidad individual y a nivel de SNP y puede filtrar a los SNP y a las personas descalificadas mientras se transforman los datos
- puede realizar una conversión de formato bidireccional de datos de genotipo SNP (por ejemplo, PLINK -> herramienta de imputación y herramientas de imputación -> PLINK). Puede leer y escribir archivos genealógicos y binarios en formato plink
- Puede filtrar los SNP impued sobre la base del puntaje de calidad de imputación.
- puede generar plantillas de comandos herramientas de análisis GWA
- convierte los datos del genotipo del formato de una herramienta de imputación a otra.
- Transformación de referencias de imputación a formato plink. Esto ayuda a comparar los datos del genotipo con el panel de referencia.
- Puede crear datos snp en formato GenABEL a partir de los datos proporcionados originalmente en otros formatos diferentes.
- puede generar archivos con formato diferente que contienen dosis esperadas de frecuencia de alelos menores
- muy útil para los investigadores que trabajan en el área de la genética estadística.
- escrito en c ++, uso de contenedores STL
- puede leer y escribir archivos comprimidos gezip
- puede calcular FST con el comando --fst
- Puede leer y escribir datos de genotipos estándar con recuentos de alelos y dosis de alelos.
- puede crear archivos en formato vcf utilizados para BEAGLE4
Lenguaje de programación
C + +
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/fcgene/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
